PDB-3qf0: Crystal structure of the mutant T159V,Y206F of orotidine 5'-monop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qf0

タイトル

Crystal structure of the mutant T159V,Y206F of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor BMP

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / (beta-alpha)8 barrel / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / inhibitor BMP / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.34 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Desai, B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
著者: Desai, B.J. / Wood, B.M. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Goryanova, B. / Amyes, T.L. / Richard, J.P. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2011年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qf0.cif.gz	107.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qf0.ent.gz	82.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qf0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/3qf0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/3qf0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3li0C 3p5yC 3p5zC 3p60C 3p61C 3qezC 3qmrC 3qmsC 3qmtC 3rluC 3rlvC 3sj3C 3v1pC 4fx6C 4fx8C 4fxrC 4gc4C 3ltpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3rlu-d 3qms-d 3lty-d 3nqc-d 3lhv-1 3g1h-3 2e6y-d 4lc8-d 3li1-d 3g24-d 3wk0-1 4o8r-3 3lhy-d 4o8r-6 3qmt-d 1km3-2 3qmr-d 3g1d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.930, 63.675, 61.432
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.34, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24866.725 Da / 分子数: 2 / 変異: T159V,Y206F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌) 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-BMP / 6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE / 6-ヒドロキシウリジン5′-りん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₁₀P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.4M sodium citrate, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月5日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.34→32.446 Å / Num. all: 87118 / Num. obs: 87118 / % possible obs: 93.02 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LTP

3ltp

解像度: 1.34→32.446 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 20 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1923	4364	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1731	-	-	-
all	0.1741	87118	-	-
obs	0.1741	87118	93.02 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.044 Å² / k_sol: 0.384 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.5389 Å²	-0 Å²	-3.2815 Å²
2-	-	3.1622 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.6233 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.34→32.446 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3321	0	50	367	3738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3592
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.032	4877
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.838	1412
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	549
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	652

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.34-1.3552	0.4077	65	0.3253	1313	X-RAY DIFFRACTION	44
1.3552-1.3712	0.3156	63	0.3143	1568	X-RAY DIFFRACTION	53
1.3712-1.3879	0.3477	90	0.3119	1842	X-RAY DIFFRACTION	62
1.3879-1.4055	0.3415	104	0.2888	2103	X-RAY DIFFRACTION	72
1.4055-1.424	0.3412	127	0.2676	2437	X-RAY DIFFRACTION	82
1.424-1.4435	0.2936	140	0.2568	2642	X-RAY DIFFRACTION	89
1.4435-1.4641	0.2555	142	0.2441	2791	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4641-1.4859	0.2731	132	0.2309	2884	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4859-1.5092	0.2066	167	0.2145	2953	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5092-1.5339	0.2689	158	0.2093	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5339-1.5604	0.216	164	0.1969	2918	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5604-1.5887	0.2168	173	0.1854	2965	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5887-1.6193	0.2041	143	0.1783	2962	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6193-1.6523	0.1789	158	0.1774	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6523-1.6883	0.2086	150	0.1792	2939	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6883-1.7275	0.2113	162	0.1715	2929	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7275-1.7707	0.2208	181	0.1725	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7707-1.8186	0.2075	161	0.1713	2978	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8186-1.8721	0.1897	167	0.1706	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8721-1.9325	0.1862	137	0.1728	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9325-2.0016	0.1899	161	0.1715	2945	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0016-2.0817	0.2026	160	0.1707	2950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0817-2.1764	0.1945	159	0.1785	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1764-2.2912	0.1778	162	0.1673	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2912-2.4347	0.1884	165	0.167	2961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4347-2.6226	0.198	153	0.1677	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6226-2.8863	0.2067	158	0.178	2977	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8863-3.3037	0.1799	138	0.1643	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3037-4.1609	0.1485	162	0.1397	3002	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1609-32.4554	0.1594	162	0.1533	3010	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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