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万見
- PDB-3qgl: Crystal Structure of PDZ domain of sorting nexin 27 (SNX27) in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qgl
タイトルCrystal Structure of PDZ domain of sorting nexin 27 (SNX27) in complex with the ESESKV peptide corresponding to the C-terminal tail of GIRK3
要素
  • G protein-activated inward rectifier potassium channel 3
  • Sorting nexin-27
キーワードPROTEIN BINDING / PDZ domain / PDZ binding / GIRK3 regulation / early endosomes / brain / neurons
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic early endosome / G-protein activated inward rectifier potassium channel activity / establishment of protein localization to plasma membrane / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / regulation of presynaptic membrane potential / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / WASH complex / postsynaptic recycling endosome / retromer complex / response to methamphetamine hydrochloride ...postsynaptic early endosome / G-protein activated inward rectifier potassium channel activity / establishment of protein localization to plasma membrane / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / regulation of presynaptic membrane potential / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / WASH complex / postsynaptic recycling endosome / retromer complex / response to methamphetamine hydrochloride / endosome to plasma membrane protein transport / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / inward rectifier potassium channel activity / regulation of synapse maturation / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / endocytic recycling / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / endosomal transport / endosome to lysosome transport / parallel fiber to Purkinje cell synapse / potassium ion import across plasma membrane / immunological synapse / monoatomic ion channel complex / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / ionotropic glutamate receptor binding / phosphatidylinositol binding / PDZ domain binding / intracellular protein transport / cellular response to nerve growth factor stimulus / Schaffer collateral - CA1 synapse / calcium-dependent protein binding / nervous system development / presynaptic membrane / early endosome membrane / early endosome / postsynapse / endosome / glutamatergic synapse / signal transduction / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir3.3 / SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. ...Potassium channel, inwardly rectifying, Kir3.3 / SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Immunoglobulin E-set / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
G protein-activated inward rectifier potassium channel 3 / Sorting nexin-27
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Balana, B. / Kwiatkowski, W. / Choe, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Mechanism underlying selective regulation of G protein-gated inwardly rectifying potassium channels by the psychostimulant-sensitive sorting nexin 27.
著者: Balana, B. / Maslennikov, I. / Kwiatkowski, W. / Stern, K.M. / Bahima, L. / Choe, S. / Slesinger, P.A.
履歴
登録2011年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-27
F: G protein-activated inward rectifier potassium channel 3
B: Sorting nexin-27
G: G protein-activated inward rectifier potassium channel 3
C: Sorting nexin-27
H: G protein-activated inward rectifier potassium channel 3
D: Sorting nexin-27
I: G protein-activated inward rectifier potassium channel 3
E: Sorting nexin-27
J: G protein-activated inward rectifier potassium channel 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,24310
ポリマ－56,24310
非ポリマー00
水905
1
A: Sorting nexin-27
F: G protein-activated inward rectifier potassium channel 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2492
ポリマ－11,2492
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area5630 Å2
手法PISA
2
B: Sorting nexin-27
G: G protein-activated inward rectifier potassium channel 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2492
ポリマ－11,2492
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area5660 Å2
手法PISA
3
C: Sorting nexin-27
H: G protein-activated inward rectifier potassium channel 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2492
ポリマ－11,2492
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area5640 Å2
手法PISA
4
D: Sorting nexin-27
I: G protein-activated inward rectifier potassium channel 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2492
ポリマ－11,2492
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area5650 Å2
手法PISA
5
E: Sorting nexin-27
J: G protein-activated inward rectifier potassium channel 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2492
ポリマ－11,2492
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area5670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.571, 81.567, 90.678
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
12F
22G
32H
42I
52J

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A38 - 133
2111B38 - 133
3111C38 - 133
4111D38 - 133
5111E38 - 133
1125F201 - 206
2125G201 - 206
3125H201 - 206
4125I201 - 206
5125J201 - 206

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Sorting nexin-27 / SNX27 / MAP-responsive gene protein / Methamphetamine-responsive transcript 1 protein / PDZ-protein Mrt1


分子量: 10569.952 Da / 分子数: 5 / 断片: PDZ domain (UNP residues 39-133) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Mrt1, Snx27 / プラスミド: pHis8-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8K4V4
#2: タンパク質・ペプチド
G protein-activated inward rectifier potassium channel 3 / GIRK-3 / Inward rectifier K(+) channel Kir3.3 / Potassium channel / inwardly rectifying subfamily J member 9


分子量: 678.709 Da / 分子数: 5 / 断片: C-terminus (UNP residues 388-393) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q63511
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 4.0 M sodium formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→38.949 Å / Num. all: 9810 / Num. obs: 9810 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 90.692 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 14.72
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 6.08 / Num. unique all: 475 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QE1

3qe1


解像度: 3.31→38.949 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.884 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 58.041 / SU ML: 0.436 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.548 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25434 470 4.8 %RANDOM
Rwork0.23365 ---
obs0.23462 9329 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å20 Å2-2.61 Å2
2--5.43 Å20 Å2
3----7.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.31→38.949 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3815 0 0 5 3820
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223845
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2071.9835180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5285500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.26623.636165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.65615685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9851540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2605
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212875
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it01.52500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it024000
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it031345
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it04.51180
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A716tight positional0.020.05
11B716tight positional0.030.05
11C716tight positional0.020.05
11D716tight positional0.030.05
11E716tight positional0.020.05
22A24medium positional0.10.5
22B24medium positional0.070.5
22C24medium positional0.070.5
22D24medium positional0.080.5
22E24medium positional0.120.5
22A23loose positional0.25
22B23loose positional0.25
22C23loose positional0.25
22D23loose positional0.325
22E23loose positional0.385
11A716tight thermal00.5
11B716tight thermal00.5
11C716tight thermal00.5
11D716tight thermal00.5
11E716tight thermal00.5
22A24medium thermal02
22B24medium thermal02
22C24medium thermal02
22D24medium thermal02
22E24medium thermal02
22A23loose thermal010
22B23loose thermal010
22C23loose thermal010
22D23loose thermal010
22E23loose thermal010
LS精密化 シェル解像度: 3.305→3.391 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 31 -
Rwork0.254 658 -
obs-689 93.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.852-0.8423-2.14637.54891.24896.954-0.1493-0.1191-0.12210.340.1234-0.35720.3507-0.16380.02590.234-0.0165-0.0380.2648-0.02180.50923.9098.36320.578
28.0675-0.4322-0.89138.07770.3196.33-0.26320.1835-0.0601-0.1050.19360.14840.4623-0.0150.06960.20780.03280.01390.21070.06040.44244.3214.8377.347
37.77421.29190.35277.18420.398210.80190.2307-0.12450.23130.292-0.2329-0.00410.447-0.47790.00220.5199-0.01640.0140.28260.04140.43294.118-11.9928.803
411.67061.89223.42248.97632.800613.3363-0.33240.4072-0.07050.42460.3146-0.85090.33291.20490.01780.49030.0341-0.07990.3467-0.09560.58589.342-24.068.485
56.1290.3142-1.57458.14640.89799.4136-0.00610.34190.28480.11350.2291-0.56480.23121.6237-0.2230.55750.0569-0.03580.7828-0.19620.670930.70623.01538.125
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A39 - 133
2X-RAY DIFFRACTION1F201 - 206
3X-RAY DIFFRACTION2B39 - 133
4X-RAY DIFFRACTION2G201 - 206
5X-RAY DIFFRACTION3C39 - 133
6X-RAY DIFFRACTION3H201 - 206
7X-RAY DIFFRACTION4D39 - 133
8X-RAY DIFFRACTION4I201 - 206
9X-RAY DIFFRACTION5E39 - 133
10X-RAY DIFFRACTION5J201 - 206

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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