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- PDB-3q0d: Crystal structure of SUVH5 SRA- hemi methylated CG DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q0d
タイトルCrystal structure of SUVH5 SRA- hemi methylated CG DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*(5CM)P*GP*TP*CP*AP*G)-3')
  • Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH5
キーワードTRANSFERASE/DNA / SRA / hemi-methylated CG / SUVH5 / 5mC binding / Hemi-methylated CG DNA / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / chromosome, centromeric region / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / epigenetic regulation of gene expression / methylation / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Histone H3-K9 methyltransferase, plant / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / SRA-YDG / PUA domain-like / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. ...: / Histone H3-K9 methyltransferase, plant / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / SRA-YDG / PUA domain-like / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / PUA-like superfamily / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH5
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3704 Å
データ登録者Eerappa, R. / Simanshu, D.K. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2011
タイトル: A dual flip-out mechanism for 5mC recognition by the Arabidopsis SUVH5 SRA domain and its impact on DNA methylation and H3K9 dimethylation in vivo.
著者: Rajakumara, E. / Law, J.A. / Simanshu, D.K. / Voigt, P. / Johnson, L.M. / Reinberg, D. / Patel, D.J. / Jacobsen, S.E.
履歴
登録2010年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年2月27日Group: Advisory
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH5
A: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH5
B: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*(5CM)P*GP*TP*CP*AP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1715
ポリマ－43,1364
非ポリマー351
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.379, 76.379, 74.254
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain X and (resseq 362:399 or resseq 405:435 or resseq...
211chain A and (resseq 362:399 or resseq 405:435 or resseq...

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要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH5 / Histone H3-K9 methyltransferase 5 / H3-K9-HMTase 5 / Protein SET DOMAIN GROUP 9 / Suppressor of ...Histone H3-K9 methyltransferase 5 / H3-K9-HMTase 5 / Protein SET DOMAIN GROUP 9 / Suppressor of variegation 3-9 homolog protein 5 / Su(var)3-9 homolog protein 5


分子量: 18515.920 Da / 分子数: 2 / 断片: SUVH5 SRA Domain (UNP Residues 362-528) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cleavable N-terminal His-SUmo tag
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At2g35160, SDG9, SET9, SUVH5, T4C15.17 / プラスミド: pET SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: O82175, histone-lysine N-methyltransferase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*(5CM)P*GP*TP*CP*AP*G)-3')


分子量: 3019.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*A)-3')


分子量: 3085.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 19% PEG4000, 100 mM MES, pH 6.5, 200 mM NaCl and 3 mM spermine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 詳細: Cryogenecally-cooled double Si(111) monochromoter
放射モノクロメーター: Cryo-cooled Si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→20 Å / Num. all: 17443 / Num. obs: 17234 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 30.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREPMR位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SRA Molecule from the SUVH5 SRA-fully methylated Cg DNA crystallized in space group P42212

解像度: 2.3704→19.095 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2628 873 5.07 %
Rwork0.2246 --
obs0.2265 17221 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.199 Å2 / ksol: 0.306 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8426 Å2-0 Å20 Å2
2--1.8426 Å20 Å2
3----7.7466 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3704→19.095 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2173 405 1 51 2630
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3784382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.4581195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082486
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007433
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11X966X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12A966X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.031
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3704-2.51860.33091350.30622584X-RAY DIFFRACTION94
2.5186-2.71250.31711320.26312737X-RAY DIFFRACTION100
2.7125-2.98460.31621460.2762758X-RAY DIFFRACTION100
2.9846-3.41430.30281420.25312751X-RAY DIFFRACTION100
3.4143-4.29360.26681700.21412738X-RAY DIFFRACTION100
4.2936-19.09540.21241480.19332780X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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