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- PDB-3q7h: Structure of the ClpP subunit of the ATP-dependent Clp Protease f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q7h
タイトルStructure of the ClpP subunit of the ATP-dependent Clp Protease from Coxiella burnetii
要素ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / alpha and beta protein / ClpP/crotonase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Coxiella burnetii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Gordon, E. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the ClpP subunit of the ATP-dependent Clp Protease from Coxiella burnetii
著者: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Gordon, E. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,00875
ポリマ－307,38414
非ポリマー4,62461
水24,4101355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.912, 137.469, 127.784
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 109.03, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11L
21M
12B
22C
32D
42G
52H
62I
13K
23N
14A
24E
34F
44J

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LEULEUPROPROchain L and (resseq 4:195 )LL4 - 1954 - 195
211LEULEUPROPROchain M and (resseq 4:195 )MM4 - 1954 - 195
112VALVALGLUGLUchain B and (resseq 5:10 or resseq 17:192 )BB5 - 105 - 10
122ARGARGLYSLYSchain B and (resseq 5:10 or resseq 17:192 )BB17 - 19217 - 192
212VALVALGLUGLUchain C and (resseq 5:10 or resseq 17:192 )CC5 - 105 - 10
222ARGARGLYSLYSchain C and (resseq 5:10 or resseq 17:192 )CC17 - 19217 - 192
312VALVALGLUGLUchain D and (resseq 5:10 or resseq 17:192 )DD5 - 105 - 10
322ARGARGLYSLYSchain D and (resseq 5:10 or resseq 17:192 )DD17 - 19217 - 192
412VALVALGLUGLUchain G and (resseq 5:10 or resseq 17:192 )GG5 - 105 - 10
422ARGARGLYSLYSchain G and (resseq 5:10 or resseq 17:192 )GG17 - 19217 - 192
512VALVALGLUGLUchain H and (resseq 5:10 or resseq 17:192 )HH5 - 105 - 10
522ARGARGLYSLYSchain H and (resseq 5:10 or resseq 17:192 )HH17 - 19217 - 192
612VALVALGLUGLUchain I and (resseq 5:10 or resseq 17:192 )II5 - 105 - 10
622ARGARGLYSLYSchain I and (resseq 5:10 or resseq 17:192 )II17 - 19217 - 192
113LEULEUTHRTHRchain K and (resseq 4:12 or resseq 17:192 )KK4 - 124 - 12
123ARGARGLYSLYSchain K and (resseq 4:12 or resseq 17:192 )KK17 - 19217 - 192
213LEULEUTHRTHRchain N and (resseq 4:12 or resseq 17:192 )NN4 - 124 - 12
223ARGARGLYSLYSchain N and (resseq 4:12 or resseq 17:192 )NN17 - 19217 - 192
114LEULEUGLUGLUchain A and (resseq 4:10 or resseq 19:195 )AA4 - 104 - 10
124TYRTYRPROPROchain A and (resseq 4:10 or resseq 19:195 )AA19 - 19519 - 195
214LEULEUGLUGLUchain E and (resseq 4:10 or resseq 19:195 )EE4 - 104 - 10
224TYRTYRPROPROchain E and (resseq 4:10 or resseq 19:195 )EE19 - 19519 - 195
314LEULEUGLUGLUchain F and (resseq 4:10 or resseq 19:195 )FF4 - 104 - 10
324TYRTYRPROPROchain F and (resseq 4:10 or resseq 19:195 )FF19 - 19519 - 195
414LEULEUGLUGLUchain J and (resseq 4:10 or resseq 19:195 )JJ4 - 104 - 10
424TYRTYRPROPROchain J and (resseq 4:10 or resseq 19:195 )JJ19 - 19519 - 195

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.609275, -0.014988, -0.792817), (-0.022154, -0.999753, 0.001874), (-0.792649, 0.016422, -0.609456)30.0158, 0.592188, 60.7728
2given(-0.435288, 0.680525, 0.589415), (0.682422, -0.177619, 0.709049), (0.587217, 0.710871, -0.38709)12.4477, -33.520901, 27.240299
3given(0.64725, -0.553563, -0.524057), (0.394195, 0.831492, -0.391448), (0.65244, 0.046784, 0.756395)22.0637, 3.02459, -6.13841
4given(0.825292, 0.528971, -0.197694), (0.527581, -0.847082, -0.064112), (-0.201376, -0.051389, -0.978165)9.31464, -8.92871, 59.316399
5given(-0.747705, -0.663927, -0.011782), (-0.142942, 0.178257, -0.973546), (0.648464, -0.726241, -0.228187)35.287998, 29.8731, 21.138
6given(0.608997, -0.020302, -0.792913), (-0.021688, -0.999725, 0.00894), (-0.792876, 0.011752, -0.60927)29.990299, 0.138109, 60.7612
7given(0.604723, -0.020208, -0.796179), (-0.019528, -0.999754, 0.010542), (-0.796196, 0.009173, -0.604969)29.878201, 0.109739, 60.6744
8given(-0.119719, -0.839167, -0.530533), (0.320111, 0.47321, -0.820732), (0.939785, -0.268087, 0.211975)36.960999, 16.5103, 3.24869
9given(0.368054, 0.833552, 0.41198), (0.832352, -0.492846, 0.253561), (0.414399, 0.249588, -0.875202)1.09766, -23.6759, 44.047699
10given(0.605018, -0.023149, -0.795876), (-0.022006, -0.999682, 0.012348), (-0.795908, 0.010043, -0.605334)29.838499, 0.066814, 60.8288
詳細biological unit is the same as asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp


分子量: 21955.988 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA 493 / 遺伝子: clpP, COXBURSA331_A1213 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL
参照: UniProt: A9NDG0, UniProt: Q83DJ2*PLUS, endopeptidase Clp
#2: 化合物...
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% PEG400, 10mM calcium chloride, 100mM potassium chloride, 50mM HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月10日 / 詳細: bimorph KB mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→37.5 Å / Num. all: 115581 / Num. obs: 115464 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1.85 / Observed criterion σ(I): 3.4 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 33.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 11457 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→37.49 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.44 / σ(I): 3.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2077 5754 5.02 %random
Rwork0.1701 ---
all0.172 114887 --
obs0.172 114715 99.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.803 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 331.96 Å2 / Biso mean: 39.224 Å2 / Biso min: 14.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0477 Å2-0 Å2-3.8382 Å2
2---6.3198 Å2-0 Å2
3---6.2721 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20585 0 259 1355 22199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00921130
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11928459
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0773216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053717
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7327985
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11L1494X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.344
12M1494X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.344
21B1406X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.472
22C1406X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.472
23D1398X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.627
24G1398X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.673
25H1406X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.432
26I1406X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.224
31K1430X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.715
32N1430X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.715
41A1429X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.345
42E1429X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.345
43F1429X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.487
44J1429X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.412
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.5-2.590.27295510.214310836113871138799.8
2.59-2.690.23815750.189710858114331143699.9
2.69-2.820.25415970.1974108641146111462100
2.82-2.960.24315560.1905108871144311442100
2.96-3.150.2275700.1798108791144911452100
3.15-3.390.22266080.1797108741148211482100
3.39-3.730.2155800.17210911114911149299.9
3.73-4.270.17975810.148510925115061150999.9
4.27-5.380.16515700.138110940115101151499.9
5.38-37.490.19475660.173110987115531158899.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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