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- PDB-3qbq: Crystal structure of extracellular domains of mouse RANK-RANKL complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qbq
タイトルCrystal structure of extracellular domains of mouse RANK-RANKL complex
要素
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
キーワードCYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / tumor necrosis factor (TNF) Ligand-receptor superfamily fold / cytokine-cytokine receptor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


multinuclear osteoclast differentiation / positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / tooth eruption / positive regulation of osteoclast development / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / osteoclast proliferation / TNFs bind their physiological receptors / circadian temperature homeostasis / tumor necrosis factor receptor superfamily binding ...multinuclear osteoclast differentiation / positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / tooth eruption / positive regulation of osteoclast development / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / osteoclast proliferation / TNFs bind their physiological receptors / circadian temperature homeostasis / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / tumor necrosis factor receptor activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / regulation of osteoclast differentiation / cellular response to zinc ion starvation / paracrine signaling / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / osteoclast development / mammary gland epithelial cell proliferation / cytokine binding / monocyte chemotaxis / mammary gland alveolus development / positive regulation of bone resorption / calcium ion homeostasis / response to tumor necrosis factor / lymph node development / response to mechanical stimulus / positive regulation of phosphorylation / JNK cascade / bone resorption / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / ERK1 and ERK2 cascade / response to interleukin-1 / ossification / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / osteoclast differentiation / cellular response to leukemia inhibitory factor / cytokine activity / calcium-mediated signaling / animal organ morphogenesis / positive regulation of JNK cascade / response to insulin / bone development / response to organic cyclic compound / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of T cell activation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to ethanol / adaptive immune response / response to lipopolysaccharide / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor ligand activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / immune response / membrane raft / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 11A / Tumor necrosis factor receptor 11A, N-terminal / Rank, cysteine-rich repeat domain 2 / Receptor activator of the NF-KB cysteine-rich repeat domain 2 / Tumour necrosis factor receptor 11 / Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family ...Tumour necrosis factor receptor 11A / Tumor necrosis factor receptor 11A, N-terminal / Rank, cysteine-rich repeat domain 2 / Receptor activator of the NF-KB cysteine-rich repeat domain 2 / Tumour necrosis factor receptor 11 / Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Ribbon / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11 / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ta, H.M. / Nguyen, G.T.T. / Jin, H.M. / Choi, J.K. / Park, H. / Kim, N.S. / Hwang, H.Y. / Kim, K.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structure-based development of a receptor activator of nuclear factor-kappaB ligand (RANKL) inhibitor peptide and molecular basis for osteopetrosis
著者: Ta, H.M. / Nguyen, G.T.T. / Jin, H.M. / Choi, J.K. / Park, H. / Kim, N.S. / Hwang, H.Y. / Kim, K.K.
履歴
登録2011年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2011年3月2日ID: 3NZY
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0584
ポリマ－73,0584
非ポリマー00
水3,279182
1
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,5876
ポリマ－109,5876
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
2
C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A

C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A

C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,5876
ポリマ－109,5876
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.860, 120.860, 93.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11 / RANKL


分子量: 17860.000 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 157-316 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rankl / プラスミド: pVFT3S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O35235
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A / RANK


分子量: 18669.074 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 32-201 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rank / プラスミド: pVFT3S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami / 参照: UniProt: O35305
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6
詳細: 100mM trisodium citrate, 1.2M ammonium sulfate, pH 5.6, microbatch, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2008年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45.66 Å / Num. obs: 52575 / 冗長度: 10.46 % / Biso Wilson estimate: 52.2 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 31.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IQA

1iqa


解像度: 2.5→45.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / Data cutoff high absF: 1976536 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 2626 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs-52575 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.5049 Å2 / ksol: 0.3327 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 133.13 Å2 / Biso mean: 62.0759 Å2 / Biso min: 22.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.73 Å211.27 Å20 Å2
2--11.73 Å20 Å2
3----23.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.65 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4932 0 0 182 5114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 429 5 %
Rwork0.387 8170 -
all-8599 -
obs--98.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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