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万見
- PDB-3q7s: 2.1A resolution structure of the ChxR receiver domain containing ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q7s
タイトル2.1A resolution structure of the ChxR receiver domain containing I3C from Chlamydia trachomatis
要素Transcriptional regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION / ChxR / receiver domain / transcription factor / OmpR / Chlamydia
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I3C / Atypical response regulator protein ChxR / Transcriptional regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hickey, J. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Hu, L. / Middaugh, C.R. / Hefty, P.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The atypical response regulator protein ChxR has structural characteristics and dimer interface interactions that are unique within the OmpR/PhoB subfamily.
著者: Hickey, J.M. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Hu, L. / Middaugh, C.R. / Hefty, P.S.
履歴
登録2011年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月2日Group: Database references
改定 1.22018年6月6日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulatory protein
B: Transcriptional regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1975
ポリマ－28,5212
非ポリマー1,6773
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.766, 41.086, 45.069
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.100, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulatory protein


分子量: 14260.336 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 2-113 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
株: 434/Bu / 遺伝子: CTLon_0888 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0BA84, UniProt: A0A0H3MDW1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸


分子量: 558.835 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H4I3NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20 % PEG 3350, 0.2 M sodium thiocyanate, vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月1日 / 詳細: Osmic Blue double focusing
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.3 % / 数: 52247 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Χ2: 1.78 / D res high: 2.1 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 15613 / % possible obs: 98.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.523099.910.0882.6763.3
3.594.5299.610.0922.0993.4
3.143.5999.510.1131.9813.4
2.853.1499.410.1481.9053.4
2.652.8599.210.181.6943.4
2.492.6598.510.2351.6353.4
2.372.4998.210.281.5623.4
2.262.3798.310.3371.4193.4
2.182.2698.510.381.3663.3
2.12.1896.210.4671.3873.2
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 15613 / Num. obs: 15613 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.467 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1530 / % possible all: 96.2

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位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX位相決定
SHELXモデル構築
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→28.138 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / FOM work R set: 0.8113 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2551 785 5.03 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.199 15595 98.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.052 Å2 / ksol: 0.436 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 84.09 Å2 / Biso mean: 37.2733 Å2 / Biso min: 18.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4597 Å20 Å2-0.7406 Å2
2--0.4476 Å2-0 Å2
3---0.0121 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.138 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1687 0 48 77 1812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0181781
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6982425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.89649
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.093-2.22410.33641260.26082410253697
2.2241-2.39570.28841150.22552443255898
2.3957-2.63670.27641450.19882427257298
2.6367-3.01780.2451330.18382466259999
3.0178-3.80070.22951300.16425022632100
3.8007-28.14010.24441360.196625622698100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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