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- PDB-3qc8: Crystal Structure of FAF1 UBX Domain In Complex with p97/VCP N Do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qc8
タイトルCrystal Structure of FAF1 UBX Domain In Complex with p97/VCP N Domain Reveals The Conserved FcisP Touch-Turn Motif of UBX Domain Suffering Conformational Change
要素
  • FAS-associated factor 1
  • Transitional endoplasmic reticulum ATPase
キーワードPROTEIN BINDING / UBX domain / FAF1 / p97 / VCP
機能・相同性
機能・相同性情報


ooplasm / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / CD95 death-inducing signaling complex / cytoplasmic sequestering of NF-kappaB / positive regulation of Lys63-specific deubiquitinase activity / flavin adenine dinucleotide catabolic process / positive regulation of oxidative phosphorylation / VCP-NSFL1C complex / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control ...ooplasm / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / CD95 death-inducing signaling complex / cytoplasmic sequestering of NF-kappaB / positive regulation of Lys63-specific deubiquitinase activity / flavin adenine dinucleotide catabolic process / positive regulation of oxidative phosphorylation / VCP-NSFL1C complex / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / cellular response to arsenite ion / Derlin-1 retrotranslocation complex / BAT3 complex binding / protein-DNA covalent cross-linking repair / positive regulation of protein K63-linked deubiquitination / deubiquitinase activator activity / mitotic spindle disassembly / aggresome assembly / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / regulation of protein localization to chromatin / ubiquitin-modified protein reader activity / vesicle-fusing ATPase / NADH metabolic process / protein kinase regulator activity / cellular response to misfolded protein / stress granule disassembly / positive regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of protein localization to chromatin / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / retrograde protein transport, ER to cytosol / regulation of aerobic respiration / positive regulation of ATP biosynthetic process / regulation of synapse organization / positive regulation of DNA replication / ATPase complex / ubiquitin-specific protease binding / regulation of protein catabolic process / ubiquitin-like protein ligase binding / MHC class I protein binding / autophagosome maturation / RHOH GTPase cycle / NF-kappaB binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / HSF1 activation / proteasomal protein catabolic process / regulation of cell adhesion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / translesion synthesis / Protein methylation / interstrand cross-link repair / ERAD pathway / ATP metabolic process / negative regulation of smoothened signaling pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / Attachment and Entry / heat shock protein binding / proteasome complex / viral genome replication / lipid droplet / Josephin domain DUBs / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / ubiquitin binding / macroautophagy / Hh mutants are degraded by ERAD / Hedgehog ligand biogenesis / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Translesion Synthesis by POLH / positive regulation of protein-containing complex assembly / establishment of protein localization / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / ABC-family proteins mediated transport / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / ADP binding / autophagy / Aggrephagy / cytoplasmic stress granule / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of protein catabolic process / nuclear envelope / azurophil granule lumen / KEAP1-NFE2L2 pathway / double-strand break repair / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Neddylation / site of double-strand break / cellular response to heat / protein phosphatase binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / secretory granule lumen / regulation of apoptotic process / ficolin-1-rich granule lumen / Attachment and Entry / protein ubiquitination / protein domain specific binding / positive regulation of apoptotic process / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle
類似検索 - 分子機能
: / Fas-associated factor 1 / FAS-associated factor 1-like, UBX domain / FAF1, UBA-like domain / : / UAS / UAS / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #10 / Domain present in ubiquitin-regulatory proteins / UBX domain ...: / Fas-associated factor 1 / FAS-associated factor 1-like, UBX domain / FAF1, UBA-like domain / : / UAS / UAS / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #10 / Domain present in ubiquitin-regulatory proteins / UBX domain / UBX domain / UBX domain profile. / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / UBA-like domain / Barwin-like endoglucanases - #20 / AAA ATPase, CDC48 family / Barwin-like endoglucanases / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / : / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ubiquitin-like (UB roll) / Thioredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Roll / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transitional endoplasmic reticulum ATPase / FAS-associated factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kim, K.H. / Kang, W. / Suh, S.W. / Yang, J.K.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of FAF1 UBX domain in complex with p97/VCP N domain reveals a conformational change in the conserved FcisP touch-turn motif of UBX domain
著者: Kim, K.H. / Kang, W. / Suh, S.W. / Yang, J.K.
履歴
登録2011年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
B: FAS-associated factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1222
ポリマ－30,1222
非ポリマー00
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.070, 72.740, 130.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Transitional endoplasmic reticulum ATPase / TER ATPase / 15S Mg(2+)-ATPase p97 subunit / Valosin-containing protein / VCP


分子量: 20286.295 Da / 分子数: 1 / 断片: N domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VCP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55072
#2: タンパク質 FAS-associated factor 1 / hFAF1 / UBX domain-containing protein 12 / UBX domain-containing protein 3A


分子量: 9835.250 Da / 分子数: 1 / 断片: UBX domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UNN5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25%(w/v) PEG3350, 0.2M MgCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 14425 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→28.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 5.969 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24978 724 5 %RANDOM
Rwork0.21645 ---
all0.21813 14425 --
obs0.21813 13670 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.953 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2018 0 0 130 2148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0222057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7181.9942780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9485248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.06923.33396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.96415382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5691521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.481.51255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.59622054
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.53802
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4824.5726
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 49 -
Rwork0.353 979 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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