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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3q83 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Staphylococcus aureus nucleoside diphosphate kinase | ||||||
![]() | Nucleoside diphosphate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Ferridoxin fold / alpha-beta protein family / Nucleoside diphosphate kinases (NDKs) catalyze the transfer of a gamma phosphate from nucleoside triphosphates to nucleoside diphosphate / Nucleotide binding / Metal binding / Phosphorylation / Kinase / Nucleotide metabolism | ||||||
機能・相同性 | ![]() nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Srivastava, S.K. / Rajasree, K. / Gopal, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Conformational basis for substrate recognition and regulation of catalytic activity in Staphylococcus aureus nucleoside di-phosphate kinase. 著者: Srivastava, S.K. / Rajasree, K. / Gopal, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 186 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 1 - 149 / Label seq-ID: 1 - 149
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17663.873 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: genomic DNA 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: COL / 遺伝子: ndk, SACOL1509 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.16 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: micobatch crystallization / pH: 4.6 詳細: 0.1M MgCl2, 0.1M Na-Acetate, pH 4.6, 20% PEG 2000, Micobatch Crystallization, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月1日 / 詳細: Grazing angle 2.8 mrad |
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→72.36 Å / Num. obs: 30434 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 30.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 4378 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1JXV 解像度: 2.5→45.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / SU B: 10.569 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.345 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.18 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.345 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.81 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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