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- PDB-3qa3: Crystal Structure of A-domain in complex with antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qa3
タイトルCrystal Structure of A-domain in complex with antibody
要素
  • Antibody Heavy chain
  • Antibody Light chain
  • Integrin alpha-M
キーワードIMMUNE SYSTEM/ cell adhesion / IMMUNE SYSTEM- cell adhesion complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ectodermal cell differentiation / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / response to curcumin / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / vertebrate eye-specific patterning / : / complement component C3b binding / complement-mediated synapse pruning ...ectodermal cell differentiation / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / response to curcumin / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / vertebrate eye-specific patterning / : / complement component C3b binding / complement-mediated synapse pruning / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / complement receptor mediated signaling pathway / cargo receptor activity / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / phagocytosis, engulfment / cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of dopamine metabolic process / forebrain development / amyloid-beta clearance / tertiary granule membrane / plasma membrane raft / positive regulation of protein targeting to membrane / Integrin cell surface interactions / response to mechanical stimulus / specific granule membrane / positive regulation of superoxide anion generation / heat shock protein binding / receptor-mediated endocytosis / response to ischemia / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / microglial cell activation / cell-cell adhesion / integrin binding / response to estradiol / amyloid-beta binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell adhesion / innate immune response / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor ...: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Mahalingam, B. / Xiong, J.P. / Arnaout, M.A.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2011
タイトル: Stable Coordination of the Inhibitory Ca2+ Ion at the Metal Ion-Dependent Adhesion Site in Integrin CD11b/CD18 by an Antibody-Derived Ligand Aspartate: Implications for Integrin ...タイトル: Stable Coordination of the Inhibitory Ca2+ Ion at the Metal Ion-Dependent Adhesion Site in Integrin CD11b/CD18 by an Antibody-Derived Ligand Aspartate: Implications for Integrin Regulation and Structure-Based Drug Design.
著者: Mahalingam, B. / Ajroud, K. / Alonso, J.L. / Anand, S. / Adair, B.D. / Horenstein, A.L. / Malavasi, F. / Xiong, J.P. / Arnaout, M.A.
履歴
登録2011年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Antibody Light chain
D: Antibody Heavy chain
G: Integrin alpha-M
A: Antibody Light chain
B: Antibody Heavy chain
E: Integrin alpha-M
F: Antibody Light chain
H: Antibody Heavy chain
I: Integrin alpha-M
J: Antibody Light chain
K: Antibody Heavy chain
L: Integrin alpha-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)282,01229
ポリマ－280,89512
非ポリマー1,11717
水1,35175
1
C: Antibody Light chain
D: Antibody Heavy chain
G: Integrin alpha-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,78811
ポリマ－70,2243
非ポリマー5658
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7250 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area27060 Å2
手法PISA
2
A: Antibody Light chain
B: Antibody Heavy chain
E: Integrin alpha-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4486
ポリマ－70,2243
非ポリマー2243
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area27380 Å2
手法PISA
3
F: Antibody Light chain
H: Antibody Heavy chain
I: Integrin alpha-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3265
ポリマ－70,2243
非ポリマー1022
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area27970 Å2
手法PISA
4
J: Antibody Light chain
K: Antibody Heavy chain
L: Integrin alpha-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4507
ポリマ－70,2243
非ポリマー2264
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6500 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area27820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.604, 158.346, 233.319
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 GEIL

#3: タンパク質
Integrin alpha-M / CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit ...CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit alpha / Leukocyte adhesion receptor MO1 / Neutrophil adherence receptor


分子量: 21722.779 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 148-337 / Mutation: I316G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAM, CD11B, CR3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11215

-
抗体 , 2種, 8分子 CAFJDBHK

#1: 抗体
Antibody Light chain


分子量: 24457.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体
Antibody Heavy chain


分子量: 24043.818 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 92分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 13% PEG8000, Tris pH 8.2, 0.25M NaCl, 10mM CaCl2, 1mM PMSF, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.001→47.648 Å / Num. obs: 61325 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 60.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 10.92
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.814 / Mean I/σ(I) obs: 2.66 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q3G

3q3g


解像度: 3→47.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9184 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8874 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2244 3095 5.06 %RANDOM
Rwork0.1941 ---
obs0.1956 61169 --
原子変位パラメータBiso mean: 49.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3463 Å20 Å20 Å2
2---3.407 Å20 Å2
3---3.7533 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.396 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→47.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19631 0 66 75 19772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.009201422
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.18273322
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d68692
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes4962
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes28855
X-RAY DIFFRACTIONt_it2014220
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.72
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion26875
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact217084
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2997 188 4.59 %
Rwork0.2618 3908 -
all0.2635 4096 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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