PDB-3qdr: Structural characterization of the interaction of colicin A, coli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qdr

タイトル

Structural characterization of the interaction of colicin A, colicin N, and TolB with the TolAIII translocon

要素

Colicin-A
Protein tolA

キーワード

PROTEIN TRANSPORT/TOXIN / ColA / TolA / Complex / translocation / ColA binds to TolA / Methylation / PROTEIN TRANSPORT-TOXIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to bacteriocin / cell septum assembly / regulation of membrane invagination / pore-forming activity / bacteriocin transport / toxin transmembrane transporter activity / protein import / virion binding / cell division site / disordered domain specific binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Citrobacter freundii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Li, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Evidence That Colicin A Protein Binds to a Novel Binding Site of TolA Protein in Escherichia coli Periplasm.
著者: Li, C. / Zhang, Y. / Vankemmelbeke, M. / Hecht, O. / Aleanizy, F.S. / Macdonald, C. / Moore, G.R. / James, R. / Penfold, C.N.

履歴

登録	2011年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月9日	Group: Database references
改定 1.2	2012年6月20日	Group: Database references
改定 1.3	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qdr.cif.gz	67.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qdr.ent.gz	49.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qdr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qdr_validation.pdf.gz	462.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qdr_full_validation.pdf.gz	470.4 KB	表示
XML形式データ	3qdr_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	3qdr_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/3qdr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/3qdr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qdpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2j9u-1 3lx7-d 1hyv-d 3dlr-d 5ysj-3 5o2y-d 6otd-d 5hrs-d 5hrr-d 1cr5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein tolA

B: Colicin-A

ヘテロ分子

20.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.497, 119.624, 30.147
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Protein tolA 分子量: 13140.814 Da / 分子数: 1 / 断片: TolA domain III, residues 302-421 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: tolA, cim, excC, lky, b0739, JW0729 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19934
#2: タンパク質	Colicin-A 分子量: 6803.556 Da / 分子数: 1 / 断片: ColA, residues 53-107 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア) 遺伝子: caa, ColA / プラスミド: pET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04480
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M K2HPO4, 2.2 M ammonium sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	298	1
2	298	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID23-2	1	0.8726
シンクロトロン	ESRF	ID14-4	2	0.9795

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD	2009年6月15日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2010年3月12日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	horizontally diffracting monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	channel cut ESRF monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.8726	1
2	0.9795	1

反射

解像度: 2.65→59.8 Å / Num. obs: 5238 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.098 / R_sym value: 0.129 / Net I/σ(I): 10.5

反射シェル

解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / R_sym value: 0.454 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.65→59.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.891 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.857 / SU B: 12.681 / SU ML: 0.272 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.928 / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27263	234	4.5 %	RANDOM
R_work	0.24385	-	-	-
obs	0.24518	4973	96.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.445 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→59.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1053	0	8	26	1087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.867	1.989	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.362	5	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.683	25.952	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.886	15	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.891	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.022	841
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.594	1.5	718
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.14	2	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.529	3	380
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.476	4.5	342
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	12	-
R_work	0.274	363	-
obs	-	-	98.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0773	0.5718	1.5227	2.2112	0.703	2.378	-0.0479	0.3592	0.0074	-0.4545	0.0205	-0.5973	-0.105	0.6009	0.0274	0.1569	0.0124	0.1018	0.1703	0.0409	0.2216	16.6852	29.2459	1.518
2	3.0768	-0.2787	-0.3353	1.7503	0.0571	0.1719	0.0726	-0.0226	0.1453	-0.0427	-0.0153	-0.1142	-0.1263	0.0354	-0.0573	0.1039	-0.0307	0.0257	0.0134	0.001	0.0307	1.62	34.0455	14.6216
3	0.9844	0.13	0.4467	0.2263	-0.2447	0.9637	0.032	-0.116	0.0803	0.1071	-0.039	0.0207	-0.0162	-0.026	0.007	0.0925	-0.0088	0.0066	0.0476	0.008	0.0415	8.4992	24.948	17.367
4	0.1273	-0.2738	-0.6583	1.4375	2.8565	6.2587	0.0135	0.1094	-0.0056	-0.0877	-0.0785	0.1436	-0.0968	-0.3429	0.065	0.0673	-0.0116	-0.0218	0.1234	0.0342	0.1197	1.4009	18.1856	5.875
5	1.163	0.2212	0.8881	0.0589	0.2018	0.779	0.015	0.0144	-0.0729	0.0394	-0.0004	-0.0099	0.1022	0.0142	-0.0147	0.085	-0.0021	0.024	0.0406	0.0081	0.0471	3.9797	24.9949	21.6472
6	3.197	-0.8639	-3.8614	0.2566	1.0459	4.7023	0.086	0.0394	0.0796	-0.0467	-0.0204	-0.0015	-0.0918	-0.038	-0.0656	0.0408	0.0009	-0.0058	0.0278	-0.0008	0.0411	0.9697	24.5869	5.5973
7	1.9107	-0.3556	-0.1599	0.6152	-0.6833	1.1067	-0.003	-0.0833	0.0592	0.0389	0.0331	-0.0457	-0.0098	0.0224	-0.03	0.0123	0.0062	-0.0217	0.0316	-0.0057	0.0439	11.0248	23.6675	9.647
8	0.0197	0.0204	-0.0214	0.0276	-0.0073	0.0613	-0.016	-0.0257	-0.0471	-0.0128	0	-0.0623	0.044	0.0879	0.016	0.1379	0.0115	0.0065	0.1533	0.0093	0.1454	4.6391	7.6222	12.0794
9	0.0093	-0.0046	0.0156	0.0332	-0.01	0.0287	0.0001	0.0357	0.0083	-0.0395	-0.0081	-0.0558	0.0159	0.062	0.008	0.1364	0.0035	0.0043	0.1429	0.0038	0.1388	1.7613	8.5367	3.0594
10	0.1163	-0.1668	0.2609	0.406	-0.6135	1.2711	0.0464	0.1063	0.0027	-0.157	-0.0536	0.0338	0.0476	0.0321	0.0072	0.1815	0.0178	-0.0093	0.1693	-0.0042	0.151	-5.8199	8.7307	8.0715
11	0.4533	0.2811	0.618	0.3445	0.4242	1.4088	-0.0093	0.1147	-0.0348	-0.1192	0.0269	0.094	0.0405	-0.0718	-0.0176	0.135	0.0143	-0.0206	0.1336	-0.0187	0.1431	-3.2074	13.9686	18.4317
12	0.5403	-0.6971	-0.5091	1.6694	-0.2353	2.2344	0.0232	0.11	-0.1102	-0.1123	-0.01	0.1328	0.152	-0.1117	-0.0132	0.0707	0.0072	0.0049	0.0971	-0.015	0.0949	0.2671	15.9701	19.5001
13	0.2021	-0.034	0.0601	0.4959	-0.7769	1.8915	-0.02	-0.2144	-0.1241	0.2149	0.0942	-0.017	-0.0152	-0.165	-0.0742	0.258	0.0194	-0.0132	0.2787	0.0544	0.215	-6.7434	5.1534	20.6471

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	332 - 339
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	340 - 360
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	361 - 369
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	370 - 375
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	376 - 395
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	396 - 405
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	406 - 421
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	60 - 66
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	67 - 74
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	75 - 83
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	84 - 91
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	92 - 97
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	98 - 104

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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