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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qfe | ||||||
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タイトル | Crystal structures of a putative dihydrodipicolinate synthase family protein from Coccidioides immitis | ||||||
![]() | Putative dihydrodipicolinate synthase family protein | ||||||
![]() | LYASE / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Coccidioides / Valley Fever / Coccidioidomycosis / pathogenic fungus / soil-born pathogen / putative uncharacterized protein | ||||||
機能・相同性 | Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of a putative dihydrodipicolinate synthase family protein from Coccidioides immitis 著者: Edwards, T.E. / Gardberg, A.S. / Sankaran, B. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 235.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 189.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 459.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2v8zS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 313 / Label seq-ID: 5 - 317
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33576.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.76 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: CoimA.00447.a.A1 PW28367 at 24.64 mg/mL against CSHT screen condition B2, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Na Hepes pH 7.5, 28% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月30日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 38337 / Num. obs: 38200 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.7 % / Biso Wilson estimate: 46.203 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 27.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 58.05 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2v8z 解像度: 2.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.2213 / WRfactor Rwork: 0.1901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8642 / SU B: 12.502 / SU ML: 0.136 / SU R Cruickshank DPI: 0.2443 / SU Rfree: 0.2002 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.46 Å2 / Biso mean: 40.6171 Å2 / Biso min: 12.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2130 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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