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万見
- PDB-3qc5: GspB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qc5
タイトルGspB
要素Platelet binding protein GspB
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate/Sugar Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3260 / Immunoglobulin-like - #4140 / Ubiquitin-like (UB roll) - #890 / Atypical Rib domain / Atypical Rib domain / Serine-rich repeat adhesion glycoprotein / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / : / LPXTG cell wall anchor motif ...Immunoglobulin-like - #3260 / Immunoglobulin-like - #4140 / Ubiquitin-like (UB roll) - #890 / Atypical Rib domain / Atypical Rib domain / Serine-rich repeat adhesion glycoprotein / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / : / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITROGEN MOLECULE / : / Platelet binding protein GspB
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus gordonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Pyburn, T.M. / Iverson, T.M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: A Structural Model for Binding of the Serine-Rich Repeat Adhesin GspB to Host Carbohydrate Receptors.
著者: Pyburn, T.M. / Bensing, B.A. / Xiong, Y.Q. / Melancon, B.J. / Tomasiak, T.M. / Ward, N.J. / Yankovskaya, V. / Oliver, K.M. / Cecchini, G. / Sulikowski, G.A. / Tyska, M.J. / Sullam, P.M. / Iverson, T.M.
履歴
登録2011年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Platelet binding protein GspB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8637
ポリマ－39,4971
非ポリマー3666
水6,936385
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.681, 96.753, 100.192
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 X

#1: タンパク質 Platelet binding protein GspB


分子量: 39496.672 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 245-604 / 変異: N444S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (バクテリア)
遺伝子: gspB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q939N5

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非ポリマー , 5種, 391分子

#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-HDZ / NITROGEN MOLECULE


分子量: 28.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細THE BOND DISTANCE BETWEEN N6A AND N6B ATOMS OF THE HDZ LIGAND IS NOT CONFORM TO THE STANDARD BOND ...THE BOND DISTANCE BETWEEN N6A AND N6B ATOMS OF THE HDZ LIGAND IS NOT CONFORM TO THE STANDARD BOND DISTANCE FOR HDZ

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.48 %
結晶化温度: 296.15 K / pH: 7.4
詳細: 6 mg/mL GspB buffered in 20 mM Tris, 33% Jeffamine ED-2001, 0.1 M HEPES, 0.15 M KCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.15K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 60816 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / % possible all: 54.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→30.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU B: 1.91 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.172 2542 4.2 %RANDOM
Rwork0.142 ---
obs0.144 60741 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→30.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2725 0 22 385 3132
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222978
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3781.9434108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9015414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.39925.455143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.84815513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3431519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4031.51845
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.24923063
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.24831133
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0094.51011
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.43532978
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 136 -
Rwork0.236 2313 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.3889 Å / Origin y: 66.9698 Å / Origin z: 36.9592 Å
111213212223313233
T0.0156 Å2-0.0069 Å20.0015 Å2-0.0089 Å20.0008 Å2--0.0289 Å2
L0.0527 °2-0.0107 °2-0.0233 °2-0.0289 °2-0.0983 °2--0.4904 °2
S0.0042 Å °-0.0086 Å °-0.004 Å °-0.0008 Å °0.0129 Å °0.0073 Å °-0.0365 Å °-0.0249 Å °-0.017 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1X246 - 604
2X-RAY DIFFRACTION1X246 - 604

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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