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万見
- PDB-3qcm: Human receptor protein tyrosine phosphatase gamma, domain 1, in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qcm
タイトルHuman receptor protein tyrosine phosphatase gamma, domain 1, in complex with 2-[(3,4-dichlorobenzyl)sulfanyl]-4-{[3-({N-[2-(methylamino)ethyl]glycyl}amino)phenyl]ethynyl}benzoic acid
要素Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / TYROSINE RECEPTOR PHOSPHATASE / TWISTED MIXED BETA-SHEETS FLANKED BY {ALPHA}-HELICES / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of epithelial cell migration / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / neuron projection development / negative regulation of neuron projection development / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Receptor-type tyrosine-protein phosphatase, carbonic anhydrase domain / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif ...Receptor-type tyrosine-protein phosphatase, carbonic anhydrase domain / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Fibronectin type III domain / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NXW / Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sheriff, S.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Small molecule receptor protein tyrosine phosphatase [gamma](RPTP[gamma]) ligands that inhibit phosphatase activity via perturbation of the tryptophan-proline-aspartate (WPD) loop
著者: Sheriff, S. / Beno, B.R. / Zhai, W. / Kostich, W.A. / McDonnell, P.A. / Kish, K. / Goldfarb, V. / Gao, M. / Kiefer, S.E. / Yanchunas, J. / Huang, Y. / Shi, S. / Zhu, S. / Dzierba, C. / ...著者: Sheriff, S. / Beno, B.R. / Zhai, W. / Kostich, W.A. / McDonnell, P.A. / Kish, K. / Goldfarb, V. / Gao, M. / Kiefer, S.E. / Yanchunas, J. / Huang, Y. / Shi, S. / Zhu, S. / Dzierba, C. / Bronson, J. / Macor, J.E. / Appiah, K.K. / Westphal, R.S. / O'Connell, J. / Gerritz, S.W.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Cloning, purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of the catalytic domain of human receptor-like protein Tyrosine Phosphatase g in three different crystal forms
著者: Kish, K. / McDonnell, P.A. / Goldfarb, V. / Gao, M. / Metzler, W.J. / Langley, D.R. / Bryson, J.W. / Kiefer, S.E. / Kostich, W.A. / Carpenter, B. / Westphal, R.S. / Sheriff, S.
履歴
登録2011年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma
B: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9476
ポリマ－71,4712
非ポリマー1,4754
水1,67593
1
A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4733
ポリマ－35,7361
非ポリマー7382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4733
ポリマ－35,7361
非ポリマー7382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.600, 74.600, 81.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma / Protein-tyrosine phosphatase gamma / R-PTP-gamma


分子量: 35735.621 Da / 分子数: 2 / 変異: V948I, S970T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPG, PTPRG / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P23470, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-NXW / 2-[(3,4-dichlorobenzyl)sulfanyl]-4-{[3-({N-[2-(methylamino)ethyl]glycyl}amino)phenyl]ethynyl}benzoic acid


分子量: 542.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H25Cl2N3O3S
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.21 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6.7 / 詳細: pH 6.7, vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年5月23日 / 詳細: MICROMAX CONFOCAL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 26953 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 51.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Net I/σ(I): 43
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 14.6 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNTBUSTER 2.9.7精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000(DENZO)データ削減
HKL-2000(SCALEPACK)データスケーリング
AMoRE位相決定
BUSTER2.9.7精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QCD

3qcd


解像度: 2.4→40.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.36 / SU Rfree Blow DPI: 0.24 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.25
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 1034 3.84 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.201 26952 96.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.6907 Å20 Å2-6.0379 Å2
2--1.9039 Å20 Å2
3---6.7868 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4647 0 96 93 4836
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014856HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.146578HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1688SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes122HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes692HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4856HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.34
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.82
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion632SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5553SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2902 79 3.07 %
Rwork0.2289 2493 -
all0.2307 2572 -
obs--96.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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