PDB-3qiz: Crystal Structure of BoNT/A LC complexed with Hydroxamate-based I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qiz

タイトル

Crystal Structure of BoNT/A LC complexed with Hydroxamate-based Inhibitor PT-2

要素

Botulinum neurotoxin type A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Botulinum / BONT / Neurotoxin / Toxin / Hydroxamate / Inhibitor / metalloprotease / protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell junction / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / ganglioside GT1b binding / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Thompson, A.A. / Han, G.W. / Stevens, R.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structural Characterization of Three Novel Hydroxamate-Based Zinc Chelating Inhibitors of the Clostridium botulinum Serotype A Neurotoxin Light Chain Metalloprotease Reveals a Compact ...
著者: Thompson, A.A. / Jiao, G.S. / Kim, S. / Thai, A. / Cregar-Hernandez, L. / Margosiak, S.A. / Johnson, A.T. / Han, G.W. / O'Malley, S. / Stevens, R.C.

履歴

登録	2011年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qiz.cif.gz	183.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qiz.ent.gz	144 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qiz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/3qiz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/3qiz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qixC 3qiyC 3qj0C 3ddaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3dse-d 3ds9-d 2a97-1 4cav-d 3qj0-d 2yne-3 4hev-2 2xzg-d 7kyh-4 4gps-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Botulinum neurotoxin type A

ヘテロ分子

50 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.230, 190.654, 42.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-648- HOH

#1: タンパク質	Botulinum neurotoxin type A / BoNT/A / Bontoxilysin-A / BOTOX 分子量: 49375.664 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain (UNP residues 3-424) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 株: Hall - Serotype A / 遺伝子: botA, CBO0806, CLC_0862, Neurotoxin Light Chain / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: A5HZZ9, UniProt: P0DPI0*PLUS, bontoxilysin
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-QI2 / (2S,4R)-2-(2-{[3-(4-fluoro-3-methylphenyl)propyl](methyl)amino}ethyl)-4-(4-fluorophenyl)-N-hydroxy-4-methoxybutanamide 分子量: 434.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₂F₂N₂O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 15% PEG6000, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 193 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.03

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月13日

放射

モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.8 % / Av σ(I) over netI: 16.72 / 数: 207203 / R_merge(I) obs: 0.088 / Χ²: 1 / D res high: 2 Å / D res low: 45 Å / Num. obs: 30442 / % possible obs: 90.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.31	45	98.8	1	0.063	1.017	7.1
3.42	4.31	78.2	1	0.062	0.995	5.9
2.99	3.42	99.7	1	0.096	0.987	7.3
2.71	2.99	99.8	1	0.122	0.983	7.7
2.52	2.71	99.7	1	0.184	1.014	7.9
2.37	2.52	100	1	0.249	1.011	8
2.25	2.37	79.8	1	0.305	0.992	7.3
2.15	2.25	78.2	1	0.386	1.006	5.8
2.07	2.15	94.2	1	0.436	1	5.6
2	2.07	79.7	1	0.488	0.994	4.6

反射

解像度: 2→45 Å / Num. obs: 30442 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Χ²: 1.001 / Net I/σ(I): 9.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	4.6	0.488	2611	0.994	1	79.7
2.07-2.15	5.6	0.436	3096	1	1	94.2
2.15-2.25	5.8	0.386	2579	1.006	1	78.2
2.25-2.37	7.3	0.305	2651	0.992	1	79.8
2.37-2.52	8	0.249	3298	1.011	1	100
2.52-2.71	7.9	0.184	3301	1.014	1	99.7
2.71-2.99	7.7	0.122	3315	0.983	1	99.8
2.99-3.42	7.3	0.096	3352	0.987	1	99.7
3.42-4.31	5.9	0.062	2681	0.995	1	78.2
4.31-45	7.1	0.063	3558	1.017	1	98.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DDA

3dda

解像度: 2→37.133 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.46 / FOM work R set: 0.8106 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2228	1480	5.09 %	RANDOM
R_work	0.1881	-	-	-
obs	0.1899	29080	86.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.46 Å² / k_sol: 0.336 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 178.52 Å² / B_iso mean: 49.4402 Å² / B_iso min: 20.02 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.987 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-8.9778 Å²	-0 Å²
3-	-	-	7.9908 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→37.133 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3231	0	39	149	3419

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3362
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.268	4547
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	488
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	587
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.899	1253

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0004-2.065	0.3453	97	0.2478	1921	2018	68
2.065-2.1388	0.2632	128	0.2325	2363	2491	83
2.1388-2.2244	0.2808	131	0.2358	2484	2615	88
2.2244-2.3256	0.3364	67	0.2847	1470	1537	52
2.3256-2.4482	0.2665	142	0.2198	2736	2878	96
2.4482-2.6016	0.3086	164	0.2236	2773	2937	97
2.6016-2.8024	0.242	148	0.2152	2835	2983	98
2.8024-3.0843	0.2482	157	0.2044	2831	2988	99
3.0843-3.5303	0.2247	171	0.1928	2874	3045	99
3.5303-4.4466	0.2001	132	0.1549	2207	2339	76
4.4466-37.1397	0.1664	143	0.1581	3106	3249	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8048	1.0556	0.5205	0.9292	0.787	0.768	0.0532	0.0872	-0.5673	0.003	0.0158	-0.4358	0.172	0.0762	-0.08	0.2117	0.0162	0.0376	0.1859	0.0281	0.3254	-3.2118	17.9039	-12.355
2	1.6423	1.6553	0.4826	2.3547	0.9053	1.5744	-0.0903	-0.0851	-0.1109	-0.1136	-0.0182	0.0157	-0.1279	0.0257	0.1062	0.1644	-0.0227	0.0059	0.1412	0.0161	0.1597	-12.4095	25.2118	-12.6058
3	1.5368	1.3013	0.3764	3.7477	0.8908	1.3008	0.0827	-0.3312	0.2696	0.1165	-0.3253	0.7929	-0.1891	-0.1687	0.2407	0.1531	0.002	0.0094	0.1432	-0.0387	0.2494	-19.3598	30.8435	-7.6602

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:69)	A	2 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 70:268)	A	70 - 268
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 269:421)	A	269 - 421

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関連情報:EMDBヘッダ

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