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- PDB-3qlh: HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with Manicol at the RNase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qlh
タイトルHIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with Manicol at the RNase H Active Site and TMC278 (Rilpivirine) at the NNRTI Binding Pocket
要素(reverse transcriptase/ribonuclease ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / HYDROLASE/INHIBITOR / RNase H Inhibitor / structure-based drug design / tropolone derivatives / divalent cation chelator / Non-nucleoside RT Inhibitor / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-MNK / Chem-T27 / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Himmel, D.M. / Wojtak, K. / Bauman, J.D. / Arnold, E.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Synthesis, activity, and structural analysis of novel alpha-hydroxytropolone inhibitors of human immunodeficiency virus reverse transcriptase-associated ribonuclease H.
著者: Chung, S. / Himmel, D.M. / Jiang, J.K. / Wojtak, K. / Bauman, J.D. / Rausch, J.W. / Wilson, J.A. / Beutler, J.A. / Thomas, C.J. / Arnold, E. / Le Grice, S.F.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structure of HIV-1 reverse transcriptase with the inhibitor beta-Thujaplicinol bound at the RNase H active site.
著者: Himmel, D.M. / Maegley, K.A. / Pauly, T.A. / Bauman, J.D. / Das, K. / Dharia, C. / Clark, A.D. / Ryan, K. / Hickey, M.J. / Love, R.A. / Hughes, S.H. / Bergqvist, S. / Arnold, E.
#2: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: Crystal engineering of HIV-1 reverse transcriptase for structure-based drug design.
著者: Bauman, J.D. / Das, K. / Ho, W.C. / Baweja, M. / Himmel, D.M. / Clark, A.D. / Oren, D.A. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. / Shatkin, A.J. / Arnold, E.
#3: ジャーナル: To be Published
タイトル: Sensitivity of Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Retrovirus Reverse Transcriptase-Associated Ribonuculease H to alpha-Hydroxytropolone Inhibitors
著者: Chung, S. / Himmel, D.M. / Jiang, J. / Scarth, B. / Wang, Y. / Rausch, J.W. / Lee, K. / KewalRamani, V. / Arnold, E. / Gotte, M. / Beutler, J.A. / Thomas, C.R. / Le Grice, S.F.J.
履歴
登録2011年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月18日Group: Non-polymer description
改定 1.22013年2月27日Group: Database references
改定 1.32015年6月17日Group: Non-polymer description
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / entity_src_nat / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: reverse transcriptase/ribonuclease H
B: reverse transcriptase/ribonuclease H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,1968
ポリマ－113,3332
非ポリマー8636
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area47360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.926, 72.978, 108.377
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.110, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Reverse transcriptase/ribonuclease ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 reverse transcriptase/ribonuclease H / p66 RT


分子量: 63800.984 Da / 分子数: 1 / 断片: P66 (UNP residues 600-1153) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: pCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus-RIL
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H
#2: タンパク質 reverse transcriptase/ribonuclease H / p51 RT


分子量: 49531.871 Da / 分子数: 1 / 断片: P51 (UNP residues 605-1027) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: pCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus-RIL
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 6種, 109分子

#3: 化合物 ChemComp-MNK / (2S)-5,7-dihydroxy-9-methyl-2-(prop-1-en-2-yl)-1,2,3,4-tetrahydro-6H-benzo[7]annulen-6-one / Manicol


分子量: 246.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H18O3 / 詳細: Extracted from the root bark of this Guyanan tree.
#4: 化合物 ChemComp-T27 / 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile / Rilpivirine / 4-[[4-[[4-(2-シアノエテニル)-2,6-ジメチルフェニル]アミノ]ピリミジン-2-イル]アミノ]ベンゾニト(以下略)


分子量: 366.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H18N6 / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / TMC278 / Rilpilvirine / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: Protein solution (20 mg/mL in 9.2 mM Tris pH 8.0, 68.7 mM NaCl, 3.6 mM manganese sulfate, 0.7 mM TCEP, 0.9 mM Manicol, 0.7 mM TMC278, 0.27% BOG, 7% DMSO) Mother Liquor (50 mM HEPES pH 7.5, ...詳細: Protein solution (20 mg/mL in 9.2 mM Tris pH 8.0, 68.7 mM NaCl, 3.6 mM manganese sulfate, 0.7 mM TCEP, 0.9 mM Manicol, 0.7 mM TMC278, 0.27% BOG, 7% DMSO) Mother Liquor (50 mM HEPES pH 7.5, 100 mM ammonium sulfate, 15 m manganese sulfate, 10 mM spermine, 5 mM TCEP, 11% PEG8000) Cryoprotectant (50 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM manganese sulfate, 10 mM spermine, 0.69 mM Manicol, 0.34 mM TMC278, 15% PEG8000, 5% PEG400, 10% DMSO, 11% ethylene glycol, 6.5% trimethylamine N-oxide), flash-cooled in LN2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45 Å / Num. all: 35016 / Num. obs: 34841 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 58.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible allMean I/σ(I) obs
2.7-2.753.80.70717241.40199
2.75-2.84.20.60117531.08999.8
2.8-2.854.20.4917201.19199.9
2.85-2.914.20.38717320.9499.7
2.91-2.974.20.30617520.86999.9
2.97-3.045.90.24817300.97799.8
3.04-3.127.90.19617370.93399.8
3.12-3.27.90.16617460.99199.8
3.2-3.37.80.13917411.07899.9
3.3-3.47.70.11417101.04999.9
3.4-3.527.50.117341.14699.9
3.52-3.667.30.08317641.08299.9
3.66-3.8370.07117491.056100
3.83-4.036.90.0617480.9999.8
4.03-4.296.60.05217571.0299.9
4.29-4.626.40.0517370.97199.9
4.62-5.086.20.04917650.94699.9
5.08-5.816.30.04917530.95199.8
5.81-7.326.10.04617861.0899.4
7.32-455.30.03317030.96593.3
2.7-456.20.0633484199.516.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 39.41 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5 Å14.94 Å
Translation5 Å14.94 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZD1

2zd1


解像度: 2.7→43.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8094 / Data cutoff high absF: 369453 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2514 995 3 %RANDOM
Rwork0.2314 ---
all0.232 34773 --
obs0.232 33315 95.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.3762 Å2 / ksol: 0.3036 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 163.52 Å2 / Biso mean: 76.1459 Å2 / Biso min: 18.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.52 Å20 Å2-0.64 Å2
2---0.61 Å20 Å2
3---7.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7885 0 56 103 8044
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.246
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.15
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.71.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.792.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obsTotal num. of bins used
2.7-2.750.3163470.332314430.04611490149019
2.75-2.80.4313510.324715210.06041572157219
2.8-2.860.3975440.321515420.05991586158619
2.86-2.920.3213500.303616250.04541675167519
2.92-2.990.3863490.29716120.05521661166119
2.99-3.060.3633490.31416650.05191714171419
3.06-3.150.3611540.290617140.04911768176819
3.15-3.240.2853660.26117260.03511792179219
3.24-3.340.2972460.234917810.04381827182719
3.34-3.460.3052540.250717580.04151812181219
3.46-3.60.2683480.234717590.03871807180719
3.6-3.770.2639490.235417670.03771816181619
3.77-3.960.2371530.210217470.03261800180019
3.96-4.210.2425500.197817920.03431842184219
4.21-4.540.1865570.190317830.02471840184019
4.54-4.990.187600.19917790.02411839183919
4.99-5.710.1992620.212217780.02531840184019
5.71-7.20.2927510.247917990.0411850185019
7.2-450.22145530.226647480.0299489717846
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4allprosth2.parallprosth2.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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