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- PDB-3qfh: 2.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of Epidermin Leader Pe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qfh
タイトル2.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of Epidermin Leader Peptide Processing Serine Protease (EpiP) from Staphylococcus aureus.
要素Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Alpha and beta proteins (a/b) / Subtilisin-like / Rossmann fold / serine-type endopeptidase activity
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Protease propeptides/inhibitors / Lantibiotic leader peptide-processing serine protease / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / : / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site ...: / Protease propeptides/inhibitors / Lantibiotic leader peptide-processing serine protease / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / : / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leader peptide-processing serine protease / Leader peptide-processing serine protease
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of Epidermin Leader Peptide Processing Serine Protease (EpiP) from Staphylococcus aureus.
著者: Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F.
履歴
登録2011年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
B: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
C: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
D: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
E: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
F: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
G: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
H: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)403,93354
ポリマ－399,7838
非ポリマー4,15046
水27,2211511
1
A: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6309
ポリマ－49,9731
非ポリマー6578
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7339
ポリマ－49,9731
非ポリマー7618
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3575
ポリマ－49,9731
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3806
ポリマ－49,9731
非ポリマー4075
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5457
ポリマ－49,9731
非ポリマー5726
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3575
ポリマ－49,9731
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3575
ポリマ－49,9731
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5728
ポリマ－49,9731
非ポリマー5997
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.505, 94.696, 122.999
Angle α, β, γ (deg.)89.98, 90.37, 116.79
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Epidermin leader peptide processing serine protease EpiP


分子量: 49972.879 Da / 分子数: 8 / 断片: sequence database residues 28-457 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: epiP, SACOL1874 / プラスミド: pET 15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic
参照: UniProt: Q5HEV5, UniProt: A0A0H2WX20*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ

-
非ポリマー , 5種, 1557分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein: 7mg/mL, ?M Sodium cloride, Tris-HCl (pH 8.3), Screen: GCSG+ (H9), 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月14日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. all: 219399 / Num. obs: 219399 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 10837 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1THM

1thm


解像度: 2.05→29.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 7.082 / SU ML: 0.086
Isotropic thermal model: Atomic thermal factors individually refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21596 10599 5 %RANDOM
Rwork0.1695 ---
all0.1718 200752 --
obs0.1718 200752 97.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.607 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.78 Å2-2.15 Å2-0.19 Å2
2--1.41 Å20.13 Å2
3----1.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→29.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26598 0 221 1511 28330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02227433
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0218119
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3531.94737080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.834344597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.10753421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.18925.9511304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.394154907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.991572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.24048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0230643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025093
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0181.516941
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2971.56976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.797227279
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.976310492
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6684.59801
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 793 -
Rwork0.248 14675 -
obs-10599 96.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7482-0.49780.09371.7377-0.53764.98970.04820.08960.1168-0.0645-0.0422-0.1186-0.04180.3702-0.0060.0795-0.0737-0.00370.12390.01390.01414.78371.659458.903
20.97540.10230.00970.50640.13280.8862-0.00990.03290.0259-0.04360.0156-0.0016-0.07570.0382-0.00570.0971-0.0416-0.01670.02090.00140.0241-1.25072.227186.4717
32.7750.348-0.23722.2920.55124.3747-0.02270.1334-0.0862-0.1458-0.00240.08040.0683-0.37330.02510.0393-0.0463-0.00610.1156-0.00010.0068-5.341818.6655-2.2757
40.82680.04570.02480.5419-0.12390.9985-0.00160.0185-0.0055-0.02850.01380.01750.0754-0.0532-0.01220.0669-0.02870.01750.0146-0.00050.036510.222118.066625.011
52.2280.4048-0.09811.7028-0.40065.4697-0.13060.03890.0818-0.07410.0415-0.0892-0.1920.54880.08910.0984-0.00990.06510.1927-0.04010.0969-7.128642.559154.9639
60.8878-0.062-0.2991.18790.49151.8473-0.0470.0747-0.0886-0.1088-0.0264-0.0431-0.03270.02540.07350.01450.00580.00630.0694-0.05360.0908-23.747544.848882.6504
72.64870.0105-0.36061.77190.38695.73660.0868-0.11540.02650.1421-0.02430.16220.2354-0.2669-0.06250.0742-0.04240.00960.05260.02720.0486-21.732-24.26468.6892
80.84710.2438-0.14781.0677-0.07521.38290.0162-0.0260.0352-0.0446-0.00990.03720.0553-0.0447-0.00630.0083-0.0041-0.00890.01360.02070.0537-13.9512-12.383340.8509
92.5345-0.0014-0.223.45590.33088.3504-0.1316-0.3147-0.16260.4565-0.09130.10480.9278-0.09150.22290.21510.01510.08880.10330.0250.056743.203512.006465.5173
100.78170.06630.16190.8627-0.30081.3725-0.09980.003-0.0705-0.04910.0116-0.0420.02250.15650.08820.0289-0.00090.03570.0709-0.01280.059447.01629.694940.3538
113.31280.12530.74523.9893-0.37738.5855-0.1116-0.43380.14390.4317-0.2041-0.0861-0.97520.10270.31570.22990.0313-0.10870.1253-0.04190.0778-34.61118.1249127.005
120.84040.0626-0.14650.90840.35291.3629-0.1353-0.01130.072-0.05150.02840.0584-0.0294-0.18570.10690.041-0.0013-0.04160.07930.00880.0586-38.2307-9.4876101.7782
133.24810.71450.83511.67060.29055.5959-0.19150.02460.0387-0.233-0.03360.12960.1076-0.59040.22510.14090.0138-0.08140.19820.02940.114-26.301962.4413-6.4448
140.9550.02040.35131.2867-0.45031.9528-0.06620.0740.1357-0.1143-0.05330.04450.0109-0.00320.11950.01490.0041-0.00990.06090.0580.1059-10.008160.022221.1289
152.52330.0670.38032.20610.02274.27570.0934-0.1449-0.00890.1333-0.0357-0.1508-0.22850.1495-0.05770.0701-0.0325-0.00210.0578-0.04120.055429.8644.2181130.3764
160.8510.24260.06791.05970.07771.37060.0147-0.0269-0.0242-0.0238-0.0047-0.0359-0.04740.0316-0.010.01620.00390.00760.0187-0.02670.067322.682832.5633102.3778
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2A100 - 457
3X-RAY DIFFRACTION3B28 - 94
4X-RAY DIFFRACTION4B100 - 457
5X-RAY DIFFRACTION5C28 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6C100 - 457
7X-RAY DIFFRACTION7D28 - 95
8X-RAY DIFFRACTION8D100 - 457
9X-RAY DIFFRACTION9E28 - 95
10X-RAY DIFFRACTION10E100 - 457
11X-RAY DIFFRACTION11F28 - 95
12X-RAY DIFFRACTION12F100 - 457
13X-RAY DIFFRACTION13G28 - 90
14X-RAY DIFFRACTION14G100 - 457
15X-RAY DIFFRACTION15H29 - 95
16X-RAY DIFFRACTION16H100 - 457

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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