PDB-3q4h: Crystal structure of the Mycobacterium smegmatis EsxGH complex (M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q4h

タイトル

Crystal structure of the Mycobacterium smegmatis EsxGH complex (MSMEG_0620-MSMEG_0621)

要素

Low molecular weight protein antigen 7
Pe family protein

キーワード

METAL TRANSPORT / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / 4-helix bundle / WXG100 motif / ESAT-6/ CFP-10 family / UNKNOWN FUNCTION

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Chan, S. / Harris, L. / Kuo, E. / Ahn, C. / Zhou, T.T. / Nguyen, L. / Shin, A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Arbing, M.A. ...

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Heterologous expression of mycobacterial Esx complexes in Escherichia coli for structural studies is facilitated by the use of maltose binding protein fusions.
著者: Arbing, M.A. / Chan, S. / Harris, L. / Kuo, E. / Zhou, T.T. / Ahn, C.J. / Nguyen, L. / He, Q. / Lu, J. / Menchavez, P.T. / Shin, A. / Holton, T. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D.

履歴

登録	2010年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年9月25日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2014年5月14日	Group: Database references
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q4h.cif.gz	136.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q4h.ent.gz	110.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q4h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/3q4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/3q4h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ogiC 4gzrC 4i0xC 1wa8 2kg7 3h6p C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ttw-d 5l6d-d 6qbm-d 6ttp-d 4u0l-1 6ttv-d 6cwg-2 6bzf-1 6s7l-2 4u0m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ISFI735 TargetDB: ISFI734

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pe family protein

B: Low molecular weight protein antigen 7

C: Pe family protein

D: Low molecular weight protein antigen 7

44.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Pe family protein

B: Low molecular weight protein antigen 7

C: Pe family protein

D: Low molecular weight protein antigen 7

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.598, 105.598, 71.328
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ILE	ILE	ARG	ARG	3	A	A	8 - 26	9 - 27
2	1	1	ILE	ILE	ARG	ARG	3	C	C	8 - 26	9 - 27
1	2	1	SER	SER	ALA	ALA	3	A	A	27 - 36	28 - 37
2	2	1	SER	SER	ALA	ALA	3	C	C	27 - 36	28 - 37
1	3	1	PHE	PHE	VAL	VAL	5	A	A	51 - 61	52 - 62
2	3	1	PHE	PHE	VAL	VAL	5	C	C	51 - 61	52 - 62
1	4	1	SER	SER	SER	SER	2	A	A	62 - 82	63 - 83
2	4	1	SER	SER	SER	SER	2	C	C	62 - 82	63 - 83
1	5	1	TYR	TYR	ALA	ALA	5	A	A	83 - 90	84 - 91
2	5	1	TYR	TYR	ALA	ALA	5	C	C	83 - 90	84 - 91
1	1	2	MSE	MSE	GLU	GLU	5	B	B	11 - 17	11 - 17
2	1	2	MSE	MSE	GLU	GLU	5	D	D	11 - 17	11 - 17
1	2	2	MSE	MSE	ALA	ALA	5	B	B	18 - 24	18 - 24
2	2	2	MSE	MSE	ALA	ALA	5	D	D	18 - 24	18 - 24
1	3	2	LEU	LEU	LEU	LEU	3	B	B	25 - 39	25 - 39
2	3	2	LEU	LEU	LEU	LEU	3	D	D	25 - 39	25 - 39
1	4	2	ALA	ALA	GLN	GLN	5	B	B	40 - 44	40 - 44
2	4	2	ALA	ALA	GLN	GLN	5	D	D	40 - 44	40 - 44
1	5	2	MSE	MSE	GLN	GLN	3	B	B	49 - 55	49 - 55
2	5	2	MSE	MSE	GLN	GLN	3	D	D	49 - 55	49 - 55
1	6	2	ALA	ALA	LEU	LEU	2	B	B	56 - 65	56 - 65
2	6	2	ALA	ALA	LEU	LEU	2	D	D	56 - 65	56 - 65
1	7	2	VAL	VAL	THR	THR	5	B	B	66 - 74	66 - 74
2	7	2	VAL	VAL	THR	THR	5	D	D	66 - 74	66 - 74
1	8	2	HIS	HIS	ALA	ALA	6	B	B	76 - 82	76 - 82
2	8	2	HIS	HIS	ALA	ALA	6	D	D	76 - 82	76 - 82

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Pe family protein 分子量: 10221.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_0620 / プラスミド: pMAPLe3, pET28 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: A0QQ43
#2: タンパク質	Low molecular weight protein antigen 7 分子量: 11829.669 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_0621 / プラスミド: pMAPLe3, pET28 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: A0QQ44
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 460mM K-Na-Tartrate, 35% Glycerol, 95mM HEPES, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97917 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月18日
放射	モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→80 Å / Num. all: 12416 / Num. obs: 46063 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1231 / R_sym value: 0.482 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHELX		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→80 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / SU B: 23.617 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.661 / ESU R Free: 0.339 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2679	636	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20737	-	-	-
obs	0.21022	11779	98.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.436 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.79 Å²	0.89 Å²	0 Å²
2-	-	1.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→80 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2447	0	0	33	2480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	2491
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.874	1.891	3389
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.822	3	3628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.863	5	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.683	25	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.61	15	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.258	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	383
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2925
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	501
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.449	1.5	1686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.052	1.5	686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.894	2	2605
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.681	3	805
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.523	4.5	784
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	297	tight positional	0.11	0.05
2	2	B	191	tight positional	0.11	0.05
1	1	A	206	medium positional	0.14	0.5
2	2	B	228	medium positional	0.36	0.5
1	1	A	293	loose positional	0.61	5
2	2	B	375	loose positional	0.7	5
1	1	A	297	tight thermal	0.21	0.5
2	2	B	191	tight thermal	0.68	0.5
1	1	A	206	medium thermal	0.22	2
2	2	B	228	medium thermal	1.06	2
1	1	A	293	loose thermal	0.24	10
2	2	B	375	loose thermal	1.28	10

LS精密化シェル

解像度: 2.702→2.772 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	41	-
R_work	0.241	891	-
obs	-	-	99.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6235	0.1723	0.9193	1.5187	-1.2158	7.181	-0.0129	-0.0828	0.094	0.055	-0.0826	-0.0284	-0.4265	0.5965	0.0955	0.0652	0.0034	-0.0016	0.1088	-0.0123	0.144	42.1218	57.8965	36.587
2	5.5917	2.6711	-4.9714	3.6142	-3.4851	9.7657	0.1395	-0.3714	-0.1039	0.3061	-0.3027	-0.1822	-0.0388	1.061	0.1632	0.0484	0.0369	-0.0423	0.239	0.0039	0.1642	46.1192	49.2535	43.0263
3	2.2036	-0.163	1.65	1.7656	0.1673	5.9843	-0.1282	0.0451	0.1212	-0.1304	-0.1204	0.0518	-0.7592	0.1048	0.2485	0.1257	0.0208	-0.0118	0.0667	0.0052	0.1268	32.2593	62.6693	23.7661
4	1.1686	0.1319	0.1892	7.0685	6.2551	8.5489	0.0006	0.1029	0.0472	-0.4523	-0.2109	0.1603	-0.7853	-0.5679	0.2103	0.0957	0.1009	-0.0222	0.16	0.0349	0.1862	22.6885	59.2425	16.5364

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 94
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	7 - 86
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	5 - 91
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 83

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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