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- PDB-3q8x: Structure of a toxin-antitoxin system bound to its substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q8x
タイトルStructure of a toxin-antitoxin system bound to its substrate
要素
  • Antidote of epsilon-zeta postsegregational killing system
  • Zeta-toxin
キーワードTRANSFERASE / Polynucleotide kinase fold / epsilon: antidote zeta: bacterial toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell killing / UDP-N-acetylglucosamine kinase / toxic substance binding / response to toxic substance / kinase activity / phosphorylation / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial epsilon antitoxin / Bacterial epsilon antitoxin / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #130 / Antitoxin epsilon/PezA domain superfamily / Zeta toxin domain / Zeta toxin / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold ...Bacterial epsilon antitoxin / Bacterial epsilon antitoxin / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #130 / Antitoxin epsilon/PezA domain superfamily / Zeta toxin domain / Zeta toxin / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / Toxin zeta / Antitoxin epsilon / Antitoxin epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Mutschler, H. / Gebhardt, M. / Shoeman, R.L. / Meinhart, A.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2011
タイトル: A novel mechanism of programmed cell death in bacteria by toxin-antitoxin systems corrupts peptidoglycan synthesis.
著者: Mutschler, H. / Gebhardt, M. / Shoeman, R.L. / Meinhart, A.
履歴
登録2011年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月2日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antidote of epsilon-zeta postsegregational killing system
B: Zeta-toxin
C: Antidote of epsilon-zeta postsegregational killing system
D: Zeta-toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,1587
ポリマ－86,3584
非ポリマー7993
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9160 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area32920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.800, 79.990, 195.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Antidote of epsilon-zeta postsegregational killing system


分子量: 10734.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: epsilon / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6UZC8, UniProt: Q57231*PLUS
#2: タンパク質 Zeta-toxin


分子量: 32444.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q54944
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-GlcNAc


分子量: 607.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O17P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.2 M sodium acetate, 16% (w/v) PEG1500 and 7% (v/v) MPD, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年7月3日
放射モノクロメーター: fixed-exit Si(111) monomchromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 26528 / Num. obs: 25432 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 86.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CNS精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1GVN

1gvn


解像度: 2.7→46.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 31.514 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.016 / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26309 1323 5 %RANDOM
Rwork0.20968 ---
obs0.21237 25131 100 %-
all-26528 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 76.864 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.24 Å20 Å20 Å2
2--0.54 Å20 Å2
3---1.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5767 0 49 0 5816
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225910
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1061.9827996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8385709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.17825.571289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.172151118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8281530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2914
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.22603
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.24098
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3881.53655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.66225802
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.94732493
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.594.52194
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 95 -
Rwork0.306 1814 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.03390.8813-1.45688.5581-1.77925.0427-0.0638-0.1926-0.28290.4071-0.0602-0.2349-0.35450.04640.1241-0.332-0.0152-0.0324-0.28560.0437-0.26164.235728.718325.4636
22.23680.6044-0.56341.85070.58972.07880.0530.1024-0.09890.1440.0246-0.2077-0.37790.2719-0.0776-0.42030.0068-0.0111-0.21730.0156-0.151712.959431.07277.4273
33.8568-1.81211.27664.3271-4.354810.19010.0844-0.115-0.10550.3829-0.1773-0.1522-0.63830.00170.0928-0.12260.02260.0279-0.23260.0074-0.154-4.936932.613338.7432
40.87530.1085-0.68482.2025-0.65455.08420.07330.10390.18720.4531-0.0754-0.0254-0.594-0.03590.00210.07850.02530.0656-0.10830.0445-0.0213-12.40931.997757.312
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 274
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 86
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 272

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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