PDB-3qga: 3.0 A Model of Iron Containing Urease UreA2B2 from Helicobacter m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qga

タイトル

3.0 A Model of Iron Containing Urease UreA2B2 from Helicobacter mustelae

要素

Fusion of urease beta and gamma subunits
Urease subunit beta 2

キーワード

HYDROLASE / iron metalloenzyme / alpha-beta barrel / urease

機能・相同性

機能・相同性情報

urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter mustelae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Tronrud, D.E. / Robbins, A. / Karplus, P.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Iron-containing urease in a pathogenic bacterium.
著者: Carter, E.L. / Tronrud, D.E. / Taber, S.R. / Karplus, P.A. / Hausinger, R.P.

履歴

登録	2011年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月24日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qga.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qga.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qga.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3qga_validation.pdf.gz	495.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qga_full_validation.pdf.gz	525.7 KB	表示
XML形式データ	3qga_validation.xml.gz	154.1 KB	表示
CIF形式データ	3qga_validation.cif.gz	215.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/3qga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/3qga	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3qgkC 1ejxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qgk-1 1e9y-1 1e9z-1 6yl3-d 6qsu-d 6zja-d 4z42-1 11233 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (17) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Fusion of urease beta and gamma subunits

C: Urease subunit beta 2

D: Fusion of urease beta and gamma subunits

F: Urease subunit beta 2

G: Fusion of urease beta and gamma subunits

I: Urease subunit beta 2

J: Fusion of urease beta and gamma subunits

L: Urease subunit beta 2

M: Fusion of urease beta and gamma subunits

O: Urease subunit beta 2

P: Fusion of urease beta and gamma subunits

R: Urease subunit beta 2

ヘテロ分子

524 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fusion of urease beta and gamma subunits

C: Urease subunit beta 2

D: Fusion of urease beta and gamma subunits

F: Urease subunit beta 2

G: Fusion of urease beta and gamma subunits

I: Urease subunit beta 2

J: Fusion of urease beta and gamma subunits

L: Urease subunit beta 2

M: Fusion of urease beta and gamma subunits

O: Urease subunit beta 2

P: Fusion of urease beta and gamma subunits

R: Urease subunit beta 2

ヘテロ分子

A: Fusion of urease beta and gamma subunits

C: Urease subunit beta 2

D: Fusion of urease beta and gamma subunits

F: Urease subunit beta 2

G: Fusion of urease beta and gamma subunits

I: Urease subunit beta 2

J: Fusion of urease beta and gamma subunits

L: Urease subunit beta 2

M: Fusion of urease beta and gamma subunits

O: Urease subunit beta 2

P: Fusion of urease beta and gamma subunits

R: Urease subunit beta 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
1.05 MDa, 24 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	166.980, 223.940, 395.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Fusion of urease beta and gamma subunits / UreA2 分子量: 25142.035 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter mustelae (バクテリア) 株: ATCC 43772 / LMG 18044 / NCTC 12198 / 12198 / 遺伝子: HMU13020, ureA2 / プラスミド: pEC015 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold / 参照: UniProt: D3UJ81
#2: タンパク質	Urease subunit beta 2 / UreB2 / Urea amidohydrolase subunit beta 2 分子量: 61999.883 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter mustelae (バクテリア) 株: ATCC 43772 / LMG 18044 / NCTC 12198 / 12198 / 遺伝子: HMU13010, ureB2 / プラスミド: pEC015 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold / 参照: UniProt: D3UJ80, urease
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 606 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 6.7 mg/ml protein, 6.7 mM Tris, 20% MPD, 0.07 M sodium acetate, 0.013 M calcium chloride, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月27日

放射

モノクロメーター: ASYMMETRIC CUT SINGLE CRYSTAL SI(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9765 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.998→67.292 Å / Num. all: 145678 / Num. obs: 145678 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 59.84 Å² / R_merge(I) obs: 0.201 / R_sym value: 0.201 / Net I/σ(I): 9.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
3-3.16	5.1	0.809	0.9	102307	20140	0.809	94.3
3.16-3.35	5.6	0.546	1.4	109887	19659	0.546	97.2
3.35-3.59	6.5	0.369	2	121909	18874	0.369	99.1
3.59-3.87	7.7	0.268	2.8	136954	17740	0.268	99.7
3.87-4.24	9.3	0.21	3.5	151734	16396	0.21	100
4.24-4.74	10.6	0.17	4.2	157872	14865	0.17	100
4.74-5.48	11.3	0.173	4.1	147901	13135	0.173	100
5.48-6.71	12.4	0.167	4.3	139048	11192	0.167	100
6.71-9.49	15.8	0.087	8.2	138009	8725	0.087	100
9.49-67.292	16.2	0.048	12.7	80296	4952	0.048	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	67.29 Å
Translation	3 Å	67.29 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.18	データスケーリング
PHASER	2.2.4	位相決定
BUSTER-TNT		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
BOS	beamline control software	データ収集
BUSTER	2.8.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EJX

1ejx

解像度: 3→67.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9307 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9135 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1894	7283	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1701	-	-	-
all	0.1711	145355	-	-
obs	0.1711	145355	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 143.31 Å² / B_iso mean: 32.168 Å² / B_iso min: 4.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.6073 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.9346 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.3273 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.32 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→67.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	36408	0	12	606	37026

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	12954	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	930	HARMONIC	2	0.0073
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	5406	HARMONIC	5	0.0144
X-RAY DIFFRACTION	t_it	37140	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion	6	HARMONIC	0	1.007
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	4932	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	42620	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	37158	HARMONIC	2	0.0089
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	50160	HARMONIC	2	1.17
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.75
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				20.38

LS精密化シェル

解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2554	477	4.78 %
R_work	0.2371	9508	-
all	0.2379	9985	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6302	-0.0851	0.0244	0.3533	0.0535	0.4139	0.0021	0.1033	-0.0057	-0.0856	0.0057	-0.0516	-0.0026	0.0414	-0.0078	-0.0425	-0.0133	0.0249	-0.1046	0.0226	-0.0342	15.2475	-94.3102	82.3624
2	0.5094	-0.069	-0.0541	0.5064	0.057	0.3226	-0.0057	-0.0351	0.0622	0.0628	0.0042	-0.0421	-0.0455	0.0298	0.0016	-0.0664	-0.0388	-0.0066	-0.0704	0.0247	0.0018	25.9124	-69.9023	119.611
3	0.391	-0.047	0.1043	0.4418	0.0214	0.4418	-0.0105	0.0017	0.0685	-0.0366	-0.0017	0.0632	-0.0155	-0.0405	0.0122	-0.0883	0.0057	0.0057	-0.0987	0.0574	0.0272	-17.0946	-70.6866	104.394
4	0.4403	-0.0681	-0.0975	0.5922	0.1722	0.4957	-0.0068	-0.0401	-0.0114	-0.0062	0.0276	-0.1023	-0.0104	0.0951	-0.0208	-0.0884	-0.016	-0.0077	-0.0194	-0.0002	-0.0118	49.3619	-107.636	133.655
5	0.4343	0.0048	-0.0893	0.3629	-0.0466	0.5077	-0.0038	-0.1298	-0.0941	0.059	0.0134	-0.0501	0.0555	-0.0073	-0.0096	-0.0386	0.0291	-0.0322	-0.0218	-0.0052	-0.0041	29.326	-145.885	148.734
6	0.3511	0.1012	-0.0877	0.5377	-0.0413	0.4773	0.0038	-0.1223	0.0758	0.0897	0.016	-0.0121	-0.0375	0.046	-0.0197	-0.0089	0.042	-0.0216	0.1061	-0.0351	-0.1064	22.675	-106.328	170.67
7	0.6889	-0.077	-0.2	0.8771	0.4563	1.3667	0.0068	0.0766	0.1113	-0.1392	-0.0233	-0.0575	-0.0271	-0.0823	0.0165	0.002	-0.0138	0.0085	-0.1053	0.1232	-0.0224	0.9554	-62.9257	77.0586
8	2.1856	-0.671	0.3194	0.9498	0.6056	0.7448	-0.0093	0.1295	0.0537	-0.1861	0.0316	0.148	-0.0633	-0.1499	-0.0223	-0.085	0.0311	-0.0647	-0.032	0.0773	-0.0477	-34.093	-94.0826	72.509
9	1.1605	-0.1459	0.9674	0.9536	-0.2448	1.2119	0.0096	0.0481	-0.0029	-0.0318	0.0095	-0.124	-0.0245	0.0306	-0.0191	-0.0832	-0.0802	0.0409	-0.0968	0.0724	0.038	28.1988	-63.5045	85.3361
10	1.6199	-0.0564	0.1988	1.3196	0.8071	1.5786	-0.0167	0.1769	-0.018	-0.0134	0.0104	-0.0567	0.0462	0.2018	0.0063	-0.1251	-0.0256	0.0869	-0.0653	-0.0128	0.0247	56.382	-100.378	93.452
11	1.9812	-0.984	-0.2662	0.4645	0.1229	0.6436	-0.0149	-0.0182	0.0986	-0.0395	0.0135	0.0042	-0.0156	-0.0199	0.0014	-0.0671	-0.038	-0.0025	-0.1828	0.0766	0.0857	9.1914	-48.1743	100.181
12	2.7814	0.2628	0.6508	0.0005	0.2334	2.7	0.0277	-0.2058	0.2095	0.0803	0.0028	-0.0535	-0.0848	0.0375	-0.0305	0.0058	0.0109	-0.0176	-0.1224	-0.0759	0.0233	-0.2387	-48.5767	146.341
13	0.074	0.0333	-0.3262	1.0227	-0.5461	1.0541	-0.0174	-0.0822	-0.0038	0.0862	0.0338	-0.0434	-0.0252	0.1104	-0.0164	-0.1042	-0.0177	-0.073	0.1825	-0.0548	0.0268	56.1241	-108.504	167.89
14	1.0661	-0.0084	-0.1284	2.0135	0.1174	1.1344	-0.0131	-0.2356	0.094	0.0922	0.0023	0.016	-0.1131	0.0534	0.0108	-0.0342	-0.0567	-0.0246	0.0258	-0.1014	-0.0325	35.71	-66.8276	159.754
15	0.1361	0.4296	0.1082	2.16	0.2399	0.7222	0.0148	-0.0443	-0.044	-0.0504	0.025	-0.1361	-0.0135	-0.0424	-0.0398	-0.0816	0.0785	-0.0764	0.0726	-0.0071	0.0779	61.2687	-132.438	153.017
16	1.499	0.9847	-0.7884	1.9632	-0.2805	1.9154	0.0054	0.1922	-0.0641	-0.0662	0.0299	-0.1681	0.0172	0.093	-0.0354	-0.1491	0.0514	0.0692	-0.1121	-0.06	0.0127	56.5859	-140.336	106.805
17	0.935	-0.493	-0.9257	1.4508	0.5611	1.3562	0.0032	-0.1978	0.036	0.0817	0.0214	-0.1238	0.0421	-0.0024	-0.0247	-0.0476	0.0548	-0.0909	0.181	0.0127	-0.1115	44.2853	-133.248	176.055
18	0.2347	0.4412	-0.6227	2.7093	-0.144	0.0958	0.019	-0.0835	-0.2186	0.1772	0.0303	0.0576	0.0777	0.0088	-0.0493	0.093	0.0039	0.0042	0.0614	0.0664	-0.1413	0.6857	-150.546	180.494

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ C\|1 - C\|568 }	C	1 - 568
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ F\|1 - F\|568 }	F	1 - 568
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ I\|1 - I\|568 }	I	1 - 568
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ L\|1 - L\|568 }	L	1 - 568
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ O\|1 - O\|568 }	O	1 - 568
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ R\|1 - R\|568 }	R	1 - 568
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|1 - A\|108 }	A	1 - 108
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ A\|118 - A\|225 }	A	118 - 225
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ D\|1 - D\|108 }	D	1 - 108
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ D\|118 - D\|225 }	D	118 - 225
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ G\|1 - G\|108 }	G	1 - 108
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ G\|118 - G\|225 }	G	118 - 225
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ J\|1 - J\|108 }	J	1 - 108
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ J\|118 - J\|225 }	J	118 - 225
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ M\|1 - M\|108 }	M	1 - 108
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ M\|118 - M\|225 }	M	118 - 225
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{ P\|1 - P\|108 }	P	1 - 108
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{ P\|118 - P\|225 }	P	118 - 225

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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