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- PDB-3pzp: Human DNA polymerase kappa extending opposite a cis-syn thymine dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pzp
タイトルHuman DNA polymerase kappa extending opposite a cis-syn thymine dimer
要素
  • 5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*CP*CP*(TTD)P*GP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
  • DNA polymerase kappa
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA Nucleotidyltransferase / DNA Binding Nucleotide Binding Magnesium Binding / Nucleus / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair, DNA gap filling / error-prone translesion synthesis / Translesion synthesis by POLK / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Termination of translesion DNA synthesis / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV ...nucleotide-excision repair, DNA gap filling / error-prone translesion synthesis / Translesion synthesis by POLK / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Termination of translesion DNA synthesis / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear body / DNA repair / DNA damage response / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase; domain 1 - #810 / Rad18-like CCHC zinc finger / DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I ...DNA polymerase; domain 1 - #810 / Rad18-like CCHC zinc finger / DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase kappa
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.336 Å
データ登録者Vasquez-Del Carpio, R. / Silverstein, T.D. / Lone, S. / Johnson, R.E. / Prakash, S. / Prakash, L. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Role of human DNA polymerase kappa in extension opposite from a cis-syn thymine dimer.
著者: Vasquez-Del Carpio, R. / Silverstein, T.D. / Lone, S. / Johnson, R.E. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2010年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase kappa
B: DNA polymerase kappa
P: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*A)-3'
T: 5'-D(*TP*TP*CP*CP*(TTD)P*GP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
Q: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*A)-3'
U: 5'-D(*TP*TP*CP*CP*(TTD)P*GP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,75412
ポリマ－136,6756
非ポリマー1,0806
水1448
1
A: DNA polymerase kappa
P: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*A)-3'
T: 5'-D(*TP*TP*CP*CP*(TTD)P*GP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8776
ポリマ－68,3373
非ポリマー5403
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area25900 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase kappa
Q: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*A)-3'
U: 5'-D(*TP*TP*CP*CP*(TTD)P*GP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8776
ポリマ－68,3373
非ポリマー5403
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area24440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.136, 154.476, 217.854
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase kappa / DINB protein / DINP


分子量: 58901.195 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 19-528 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLK, DINB1 / プラスミド: pBJ943 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ5464 / 参照: UniProt: Q9UBT6, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 PQTU

#2: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*A)-3'


分子量: 4090.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Oligonucleotide
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*CP*CP*(TTD)P*GP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3'


分子量: 5345.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Oligonucleotide

-
非ポリマー , 3種, 14分子

#4: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 14% PEG 5000 monomethylether, 0.2M potassium acetate, 0.1M sodium chloride, 0.1M sodium cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月22日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.23→50 Å / Num. all: 31785 / Num. obs: 31594 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rsym valueDiffraction-ID% possible all
3.23-3.354.20.866195.3
3.35-3.484.70.728199.4
3.48-3.644.90.5411100
3.64-3.8350.381100
3.83-4.0750.2471100
4.07-4.384.90.1571100
4.38-4.824.90.1081100
4.82-5.524.90.0991100
5.52-6.954.80.0811100
6.95-504.60.025199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OH2

2oh2


解像度: 3.336→46.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 51.341 / SU ML: 0.478 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.52 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28778 1452 5 %RANDOM
Rwork0.24165 ---
obs0.24389 27432 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 97.177 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20 Å20 Å2
2--8.43 Å20 Å2
3----9.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.336→46.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6544 1127 64 8 7743
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0217974
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6812.15211072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.976311881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5265879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.60425.199277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.574151084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4091532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021381
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3031.54404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.041.51771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.58326992
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.933570
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.644.54072
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.336→3.422 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 115 -
Rwork0.339 1826 -
obs--92.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7051-1.4282-6.36491.8654-0.43617.33320.65260.76460.47130.3113-0.1469-0.0552-1.2439-1.4305-0.50570.98390.2884-0.02250.9649-0.16250.416933.792838.842969.6666
22.4559-0.2508-0.93534.9396-2.07575.6306-0.05730.3082-0.37470.44490.00931.0132-0.0516-2.04850.0480.254-0.07390.1951.0894-0.16790.521823.286322.597781.5891
34.93091.8018-3.34773.4855-0.75289.7983-0.51880.3746-0.82220.3267-0.2004-0.11731.7461-0.47750.71910.6812-0.2310.18740.1-0.09610.435744.5033.300974.9567
45.2174-0.1441-0.704910.86513.947111.6365-0.05050.002-0.05070.495-0.1847-0.4832-0.17460.6140.23520.039-0.02060.00680.02290.04930.132655.68623.54263.1216
52.04140.3473-1.11993.5714-1.39787.1337-0.08821.3808-0.3739-0.83860.13170.39320.4813-2.4645-0.04350.28160.1541-0.06041.7441-0.19620.468431.79523.912644.5672
63.6656-0.5032-0.15070.7391.56553.8521-0.992-0.11220.2078-0.23151.3196-0.2603-0.11761.1172-0.32761.07060.2850.31841.3748-0.00470.725737.110519.4435114.7321
72.2745-1.9782-0.78063.9975-0.68013.9093-0.63970.2847-0.53020.22980.36110.77430.063-1.16210.27860.4899-0.0440.25820.7758-0.08540.522521.830221.6085100.8496
87.34360.02631.20893.31274.817912.6783-0.1548-0.13150.99440.159-0.01630.2979-1.1963-1.10640.17110.99880.47630.14840.60750.03770.685216.554148.7449108.1961
94.8152-1.41933.50320.35152.077218.8318-0.2887-0.55570.6622-0.35980.3153-0.638-1.64720.7624-0.02660.89470.24720.15341.0609-0.11360.93736.533844.0157124.0349
104.8499-0.1472-4.02811.92150.71049.446-0.9323-1.3145-0.85990.29390.1210.38361.97970.79840.81131.02390.560.37030.73430.11750.608318.315324.0588137.8269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2A79 - 100
3X-RAY DIFFRACTION2A339 - 401
4X-RAY DIFFRACTION3A101 - 109
5X-RAY DIFFRACTION3A171 - 338
6X-RAY DIFFRACTION4A110 - 170
7X-RAY DIFFRACTION5A402 - 518
8X-RAY DIFFRACTION6B20 - 78
9X-RAY DIFFRACTION7B79 - 100
10X-RAY DIFFRACTION7B339 - 401
11X-RAY DIFFRACTION8B101 - 109
12X-RAY DIFFRACTION8B171 - 338
13X-RAY DIFFRACTION9B110 - 170
14X-RAY DIFFRACTION10B402 - 518

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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