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- PDB-3qb1: Interleukin-2 mutant D10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qb1
タイトルInterleukin-2 mutant D10
要素Interleukin-2
キーワードCYTOKINE / high affinity IL-2 cytokine
機能・相同性
機能・相同性情報


kappa-type opioid receptor binding / response to tacrolimus / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / glycosphingolipid binding / positive regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation ...kappa-type opioid receptor binding / response to tacrolimus / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / glycosphingolipid binding / positive regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-2-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / Interleukin-2 signaling / kinase activator activity / natural killer cell activation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of activated T cell proliferation / T cell differentiation / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of B cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / carbohydrate binding / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / response to ethanol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / adaptive immune response / transcription by RNA polymerase II / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 / Interleukin-2 signature. / Interleukin-2 family / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Levin, A.M. / Bates, D.L. / Ring, A.M. / Lin, J.T. / Su, L. / Krieg, C. / Bowman, G.R. / Novick, P. / Pande, V.S. / Khort, H.E. ...Levin, A.M. / Bates, D.L. / Ring, A.M. / Lin, J.T. / Su, L. / Krieg, C. / Bowman, G.R. / Novick, P. / Pande, V.S. / Khort, H.E. / Boyman, O. / Fathman, C.G. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Exploiting a natural conformational switch to engineer an interleukin-2 'superkine'
著者: Levin, A.M. / Bates, D.L. / Ring, A.M. / Krieg, C. / Lin, J.T. / Su, L. / Moraga, I. / Raeber, M.E. / Bowman, G.R. / Novick, P. / Pande, V.S. / Fathman, C.G. / Boyman, O. / Garcia, K.C.
履歴
登録2011年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-2
B: Interleukin-2
C: Interleukin-2
D: Interleukin-2
E: Interleukin-2
F: Interleukin-2
G: Interleukin-2
H: Interleukin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,8178
ポリマ－125,8178
非ポリマー00
水00
1
A: Interleukin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7271
ポリマ－15,7271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interleukin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7271
ポリマ－15,7271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Interleukin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7271
ポリマ－15,7271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Interleukin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7271
ポリマ－15,7271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Interleukin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7271
ポリマ－15,7271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Interleukin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7271
ポリマ－15,7271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Interleukin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7271
ポリマ－15,7271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Interleukin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7271
ポリマ－15,7271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.873, 75.019, 76.812
Angle α, β, γ (deg.)101.460, 102.290, 104.310
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is a single chain ID

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要素

#1: タンパク質
Interleukin-2 / IL-2 / T-cell growth factor / TCGF


分子量: 15727.153 Da / 分子数: 8 / 変異: Q74H, L80F, R81D, L85V, I86V, I92F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2 / プラスミド: pAcGP67A / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P60568
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 50 mM HEPES, 200 mM NaCl, 30% PEG-4000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月11日
放射モノクロメーター: Si 111 Side scattering bent cube-root I-beam single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 20383 / Num. obs: 20383 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1.98 / Observed criterion σ(I): 2.01 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.031 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.1-3.212.20.4420010.979198.4
3.21-3.342.20.33920460.988198.6
3.34-3.492.20.23120470.98198.7
3.49-3.682.20.14520291198.9
3.68-3.912.20.09420341.031198.8
3.91-4.212.20.06320350.941199
4.21-4.632.20.04620521.004199.2
4.63-5.32.20.04220321.067199.3
5.3-6.672.20.05520481.272199.4
6.67-502.20.02420591.048199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_621精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1M47

1m47


解像度: 3.1→42.4 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7693 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 30.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1043 5.13 %Random
Rwork0.221 ---
obs0.224 20351 97.38 %-
all-20351 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.203 Å2 / ksol: 0.301 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 214.13 Å2 / Biso mean: 84.5827 Å2 / Biso min: 40.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.0388 Å27.1557 Å27.0408 Å2
2--2.0508 Å26.2691 Å2
3----12.4099 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→42.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7786 0 0 0 7786
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097923
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02310667
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661270
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2562960
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0876-3.25040.33481280.31182501262988
3.2504-3.45390.34031440.2782796294099
3.4539-3.72050.2741510.25172828297999
3.7205-4.09460.29981600.21182752291299
4.0946-4.68640.20761510.19042832298399
4.6864-5.90190.28041450.22222795294099
5.9019-42.40430.23761640.20392804296899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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