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- PDB-3q1d: The B-box domain of Trim54 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q1d
タイトルThe B-box domain of Trim54
要素Tripartite motif-containing protein 54
キーワードLIGASE / ZINC-BINDING MOTIF / RING-LIKE FOLD / METAL-BINDING / MUSCLE PROTEIN / NUCLEUS / UBL CONJUGATION PATHWAY / ZINC-FINGER
機能・相同性
機能・相同性情報


multicellular organism development / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule associated complex / microtubule-based process / Z disc / ubiquitin protein ligase activity / microtubule binding / microtubule / cell differentiation / protein ubiquitination ...multicellular organism development / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule associated complex / microtubule-based process / Z disc / ubiquitin protein ligase activity / microtubule binding / microtubule / cell differentiation / protein ubiquitination / signal transduction / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TRIM54, RING finger, HC subclass / COS domain / COS domain profile. / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Classic Zinc Finger ...TRIM54, RING finger, HC subclass / COS domain / COS domain profile. / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Classic Zinc Finger / Double Stranded RNA Binding Domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tripartite motif-containing protein 54
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Walker, J.R. / Yermekbayeva, L. / Mackenzie, F. / Dong, A. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Dhe-Paganon, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The B-Box Domain of Trim54
著者: Walker, J.R. / Yermekbayeva, L. / Mackenzie, F. / Dong, A. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2010年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tripartite motif-containing protein 54
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5213
ポリマ－5,3901
非ポリマー1312
水57632
1
A: Tripartite motif-containing protein 54
ヘテロ分子

A: Tripartite motif-containing protein 54
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0426
ポリマ－10,7812
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/31
Buried area1340 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area5950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.276, 47.276, 87.047
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Tripartite motif-containing protein 54 / Muscle-specific RING finger protein / MuRF / Muscle-specific RING finger protein 3 / MuRF-3 / MuRF3 ...Muscle-specific RING finger protein / MuRF / Muscle-specific RING finger protein 3 / MuRF-3 / MuRF3 / RING finger protein 30


分子量: 5390.276 Da / 分子数: 1 / 断片: B-Box domain, UNP residues 122-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MURF, MURF3, RNF30, TRIM54 / プラスミド: PET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q9BYV2, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE PUT IN FOR CRYSTALLIZATION IS ...THE SEQUENCE PUT IN FOR CRYSTALLIZATION IS MHHHHHHSSGRENLYFQGQESSRPLHSKAEQHLMCEEHEEEKINIYCLSCEVPTCSLCKVFGAHKDCEVAPLPTIYKRQK AND IN SITU PROTEOLYSIS HAS BEEN CARRIED OUT DURING CRYSTALLIZATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.4M SODIUM CITRATE, 0.1M HEPES PH 7.5, 5% MPD, 0.57 MICROMOLAR TRYPSIN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97951 / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月8日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→40 Å / Num. all: 3560 / Num. obs: 3560 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 23.6 % / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 32.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 15.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Rsym value: 0.569 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DDT

3ddt


解像度: 2.15→29.823 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 7.524 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25343 148 4.3 %RANDOM
Rwork0.18198 ---
obs0.18518 3297 99.11 %-
all-3560 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.228 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å20.47 Å20 Å2
2--0.94 Å20 Å2
3----1.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.823 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数364 0 2 32 398
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.022387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4171.987520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.805548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.41125.71414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.6241568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021277
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4541.5242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8752395
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8433145
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5844.5125
LS精密化 シェル解像度: 2.151→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 6 -
Rwork0.182 230 -
obs--99.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
129.9619-10.896710.798215.0728-5.037722.70870.5157-0.794-1.2503-0.13480.42580.39111.3049-0.3697-0.94150.1204-0.0754-0.07390.10040.06380.077120.86778.59029.6691
216.3714-9.1763-1.663513.8175-3.62473.36210.24740.5132-1.013-0.4851-0.15490.55920.3107-0.1847-0.09240.1079-0.0436-0.08590.2059-0.00250.1316.016211.42923.5639
37.4752-0.5072-0.79076.66-0.00134.48550.05-0.5503-0.4324-0.47630.0266-0.3333-0.1158-0.0227-0.07660.0408-0.0220.02510.16330.04130.048825.216316.5829.152
43.5023-2.18461.16518.2582-4.94032.9627-0.0723-1.10210.1570.4282-0.0395-0.23-0.26250.06410.11190.0864-0.0286-0.00960.5044-0.08940.114623.180523.678314.7455
56.3319-0.88295.16538.6208-3.58938.26420.1693-0.2133-0.0414-0.0381-0.0310.05950.1957-0.036-0.13830.0329-0.0190.00860.12730.00940.025120.875819.2254.3376
63.5157-0.79290.64398.933812.411519.8874-0.1033-0.1269-0.0501-0.1731-0.09160.2307-0.4523-0.73190.19490.02070.05380.00140.1790.00090.100717.570223.66282.9841
735.5361-13.0259-1.717213.55715.20982.47270.3835-0.23752.3241-0.1558-0.4355-0.5509-0.0235-0.25550.0520.0627-0.00140.02990.1885-0.04560.163825.753326.1627.6566
825.90284.3338-9.17895.374-3.725418.22670.08540.1586-0.9727-0.3027-0.332-0.56371.1365-0.03790.24660.1216-0.0242-0.01840.12990.06280.095534.02513.83037.2466
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A122 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2A128 - 132
3X-RAY DIFFRACTION3A133 - 138
4X-RAY DIFFRACTION4A139 - 144
5X-RAY DIFFRACTION5A145 - 150
6X-RAY DIFFRACTION6A151 - 156
7X-RAY DIFFRACTION7A157 - 162
8X-RAY DIFFRACTION8A163 - 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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