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- PDB-3q7j: Engineered Thermoplasma Acidophilum F3 factor mimics human aminop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q7j
タイトルEngineered Thermoplasma Acidophilum F3 factor mimics human aminopeptidase N (APN) as a target for anticancer drug development
要素Tricorn protease-interacting factor F3
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Trf3 / Inhibitor FBO / Aminopeptidase / Inhibitor binding / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / peptide binding / proteolysis / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #1910 / Aminopeptidase N-type / : / ERAP1-like C-terminal domain / ERAP1-like C-terminal domain / tricorn interacting facor f3 domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Peptidase family M1 domain ...Immunoglobulin-like - #1910 / Aminopeptidase N-type / : / ERAP1-like C-terminal domain / ERAP1-like C-terminal domain / tricorn interacting facor f3 domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FBO / Tricorn protease-interacting factor F3
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Su, J. / Wang, Q. / Feng, J. / Zhang, C. / Zhu, D. / We, T. / Xu, W. / Gu, L.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Engineered Thermoplasma acidophilum factor F3 mimics human aminopeptidase N (APN) as a target for anticancer drug development
著者: Su, J. / Wang, Q. / Feng, J. / Zhang, C. / Zhu, D. / Wei, T. / Xu, W. / Gu, L.
履歴
登録2011年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tricorn protease-interacting factor F3
B: Tricorn protease-interacting factor F3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,5315
ポリマ－178,9572
非ポリマー5733
水30617
1
A: Tricorn protease-interacting factor F3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9873
ポリマ－89,4791
非ポリマー5082
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tricorn protease-interacting factor F3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5442
ポリマ－89,4791
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.717, 183.101, 105.154
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Tricorn protease-interacting factor F3


分子量: 89478.742 Da / 分子数: 2 / 変異: E101Q,N261T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 株: DSM 1728 / 遺伝子: O93655, Ta0815, trf3 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O93655, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FBO / L-phenylalanyl-N6-[(benzyloxy)carbonyl]-N1-hydroxy-L-lysinamide


分子量: 442.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H30N4O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE LINK BETWEEN FBO AND ZN IS THE INHIBITOR BINDING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 18% PEG 2000, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月19日
放射モノクロメーター: SAGITTALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 49142 / Num. obs: 49142 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 49.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rsym value: 0.128 / Net I/σ(I): 16.14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
2.9-360.5292.6848270.52999.4
6.24-5070.05930.3252030.05999.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Z5H

1z5h


解像度: 2.91→47.953 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 27.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2713 2400 5.06 %RANDOM
Rwork0.2024 ---
obs0.2059 47411 96.12 %-
all-47411 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20 Å2 / ksol: 0.313 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.007 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.9438 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.1964 Å2-0 Å2
3----2.7474 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→47.953 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12588 0 34 17 12639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912889
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22817397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0924837
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0811880
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052246
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9103-2.96970.40231010.29882205X-RAY DIFFRACTION80
2.9697-3.03430.38241460.2992432X-RAY DIFFRACTION90
3.0343-3.10480.35791270.28242515X-RAY DIFFRACTION92
3.1048-3.18250.3791590.25722529X-RAY DIFFRACTION94
3.1825-3.26850.32351340.24282576X-RAY DIFFRACTION95
3.2685-3.36460.32671400.22972620X-RAY DIFFRACTION97
3.3646-3.47320.30621270.22312680X-RAY DIFFRACTION97
3.4732-3.59730.29881420.20422646X-RAY DIFFRACTION98
3.5973-3.74130.29161350.19392693X-RAY DIFFRACTION98
3.7413-3.91150.24581380.18332715X-RAY DIFFRACTION99
3.9115-4.11760.24221380.17382687X-RAY DIFFRACTION98
4.1176-4.37540.22941340.15982734X-RAY DIFFRACTION99
4.3754-4.7130.20331560.16062730X-RAY DIFFRACTION99
4.713-5.18680.22051600.17552742X-RAY DIFFRACTION99
5.1868-5.93610.25591340.20262765X-RAY DIFFRACTION99
5.9361-7.47430.28121400.20822844X-RAY DIFFRACTION100
7.4743-47.95980.24991890.19922898X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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