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- PDB-3pxu: Crystal structure of phosphopantetheine adenylyltransferase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pxu
タイトルCrystal structure of phosphopantetheine adenylyltransferase from Burkholderia pseudomallei bound to dephospho-coenzyme A
要素Phosphopantetheine adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / HUMAN AND ANIMAL PATHOGEN / MELIOIDOSIS / ATP-BINDING / COENZYME A BIOSYNTHESIS / NUCLEOTIDE-BINDING / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / PPAT / pantetheine-phosphate adenylyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphopantetheine adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEPHOSPHO COENZYME A / Phosphopantetheine adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structures of phosphopantetheine adenylyltransferase from Burkholderia pseudomallei.
著者: Edwards, T.E. / Leibly, D.J. / Bhandari, J. / Statnekov, J.B. / Phan, I. / Dieterich, S.H. / Abendroth, J. / Staker, B.L. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J. / Stewart, L.J.
#1: ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2010年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年12月22日ID: 3IKZ
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月21日Group: Database references
改定 1.32013年10月30日Group: Database references
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9146
ポリマ－18,8501
非ポリマー1,0645
水1,60389
1
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,48136
ポリマ－113,0986
非ポリマー6,38330
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation37_454y-1/2,x+1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation42_454-x-1/2,z+1/2,y-1/21
crystal symmetry operation48_454-z-1/2,-y+1/2,-x-1/21
Buried area26570 Å2
ΔGint-323 kcal/mol
Surface area36460 Å2
手法PISA
2
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)477,924144
ポリマ－452,39224
非ポリマー25,533120
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_555-z,-y,-x1
Buried area102890 Å2
ΔGint-1254 kcal/mol
Surface area149220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.161, 134.161, 134.161
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-236-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT


分子量: 18849.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: BURPS1710b_0748, coaD, coaD BURPS1710B_0748 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q3JW91, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-COD / DEPHOSPHO COENZYME A / デホスホCoA


分子量: 687.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H35N7O13P2S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Hampton Crystal Screen condition c8, 2.0 M ammonium sulfate, 5.5 mg/mL protein with expression tag removed, crystal tracking ID 203611c8, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 13128 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 23.2 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.097 / Net I/σ(I): 44.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.1822.40.5196.5711811.11698.1
2.18-2.2628.70.4211.111971.114100
2.26-2.3729.20.36512.312191.137100
2.37-2.4929.30.29114.912091.106100
2.49-2.6529.30.2418.712251.104100
2.65-2.8529.40.16127.712091.165100
2.85-3.1429.40.10540.312371.059100
3.14-3.5929.30.07256.412361.047100
3.59-4.5228.90.0466112670.921100
4.52-5027.20.03290.713471.21399.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 56.03 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å28.6 Å
Translation2.5 Å28.6 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
StructureStudioデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B6T molecule A, protein only

1b6t


解像度: 2.1→28.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.2172 / WRfactor Rwork: 0.1847 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8339 / SU B: 9.406 / SU ML: 0.114 / SU R Cruickshank DPI: 0.2065 / SU Rfree: 0.1801 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2419 620 5 %RANDOM
Rwork0.1995 ---
obs0.2016 12286 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.24 Å2 / Biso mean: 29.9984 Å2 / Biso min: 12.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1227 0 66 89 1382
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4632.0161825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.265164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.60722.54555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.50415221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1061512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021979
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8541.5804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54921296
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5843541
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2574.5526
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 42 -
Rwork0.205 827 -
all-869 -
obs--97.42 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.3175 Å / Origin y: 40.5112 Å / Origin z: -14.7962 Å
111213212223313233
T0.0587 Å20.0089 Å2-0.0036 Å2-0.0399 Å20.0207 Å2--0.0151 Å2
L1.2644 °2-0.1648 °2-0.1582 °2-0.2716 °2-0.037 °2--0.3621 °2
S-0.0766 Å °-0.0051 Å °0.0373 Å °0.0184 Å °0.0516 Å °0.0013 Å °-0.0097 Å °0.0254 Å °0.025 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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