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万見
- PDB-4gps: Crystal Structure of K. lactis Dxo1 (YDR370C) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gps
タイトルCrystal Structure of K. lactis Dxo1 (YDR370C)
要素KLLA0E02245p
キーワードHYDROLASE / Kluyveromyces lactis / Decapping / 5'-3' exoribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA NAD+-cap (NAD+-forming) hydrolase activity / mRNA 5'-diphosphatase activity / nucleic acid metabolic process / NAD-cap decapping / nuclear mRNA surveillance / 5'-3' exonuclease activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / nucleotide binding / RNA binding ...RNA NAD+-cap (NAD+-forming) hydrolase activity / mRNA 5'-diphosphatase activity / nucleic acid metabolic process / NAD-cap decapping / nuclear mRNA surveillance / 5'-3' exonuclease activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / nucleotide binding / RNA binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RAI1-like / RAI1-like family / RAI1 like PD-(D/E)XK nuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Decapping and exoribonuclease protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chang, J.H. / Chiba, K. / Tong, L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Dxo1 is a new type of eukaryotic enzyme with both decapping and 5'-3' exoribonuclease activity.
著者: Chang, J.H. / Jiao, X. / Chiba, K. / Oh, C. / Martin, C.E. / Kiledjian, M. / Tong, L.
履歴
登録2012年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22012年10月17日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KLLA0E02245p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7382
ポリマ－48,5461
非ポリマー1921
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.820, 82.820, 259.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細The authors have confirmed that the protein in monomeric by gel filtration analysis

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要素

#1: タンパク質 KLLA0E02245p


分子量: 48546.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
遺伝子: KLLA0E02245g, KLLA0_E02245g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6CPU0
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Sodium citrate tribasic, 23.5% (w/v) PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979, 0.9793, 0.9724
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月19日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97931
30.97241
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 21738 / Num. obs: 20835 / % possible obs: 95.8 % / Biso Wilson estimate: 48.8 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→29.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 525454.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 974 4.8 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.197 20135 93.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.6096 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.35 Å20 Å20 Å2
2--6.35 Å20 Å2
3----12.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2691 0 13 148 2852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 70 5 %
Rwork0.318 1332 -
obs--66.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3cit.paramcit.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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