PDB-3qh3: The crystal structure of TCR A6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qh3

タイトル

The crystal structure of TCR A6

要素

A6 alpha chain
A6 beta chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / TAX peptide / Tel1p peptide / nonapeptide / MHC class I / HLA-A2 / TCR A6 / cross-reactivity

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Borbulevych, O.Y. / Baker, B.M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Disparate degrees of hypervariable loop flexibility control T-cell receptor cross-reactivity, specificity, and binding mechanism.
著者: Scott, D.R. / Borbulevych, O.Y. / Piepenbrink, K.H. / Corcelli, S.A. / Baker, B.M.

履歴

登録	2011年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qh3.cif.gz	356.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qh3.ent.gz	305.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qh3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qh3_validation.pdf.gz	486.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qh3_full_validation.pdf.gz	509.7 KB	表示
XML形式データ	3qh3_validation.xml.gz	36.9 KB	表示
CIF形式データ	3qh3_validation.cif.gz	51.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/3qh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/3qh3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qfjC 1ao7 3h9s C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ei6-1 4grm-2 3skn-5 6dfq-3 5d5m-3 3qeu-2 4nqd-4 3qeu-1 3skn-2 2cdf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: A6 alpha chain

B: A6 beta chain

C: A6 alpha chain

D: A6 beta chain

ヘテロ分子

98.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: A6 alpha chain

B: A6 beta chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: A6 alpha chain

D: A6 beta chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.247, 51.735, 96.336
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.05, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	A6 alpha chain 分子量: 21395.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: タンパク質	A6 beta chain 分子量: 27377.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 30%, TRIS 0.1M, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 297K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97937 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月15日

放射

モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97937 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.19→20 Å / Num. all: 44886 / Num. obs: 44707 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.19-2.24	3.5	0.578	1	99.1
2.24-2.28	3.5	0.517	1	99.3
2.28-2.32	3.5	0.491	1	99.4
2.32-2.37	3.6	0.419	1	98.8
2.37-2.42	3.5	0.372	1	98.9
2.42-2.48	3.5	0.343	1	99.8
2.48-2.54	3.5	0.272	1	99.7
2.54-2.61	3.5	0.236	1	99.9
2.61-2.68	3.5	0.193	1	99.9
2.68-2.77	3.5	0.167	1	100
2.77-2.87	3.5	0.144	1	100
2.87-2.98	3.6	0.107	1	99.5
2.98-3.12	3.6	0.087	1	99.8
3.12-3.28	3.5	0.073	1	99.6
3.28-3.49	3.5	0.063	1	100
3.49-3.76	3.5	0.055	1	100
3.76-4.13	3.4	0.047	1	100
4.13-4.72	3.5	0.037	1	99.8
4.72-5.92	3.7	0.035	1	100
5.92-20	3.4	0.032	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.19→19.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 14.064 / SU ML: 0.181 / SU R Cruickshank DPI: 0.3482 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27411	2254	5 %	RANDOM
R_work	0.20165	-	-	-
obs	0.20527	42439	100 %	-
all	-	45277	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0 Å²	-0.22 Å²
2-	-	0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.19→19.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6834	0	70	256	7160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	7100
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.871	1.945	9645
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.404	5	881
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.921	24.767	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.407	15	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.627	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.167	0.2	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	5509
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.916	1.5	4385
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.671	2	7098
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.57	3	2715
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.806	4.5	2541
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.19→2.243 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.354	150	-
R_work	0.259	2703	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.525	0.7102	-0.7807	2.4495	-1.2865	3.5788	-0.0545	0.2996	0.3196	-0.1087	-0.0685	-0.195	-0.2717	0.1691	0.123	0.1205	0.0002	0.0195	0.1103	0.0065	0.1037	64.4629	49.4949	73.6994
2	5.4837	0.6878	0.7278	7.369	1.0563	6.2684	0.1006	0.3508	-1.0293	-0.3085	0.0353	0.0475	1.1547	0.1586	-0.1359	0.3334	0.0423	-0.0076	0.1007	-0.0163	0.2807	44.4862	24.7752	83.0854
3	4.2532	1.6362	-0.8549	6.5807	-0.9266	3.5359	-0.0706	0.2637	0.2767	-0.0192	0.1517	0.0349	-0.2262	-0.1559	-0.0811	0.1619	0.0059	0.0235	0.2314	0.0125	0.0736	51.2897	51.4237	54.5516
4	2.463	-0.0403	-0.4831	1.5974	0.8808	6.4415	-0.0553	0.3349	-0.3298	-0.1342	0.1354	0.0358	0.3649	-0.1568	-0.0801	0.1055	-0.0375	-0.0094	0.0917	0.0091	0.1811	34.9499	33.473	72.6536
5	5.6493	0.6206	1.0221	3.3325	-2.2624	7.8926	-0.2394	0.6336	0.7428	0.0258	-0.1594	-0.3434	-0.6086	0.4304	0.3988	0.135	-0.0085	-0.0614	0.2837	0.1329	0.2935	109.1547	48.5037	71.3941
6	6.6991	1.7494	1.6689	7.5555	1.5298	6.9181	0.0839	0.3247	-0.6818	-0.0912	0.1139	-0.4608	0.8298	0.3864	-0.1979	0.2705	0.0498	-0.0044	0.1122	0.0289	0.1285	89.3852	24.7145	84.0643
7	3.6958	1.7427	0.0574	6.2351	-1.155	3.4724	-0.1752	0.2182	0.2865	0.0219	-0.0035	-0.134	-0.1598	0.1444	0.1787	0.0784	0.0444	-0.0001	0.2088	0.04	0.0493	93.3709	49.9012	53.9969
8	1.5231	-0.0519	0.6122	1.8079	0.4333	5.5413	0.0102	0.0826	-0.1736	-0.0246	0.0336	-0.0072	0.1436	0.0274	-0.0438	0.0367	-0.0085	0.0155	0.0088	-0.0077	0.0522	79.168	33.1585	74.4463

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	116 - 194
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 115
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	116 - 245
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 115
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	116 - 194
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 115
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	116 - 245

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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