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- PDB-3qlu: Crystal structure of the GluK2/GluK5 (GluR6/KA2) ATD dimer assembly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qlu
タイトルCrystal structure of the GluK2/GluK5 (GluR6/KA2) ATD dimer assembly
要素(Glutamate receptor, ionotropic kainate ...) x 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / protein retention in ER lumen / mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / inhibitory postsynaptic potential ...regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / protein retention in ER lumen / mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / inhibitory postsynaptic potential / glutamate receptor activity / ubiquitin conjugating enzyme binding / receptor clustering / modulation of excitatory postsynaptic potential / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / regulation of JNK cascade / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / behavioral fear response / neuronal action potential / positive regulation of synaptic transmission / glutamate-gated receptor activity / glutamate-gated calcium ion channel activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / dendrite cytoplasm / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / regulation of membrane potential / SNARE binding / excitatory postsynaptic potential / synaptic transmission, glutamatergic / establishment of localization in cell / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / cellular response to glucose stimulus / postsynaptic density membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / modulation of chemical synaptic transmission / terminal bouton / SH3 domain binding / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of neuron apoptotic process / presynaptic membrane / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / perikaryon / postsynaptic membrane / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic density / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / ubiquitin protein ligase binding / synapse / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Response regulator / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region ...Response regulator / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor ionotropic, kainate 2 / Glutamate receptor ionotropic, kainate 5
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.906 Å
データ登録者Kumar, J. / Mayer, M.L.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2011
タイトル: Structure and assembly mechanism for heteromeric kainate receptors.
著者: Kumar, J. / Schuck, P. / Mayer, M.L.
履歴
登録2011年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月10日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32021年3月31日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
C: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2
D: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,94523
ポリマ－177,2434
非ポリマー3,70219
水1086
1
A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
C: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,42611
ポリマ－88,6212
非ポリマー1,8059
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area32250 Å2
手法PISA
2
B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
D: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,51912
ポリマ－88,6212
非ポリマー1,89710
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area33000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.626, 139.548, 195.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21D
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ILEILELYSLYSchain C and (resseq 10:104 or resseq 114:174 or resseq...CC10 - 10410 - 104
121PHEPHEPROPROchain C and (resseq 10:104 or resseq 114:174 or resseq...CC114 - 174114 - 174
131LYSLYSSERSERchain C and (resseq 10:104 or resseq 114:174 or resseq...CC181 - 266181 - 266
141GLYGLYGLNGLNchain C and (resseq 10:104 or resseq 114:174 or resseq...CC279 - 305279 - 305
151PHEPHETHRTHRchain C and (resseq 10:104 or resseq 114:174 or resseq...CC324 - 383324 - 383
211ILEILELYSLYSchain D and (resseq 10:104 or resseq 114:174 or resseq...DD10 - 10410 - 104
221PHEPHEPROPROchain D and (resseq 10:104 or resseq 114:174 or resseq...DD114 - 174114 - 174
231LYSLYSSERSERchain D and (resseq 10:104 or resseq 114:174 or resseq...DD181 - 266181 - 266
241GLYGLYGLNGLNchain D and (resseq 10:104 or resseq 114:174 or resseq...DD279 - 305279 - 305
251PHEPHETHRTHRchain D and (resseq 10:104 or resseq 114:174 or resseq...DD324 - 383324 - 383
112LEULEUILEILEchain A and (resseq 2:10 or resseq 22:37 or resseq...AA2 - 102 - 10
122ARGARGGLUGLUchain A and (resseq 2:10 or resseq 22:37 or resseq...AA22 - 3722 - 37
132ALAALAHISHISchain A and (resseq 2:10 or resseq 22:37 or resseq...AA40 - 9840 - 98
142SERSERARGARGchain A and (resseq 2:10 or resseq 22:37 or resseq...AA118 - 172118 - 172
152ASPASPARGARGchain A and (resseq 2:10 or resseq 22:37 or resseq...AA179 - 270179 - 270
162TYRTYRLEULEUchain A and (resseq 2:10 or resseq 22:37 or resseq...AA278 - 356278 - 356
212LEULEUILEILEchain B and (resseq 2:10 or resseq 22:37 or resseq...BB2 - 102 - 10
222ARGARGGLUGLUchain B and (resseq 2:10 or resseq 22:37 or resseq...BB22 - 3722 - 37
232ALAALAHISHISchain B and (resseq 2:10 or resseq 22:37 or resseq...BB40 - 9840 - 98
242SERSERARGARGchain B and (resseq 2:10 or resseq 22:37 or resseq...BB118 - 172118 - 172
252ASPASPARGARGchain B and (resseq 2:10 or resseq 22:37 or resseq...BB179 - 270179 - 270
262TYRTYRLEULEUchain B and (resseq 2:10 or resseq 22:37 or resseq...BB278 - 356278 - 356

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
Glutamate receptor, ionotropic kainate ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Glutamate receptor, ionotropic kainate 5 / Glutamate receptor KA-2 / KA2


分子量: 43798.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grik5 / プラスミド: PRK-IRES_EGFP / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GNTI(-) / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q63273
#2: タンパク質 Glutamate receptor, ionotropic kainate 2 / Glutamate receptor 6 / GluR-6 / GluR6


分子量: 44823.172 Da / 分子数: 2 / Mutation: A213N,G215S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Glur6, Grik2 / プラスミド: PRK-IRES_EGFP / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GNTI(-) / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42260

-
糖 , 1種, 16分子

#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 9分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.15 M Ammonium Sulfate; 0.1 M Tris; 18% PEG 4K, pH 8.20, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月24日
放射モノクロメーター: Si(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 40232 / Num. obs: 40232 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 41.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 3850 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OM0 and 3H6H

3om0

3h6h


解像度: 2.906→29.97 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2562 1991 5.01 %random
Rwork0.1971 ---
all0.2 39761 --
obs0.2 39761 98.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 13.214 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9131 Å20 Å2-0 Å2
2--6.0228 Å20 Å2
3----4.1097 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.906→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11749 0 232 6 11987
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00612268
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91816626
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7874549
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491926
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042094
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11C2616X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
12D2616X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
21A2376X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
22B2376X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9064-2.9790.35361280.26752392X-RAY DIFFRACTION89
2.979-3.05950.34511330.26142593X-RAY DIFFRACTION97
3.0595-3.14950.37541440.2472665X-RAY DIFFRACTION98
3.1495-3.2510.28091360.23472647X-RAY DIFFRACTION98
3.251-3.3670.28251310.21142679X-RAY DIFFRACTION99
3.367-3.50170.26411280.20222735X-RAY DIFFRACTION99
3.5017-3.66080.28761330.19572703X-RAY DIFFRACTION100
3.6608-3.85340.23281370.17752715X-RAY DIFFRACTION100
3.8534-4.09430.21911580.16332707X-RAY DIFFRACTION100
4.0943-4.40950.21361420.1512723X-RAY DIFFRACTION100
4.4095-4.85150.21231470.13272729X-RAY DIFFRACTION100
4.8515-5.54970.20421630.15412767X-RAY DIFFRACTION100
5.5497-6.97740.26421530.19372796X-RAY DIFFRACTION100
6.9774-29.97120.21391580.19292919X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3427-0.2687-0.07130.419-0.56161.0259-0.01020.2949-0.35450.0015-0.2837-0.2982-0.07850.2080.190.0646-0.0358-0.04370.17180.07630.144814.61467.774626.3172
22.10990.27750.18930.72850.21431.0166-0.38840.1016-0.22320.02310.18870.0356-0.13070.32050.12660.0186-0.03910.00950.00830.00080.12390.45223.0417.6521
31.04291.01590.35490.887-0.24452.1125-0.0117-0.0424-0.31780.09430.0373-0.2775-0.3143-0.1191-0.03480.0996-0.0246-0.00750.03530.04780.1344.662625.3132-3.558
40.7483-0.60650.21340.9644-0.85751.098-0.00670.02910.23860.1497-0.12360.2383-0.24860.14350.01550.0642-0.0345-0.04940.03310.00750.06387.524818.30122.6754
50.82670.30990.52950.6310.25831.0826-0.1320.0216-0.0673-0.05810.1518-0.0845-0.0149-0.0886-0.13360.051-0.0075-0.04670.09080.00440.122133.7478-2.753229.9242
60.70220.0256-0.61730.29780.00361.3607-0.04180.0448-0.02280.11490.09050.0640.085-0.2401-0.06470.0730.02860.02790.117-0.02250.086645.2972-11.732851.2242
72.1162-0.0783-1.25111.40710.5360.55060.07410.29780.02280.419-0.20890.22830.1938-0.34770.12180.2-0.09760.02990.25740.00770.059336.7708-23.215857.94
80.3714-0.0880.92940.8195-0.28460.8242-0.0521-0.3904-0.09040.1985-0.00580.0326-0.266-0.17990.02840.02140.03060.04570.1183-0.05730.116333.47430.291645.6937
91.40250.25330.41230.5439-0.44270.9359-0.2674-0.20960.1444-0.27920.0928-0.07390.2982-0.14550.11270.3377-0.05910.06360.0489-0.01260.0446-8.1159-14.030.7416
100.44060.1550.0720.96790.09580.45050.11040.1345-0.14570.0852-0.04760.04740.0303-0.2118-0.02670.0275-0.0420.00750.110.0340.0937-21.95649.9418-10.3106
110.585-0.10750.33530.0197-0.9550.6237-0.01020.3917-0.3473-0.4632-0.16720.42820.39790.3165-0.01310.2498-0.11730.0120.1251-0.05480.0112-8.7723-9.5818-12.0899
120.7185-0.86930.47351.3182-0.11710.1852-0.089-0.02620.202-0.11450.0231-0.29110.22060.0930.05550.2776-0.03680.10420.0001-0.00910.108352.5705-28.31920.8831
130.6629-0.3905-0.14650.25620.41190.22160.0184-0.1355-0.18940.0846-0.1713-0.08540.10630.01240.07580.1380.04890.01260.15170.05640.116365.4942-29.809647.6003
140.6464-0.14180.26220.31880.26470.7814-0.1386-0.1286-0.45450.08180.13170.05430.68960.11890.04050.36350.01590.11660.01920.01670.308553.4008-38.861428.9885
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:53)A3 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 54:120)A54 - 120
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 121:247) or (chain G and resid 1)A121 - 247
4X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 121:247) or (chain G and resid 1)A1 - 394
5X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 248:375) or (chain G and resid 2:5)A248 - 375
6X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 248:375) or (chain G and resid 2:5)A2 - 398
7X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 3:105)B3 - 105
8X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 110:153)B110 - 153
9X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 154:231) or (chain H and resid 1)B154 - 231
10X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 154:231) or (chain H and resid 1)B1 - 394
11X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 232:382) or (chain H and resid 2:6)B232 - 382
12X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 232:382) or (chain H and resid 2:6)B2 - 398
13X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 2:119) or (chain I and resid 1) or (chain E)C2 - 119
14X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 2:119) or (chain I and resid 1) or (chain E)C1 - 396
15X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 2:119) or (chain I and resid 1) or (chain E)E0
16X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 120:267)C120 - 267
17X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 278:383) or (chain I and resid 3:4)C278 - 383
18X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 278:383) or (chain I and resid 3:4)C3 - 398
19X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resid 2:120) or (chain J and resid 1) or (chain F)D2 - 120
20X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resid 2:120) or (chain J and resid 1) or (chain F)D1 - 396
21X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resid 2:120) or (chain J and resid 1) or (chain F)B - F0
22X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 121:268) or (chain J and resid 2)D121 - 268
23X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 121:268) or (chain J and resid 2)D2 - 397
24X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 279:383) or (chain J and resid 3)D279 - 383
25X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 279:383) or (chain J and resid 3)D3 - 398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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