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- PDB-3qgk: 3.0 A Model of Iron Containing Urease UreA2B2 from Helicobacter m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qgk
タイトル3.0 A Model of Iron Containing Urease UreA2B2 from Helicobacter mustelae (refined w/ no ordered solvent)
要素
  • Fusion of urease beta and gamma subunits
  • Urease subunit beta 2
キーワードHYDROLASE / iron metalloenzyme / alpha-beta barrel / urease
機能・相同性
機能・相同性情報


urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urease, gamma-beta subunit / Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / Urease beta subunit ...Urease, gamma-beta subunit / Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / Urease beta subunit / Urease domain profile. / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease, gamma/gamma-beta subunit / Urease, gamma subunit superfamily / Urease, gamma subunit / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Ribbon / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Urease subunit beta / urease
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter mustelae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Tronrud, D.E. / Robbins, A. / Karplus, P.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Iron-containing urease in a pathogenic bacterium.
著者: Carter, E.L. / Tronrud, D.E. / Taber, S.R. / Karplus, P.A. / Hausinger, R.P.
履歴
登録2011年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月24日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion of urease beta and gamma subunits
C: Urease subunit beta 2
D: Fusion of urease beta and gamma subunits
F: Urease subunit beta 2
G: Fusion of urease beta and gamma subunits
I: Urease subunit beta 2
J: Fusion of urease beta and gamma subunits
L: Urease subunit beta 2
M: Fusion of urease beta and gamma subunits
O: Urease subunit beta 2
P: Fusion of urease beta and gamma subunits
R: Urease subunit beta 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)523,52224
ポリマ－522,85212
非ポリマー67012
水00
1
A: Fusion of urease beta and gamma subunits
C: Urease subunit beta 2
D: Fusion of urease beta and gamma subunits
F: Urease subunit beta 2
G: Fusion of urease beta and gamma subunits
I: Urease subunit beta 2
J: Fusion of urease beta and gamma subunits
L: Urease subunit beta 2
M: Fusion of urease beta and gamma subunits
O: Urease subunit beta 2
P: Fusion of urease beta and gamma subunits
R: Urease subunit beta 2
ヘテロ分子

A: Fusion of urease beta and gamma subunits
C: Urease subunit beta 2
D: Fusion of urease beta and gamma subunits
F: Urease subunit beta 2
G: Fusion of urease beta and gamma subunits
I: Urease subunit beta 2
J: Fusion of urease beta and gamma subunits
L: Urease subunit beta 2
M: Fusion of urease beta and gamma subunits
O: Urease subunit beta 2
P: Fusion of urease beta and gamma subunits
R: Urease subunit beta 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,047,04348
ポリマ－1,045,70324
非ポリマー1,34024
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)166.980, 223.940, 395.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質
Fusion of urease beta and gamma subunits / UreA2


分子量: 25142.035 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter mustelae (バクテリア)
株: ATCC 43772 / LMG 18044 / NCTC 12198 / 12198 / 遺伝子: HMU13020, ureA2 / プラスミド: pEC015 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold / 参照: UniProt: D3UJ81
#2: タンパク質
Urease subunit beta 2 / UreB2 / Urea amidohydrolase subunit beta 2


分子量: 61999.883 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter mustelae (バクテリア)
株: ATCC 43772 / LMG 18044 / NCTC 12198 / 12198 / 遺伝子: HMU13010, ureB2 / プラスミド: pEC015 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold / 参照: UniProt: D3UJ80, urease
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 6.7 mg/ml protein, 6.7 mM Tris, 20% MPD, 0.07 M sodium acetate, 0.013 M calcium chloride, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月27日
放射モノクロメーター: ASYMMETRIC CUT SINGLE CRYSTAL SI(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.998→67.292 Å / Num. all: 145678 / Num. obs: 145678 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 59.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.201 / Rsym value: 0.201 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3-3.165.10.8090.9102307201400.80994.3
3.16-3.355.60.5461.4109887196590.54697.2
3.35-3.596.50.3692121909188740.36999.1
3.59-3.877.70.2682.8136954177400.26899.7
3.87-4.249.30.213.5151734163960.21100
4.24-4.7410.60.174.2157872148650.17100
4.74-5.4811.30.1734.1147901131350.173100
5.48-6.7112.40.1674.3139048111920.167100
6.71-9.4915.80.0878.213800987250.087100
9.49-67.29216.20.04812.78029649520.04899.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å67.29 Å
Translation3 Å67.29 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.18データスケーリング
PHASER2.2.4位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BOSbeamline control softwareデータ収集
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EJX

1ejx


解像度: 3→67.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9244 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1965 7283 5.01 %RANDOM
Rwork0.1771 ---
all0.1781 145355 --
obs0.1781 145355 --
原子変位パラメータBiso max: 140.26 Å2 / Biso mean: 31.4444 Å2 / Biso min: 7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6436 Å20 Å20 Å2
2---2.1771 Å20 Å2
3---1.5334 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.339 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→67.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36408 0 12 0 36420
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d12954SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes930HARMONIC20.0072
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5406HARMONIC50.0141
X-RAY DIFFRACTIONt_it37140HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion6HARMONIC01.246
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4932SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact42290SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d37140HARMONIC20.0088
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg50160HARMONIC21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.33
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 477 4.78 %
Rwork0.2417 9508 -
all0.2426 9985 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6628-0.07830.0340.34980.03590.39910.00650.1022-0.0072-0.0901-0.0015-0.0507-0.0050.0321-0.005-0.0386-0.01390.024-0.11140.0208-0.030515.2475-94.310282.3624
20.557-0.0709-0.0620.48410.040.2954-0.0068-0.02990.05740.06160.0062-0.0421-0.04240.03280.0006-0.065-0.0378-0.0095-0.08060.0257-0.004125.9124-69.9023119.611
30.3384-0.05510.10380.45160.01440.4357-0.0098-0.00990.0659-0.0287-0.0010.062-0.0116-0.03870.0108-0.08570.00290.0067-0.0970.05750.0266-17.0946-70.6866104.394
40.4776-0.0891-0.09420.6280.17550.4598-0.0033-0.0459-0.0081-0.010.0233-0.0988-0.01740.0921-0.02-0.0875-0.0144-0.0069-0.02040.0063-0.011849.3619-107.636133.655
50.456-0.009-0.10080.3359-0.05490.5451-0.0049-0.128-0.0910.05350.0164-0.05330.0497-0.0045-0.0115-0.03360.0243-0.0337-0.0295-0.0059-0.003629.326-145.885148.734
60.3840.1079-0.07090.4969-0.07290.45580.0022-0.1210.07670.09250.0154-0.0023-0.02970.0391-0.0176-0.00850.0415-0.01870.1034-0.0375-0.098522.675-106.328170.67
70.46920.0669-0.19670.9430.39621.29260.00320.08630.0986-0.1122-0.0289-0.0359-0.0155-0.06470.0256-0.0074-0.01230.0058-0.09620.122-0.01620.9554-62.925777.0586
81.8078-0.5850.20680.57770.79480.9232-0.01130.1090.0557-0.18470.0370.1126-0.0623-0.1373-0.0257-0.09590.0332-0.0571-0.030.0754-0.0317-34.093-94.082672.509
91.365-0.20920.94880.696-0.26421.19630.00730.0286-0.0132-0.02570.0069-0.1176-0.01860.0243-0.0143-0.0825-0.0770.0382-0.10130.07040.047728.1988-63.504585.3361
101.63790.0870.31661.37930.78811.1112-0.02160.1758-0.0206-0.0069-0.003-0.05020.04680.18380.0246-0.106-0.02270.0952-0.0661-0.0180.021456.382-100.37893.452
111.8673-0.8571-0.31680.49390.25850.8414-0.00930.00320.0761-0.00960.01040.0038-0.0169-0.0097-0.0011-0.0581-0.0435-0.0007-0.1930.07660.08999.1914-48.1743100.181
122.3630.2210.581900.06772.65710.0246-0.1880.16620.05170.0018-0.0506-0.07540.0339-0.02640.0150.005-0.0225-0.1171-0.07340.0293-0.2387-48.5767146.341
130.00110.0357-0.13610.8801-0.53530.834-0.0225-0.07570.01520.06840.0346-0.0257-0.0210.0874-0.0121-0.0974-0.0187-0.07150.1766-0.05340.026756.1241-108.504167.89
141.1021-0.0394-0.2451.8416-0.11160.6754-0.0103-0.22160.07010.08650.00760.0152-0.07870.04410.0028-0.0259-0.0556-0.01950.0228-0.1105-0.036635.71-66.8276159.754
150.13320.36510.06751.78230.31460.8340.0148-0.0251-0.0288-0.0320.0285-0.1356-0.0267-0.0449-0.0433-0.08220.0815-0.07920.0679-0.00110.091761.2687-132.438153.017
161.42350.828-0.63492.0205-0.31351.8647-0.00430.1558-0.0631-0.03360.0363-0.1290.02280.0723-0.032-0.14880.04360.0658-0.1153-0.06080.010656.5859-140.336106.805
170.9262-0.3384-0.96021.41330.43431.18440.0014-0.19440.04790.07310.0174-0.12130.0508-0.0019-0.0189-0.04670.06-0.09170.19420.012-0.11344.2853-133.248176.055
180.09450.5035-0.58962.42960.06150.06180.0185-0.0781-0.19940.16630.02980.05470.05790.0004-0.04830.1046-0.00340.0080.04980.0708-0.12330.6857-150.546180.494
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ C|1 - C|568 }C1 - 568
2X-RAY DIFFRACTION2{ F|1 - F|568 }F1 - 568
3X-RAY DIFFRACTION3{ I|1 - I|568 }I1 - 568
4X-RAY DIFFRACTION4{ L|1 - L|568 }L1 - 568
5X-RAY DIFFRACTION5{ O|1 - O|568 }O1 - 568
6X-RAY DIFFRACTION6{ R|1 - R|568 }R1 - 568
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|1 - A|108 }A1 - 108
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|118 - A|225 }A118 - 225
9X-RAY DIFFRACTION9{ D|1 - D|108 }D1 - 108
10X-RAY DIFFRACTION10{ D|118 - D|225 }D118 - 225
11X-RAY DIFFRACTION11{ G|1 - G|108 }G1 - 108
12X-RAY DIFFRACTION12{ G|118 - G|225 }G118 - 225
13X-RAY DIFFRACTION13{ J|1 - J|108 }J1 - 108
14X-RAY DIFFRACTION14{ J|118 - J|225 }J118 - 225
15X-RAY DIFFRACTION15{ M|1 - M|108 }M1 - 108
16X-RAY DIFFRACTION16{ M|118 - M|225 }M118 - 225
17X-RAY DIFFRACTION17{ P|1 - P|108 }P1 - 108
18X-RAY DIFFRACTION18{ P|118 - P|225 }P118 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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