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万見
- PDB-4nem: Small molecular fragment bound to crystal contact interface of In... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nem
タイトルSmall molecular fragment bound to crystal contact interface of Interleukin-2
要素Interleukin-2
キーワードIMMUNE SYSTEM / fragment mapping / crystal contact / cytokine / Interleukin-2 / helixbundle / CD25 / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


kappa-type opioid receptor binding / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / glycosphingolipid binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of plasma cell differentiation / response to tacrolimus / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of tissue remodeling ...kappa-type opioid receptor binding / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / glycosphingolipid binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of plasma cell differentiation / response to tacrolimus / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of tissue remodeling / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-2-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / kinase activator activity / natural killer cell activation / Interleukin-2 signaling / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of activated T cell proliferation / T cell differentiation / Interleukin receptor SHC signaling / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of B cell proliferation / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / RAF/MAP kinase cascade / carbohydrate binding / positive regulation of cell growth / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / adaptive immune response / response to ethanol / transcription by RNA polymerase II / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 / Interleukin-2 signature. / Interleukin-2 family / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2JY / Interleukin-2 / Interleukin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.934 Å
データ登録者Jehle, S. / Brenke, R. / Vajda, S. / Allen, K.N. / Kozakov, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Small molecular fragments bound to binding energy hot-spot in crystal contact interface of Interleukin-2
著者: Jehle, S. / Brenke, R. / Vajda, S. / Allen, K.N. / Kozakov, D.
履歴
登録2013年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4382
ポリマ－15,1511
非ポリマー2871
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.709, 48.544, 79.767
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-2


分子量: 15150.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6QWN0, UniProt: P60568*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-2JY / 5-[(2,3-dichlorophenoxy)methyl]furan-2-carboxylic acid


分子量: 287.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H8Cl2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 34% PEG 8K, 0.1 M NaOAc, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 9626 / Num. obs: 9626 / % possible obs: 99.23 % / Observed criterion σ(F): 24.56 / Observed criterion σ(I): 7.16 / Rsym value: 0.073

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.934→41.468 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2589 462 4.8 %
Rwork0.2069 --
obs0.2093 9625 99.22 %
all-9626 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.934→41.468 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数935 0 18 15 968
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006967
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9421302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.59370
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038157
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003158
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9335-2.21330.2841740.20572951X-RAY DIFFRACTION99
2.2133-2.78840.29551330.23933047X-RAY DIFFRACTION100
2.7884-41.4780.24271550.1973165X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4172-0.5671.90832.44060.01293.7355-0.21970.27840.502-0.08320.05940.00380.0275-0.17580.19550.3069-0.02680.01060.2325-0.01990.3115-6.32257.7914.4082
22.47-1.3173-0.21957.13133.23954.7416-0.0886-0.51650.59051.1246-0.2853-0.4809-0.2425-0.23070.39230.4695-0.0001-0.07710.3972-0.06090.495613.1539-0.40124.9119
32.27990.25991.63451.71680.43793.1409-0.22660.4375-0.0695-0.47250.04710.0051-0.4511-0.25490.1380.43910.02080.00020.5881-0.15040.37791.3362-7.52738.6243
46.809-1.46153.22384.7964-1.48487.1633-0.0668-0.7285-1.12350.14060.32310.48430.7336-0.9252-0.11030.32920.00940.08080.363-0.01840.4395-3.9638-6.548816.3851
55.7139-1.84671.6483.8226-0.58842.7744-0.0805-0.9109-0.24730.1470.0084-0.24790.3469-0.06260.25410.33580.03130.01680.44460.04120.4706-7.538-0.626521.1123
60.12070.03140.22413.11871.1383.1888-0.42650.7497-0.7415-0.71030.17780.22120.32280.02960.19560.5833-0.06410.06650.4522-0.17320.5028-0.7102-10.92577.3892
75.5801-2.30483.36795.3133-2.47295.5707-0.09870.89710.2289-0.4453-0.1063-0.3121-0.22470.14530.13650.3596-0.01210.0240.41140.01920.2582-0.84963.42068.1925
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 6:28 )A6 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 29:41 )A29 - 41
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 42:52 )A42 - 52
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 53:71 )A53 - 71
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 72:96 )A72 - 96
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 97:113 )A97 - 113
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 114:133 )A114 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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