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万見
- PDB-3qb4: Crystal structure of a TGF-beta ligand-receptor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qb4
タイトルCrystal structure of a TGF-beta ligand-receptor complex
要素
  • Bone morphogenetic protein receptor type-1A
  • Growth/differentiation factor 5
キーワードCYTOKINE/TRANSFERASE RECEPTOR / CYSTINE-KNOT / Ligand-receptor complex / Protein / Membrane/Extracellular / CYTOKINE-TRANSFERASE RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neural plate mediolateral regionalization / paraxial mesoderm structural organization / positive regulation of cardiac ventricle development / fibrous ring of heart morphogenesis / positive regulation of transforming growth factor beta2 production / ossification involved in bone remodeling / Mullerian duct regression / heart formation / atrioventricular node cell development / mesendoderm development ...neural plate mediolateral regionalization / paraxial mesoderm structural organization / positive regulation of cardiac ventricle development / fibrous ring of heart morphogenesis / positive regulation of transforming growth factor beta2 production / ossification involved in bone remodeling / Mullerian duct regression / heart formation / atrioventricular node cell development / mesendoderm development / forelimb morphogenesis / dorsal aorta morphogenesis / tricuspid valve morphogenesis / central nervous system neuron differentiation / atrioventricular valve development / cardiac right ventricle morphogenesis / BMP binding / chondroblast differentiation / hindlimb morphogenesis / negative regulation of muscle cell differentiation / regulation of cardiac muscle cell proliferation / pharyngeal arch artery morphogenesis / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / positive regulation of chondrocyte differentiation / lateral mesoderm development / pituitary gland development / ventricular compact myocardium morphogenesis / mitral valve morphogenesis / negative regulation of smooth muscle cell migration / regulation of cellular senescence / dorsal/ventral axis specification / mesenchymal cell apoptotic process / neural crest cell development / ectoderm development / cardiac conduction system development / endocardial cushion formation / transforming growth factor beta receptor activity, type I / activin receptor activity, type I / activin receptor activity, type II / BMP receptor activity / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / transforming growth factor beta receptor activity, type II / transforming growth factor beta receptor activity, type III / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / outflow tract septum morphogenesis / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / positive regulation of BMP signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / negative regulation of chondrocyte differentiation / embryonic limb morphogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / positive regulation of dendrite development / endocardial cushion morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / embryonic digit morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / SMAD binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / roof of mouth development / outflow tract morphogenesis / mesoderm formation / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of SMAD protein signal transduction / regulation of multicellular organism growth / developmental growth / chondrocyte differentiation / embryonic organ development / BMP signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / somitogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / response to mechanical stimulus / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / cytokine activity / stem cell differentiation / growth factor activity / lung development / HFE-transferrin receptor complex / cellular response to growth factor stimulus / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of neurogenesis / negative regulation of epithelial cell proliferation / osteoblast differentiation / cell-cell signaling / angiogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / in utero embryonic development / cell differentiation / receptor complex / immune response / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. ...GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / CD59 / CD59 / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Cystine-knot cytokine / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone morphogenetic protein receptor type-1A / Growth/differentiation factor 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Mueller, T.D. / Nickel, J. / Sebald, W.
引用ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2015
タイトル: GDF-5 can act as a context-dependent BMP-2 antagonist.
著者: Klammert, U. / Mueller, T.D. / Hellmann, T.V. / Wuerzler, K.K. / Kotzsch, A. / Schliermann, A. / Schmitz, W. / Kuebler, A.C. / Sebald, W. / Nickel, J.
履歴
登録2011年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth/differentiation factor 5
B: Bone morphogenetic protein receptor type-1A
C: Growth/differentiation factor 5
D: Bone morphogenetic protein receptor type-1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9884
ポリマ－55,9884
非ポリマー00
水1,67593
1
A: Growth/differentiation factor 5
B: Bone morphogenetic protein receptor type-1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9942
ポリマ－27,9942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11260 Å2
手法PISA
2
C: Growth/differentiation factor 5
D: Bone morphogenetic protein receptor type-1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9942
ポリマ－27,9942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11460 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area18810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.810, 62.850, 124.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Growth/differentiation factor 5 / GDF-5 / Cartilage-derived morphogenetic protein 1 / CDMP-1 / Radotermin


分子量: 13319.365 Da / 分子数: 2 / 断片: GDF-5, residues 387-501 / 変異: R57A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDMP1, GDF5 / プラスミド: RBSIIN25x/o / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P43026
#2: タンパク質 Bone morphogenetic protein receptor type-1A / BMP type-1A receptor / BMPR-1A / Activin receptor-like kinase 3 / ALK-3 / Serine/threonine-protein ...BMP type-1A receptor / BMPR-1A / Activin receptor-like kinase 3 / ALK-3 / Serine/threonine-protein kinase receptor R5 / SKR5


分子量: 14674.451 Da / 分子数: 2 / 断片: BMP receptor BMPR-IA, residues 24-152 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACVRLK3, ALK3, BMPR1A / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AD494(DE3)
参照: UniProt: P36894, receptor protein serine/threonine kinase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.76 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M NaCl 20% (w/v) PEG3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月10日
放射モノクロメーター: Vari-Max HighRes Cu mirror optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→24 Å / Num. all: 22540 / Num. obs: 22044 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.28→2.4 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WAQ and chain C of 1REW

1waq

1rew


解像度: 2.28→24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 16.399 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24135 1128 5.1 %RANDOM
Rwork0.19748 ---
all0.19983 21466 --
obs0.19983 20852 97.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.769 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0 Å2-0.1 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3015 0 0 93 3108
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223102
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4571.9614229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3455384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.3325.035141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.83915506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2571514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5951.51950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.63123169
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.23831152
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0914.51060
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.339 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 92 -
Rwork0.258 1496 -
obs--96.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6584-3.59240.06317.0296-0.09781.350.23390.3791-0.6682-0.2715-0.23710.43280.2173-0.00350.00320.1006-0.0353-0.12490.1441-0.05940.3717-0.519-14.97315.823
23.419-2.5304-0.18366.08071.76251.77970.0780.16930.3915-0.0769-0.2294-0.0744-0.114-0.16490.15140.057-0.0216-0.09950.07040.0580.30010.3421.73420.356
38.3962-2.84360.254511.5365-1.42675.23190.25770.7208-0.0698-0.8137-0.21542.2734-0.2125-0.5192-0.04230.10230.0189-0.30160.37310.0640.8489-21.561.33512.384
45.31360.25270.72974.31740.44072.70450.04790.2786-0.0708-0.11730.0066-0.34610.0240.1855-0.05450.03330.0082-0.09170.04470.00870.369121.995-13.81619.818
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2C15 - 120
3X-RAY DIFFRACTION3B31 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4D31 - 119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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