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- PDB-3pvm: Structure of Complement C5 in Complex with CVF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pvm
タイトルStructure of Complement C5 in Complex with CVF
要素
  • Cobra venom factor
  • Complement C5
キーワードIMMUNE SYSTEM / complement
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway ...Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / chemotaxis / toxin activity / G alpha (i) signalling events / killing of cells of another organism / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Complement component 5, CUB domain / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 ...: / Complement component 5, CUB domain / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C5 / Cobra venom factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Naja kaouthia (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Laursen, N.S. / Andersen, K.R. / Braren, I. / Sottrup-Jensen, L. / Spillner, E. / Andersen, G.R.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: Substrate recognition by complement convertases revealed in the C5-cobra venom factor complex.
著者: Laursen, N.S. / Andersen, K.R. / Braren, I. / Spillner, E. / Sottrup-Jensen, L. / Andersen, G.R.
履歴
登録2010年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月22日Group: Refinement description
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C5
B: Cobra venom factor
C: Complement C5
D: Cobra venom factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)747,80510
ポリマ－746,4784
非ポリマー1,3276
水00
1
A: Complement C5
B: Cobra venom factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)373,9025
ポリマ－373,2392
非ポリマー6643
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area128470 Å2
手法PISA
2
C: Complement C5
D: Cobra venom factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)373,9025
ポリマ－373,2392
非ポリマー6643
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area128240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.520, 179.200, 389.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resid 20:398 or resid 400:2010)
211chain C
112chain B
212chain D

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Complement C5 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 4 / Complement C5 beta chain / ...C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 4 / Complement C5 beta chain / Complement C5 alpha chain / C5a anaphylatoxin / Complement C5 alpha' chain


分子量: 188512.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01031
#2: タンパク質 Cobra venom factor / CVF / Complement C3 homolog / Cobra venom factor alpha chain / Cobra venom factor gamma chain / ...CVF / Complement C3 homolog / Cobra venom factor alpha chain / Cobra venom factor gamma chain / Cobra venom factor beta chain


分子量: 184726.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja kaouthia (コブラ) / 参照: UniProt: Q91132
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.21 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9765
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月12日
放射モノクロメーター: channel cut ESRF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.3→49.469 Å / Num. obs: 79835 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.143 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル最高解像度: 4.3 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.625 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3CU7 and 3HRZ

3cu7

3hrz


解像度: 4.3→49.469 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.02 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2623 1734 2.17 %
Rwork0.233 --
obs0.2336 79835 94.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.27 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 190.172 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.0257 Å20 Å2-0 Å2
2--26.1164 Å2-0 Å2
3----47.1421 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.3→49.469 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数45184 0 84 0 45268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01248343
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.53562750
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.22928480
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1017188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0078004
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A12886X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C12886X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
21B9739X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D9739X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.3-4.42650.36671530.32646524X-RAY DIFFRACTION96
4.4265-4.56920.35341460.29336559X-RAY DIFFRACTION96
4.5692-4.73240.3041430.27816534X-RAY DIFFRACTION96
4.7324-4.92170.26021430.25756535X-RAY DIFFRACTION96
4.9217-5.14550.29351470.23596550X-RAY DIFFRACTION96
5.1455-5.41650.25461460.23066524X-RAY DIFFRACTION95
5.4165-5.75540.29091470.23866484X-RAY DIFFRACTION95
5.7554-6.1990.33861470.26516526X-RAY DIFFRACTION95
6.199-6.82130.25381350.23716516X-RAY DIFFRACTION94
6.8213-7.80510.19821460.19466447X-RAY DIFFRACTION93
7.8051-9.82090.18851390.15556484X-RAY DIFFRACTION92
9.8209-49.47210.24811420.2346419X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8113-0.12230.28090.2051-0.48620.8090.0412-0.0794-0.9172-0.1223-0.12820.12710.65080.03180.11481.89260.46120.16731.4226-0.00961.6931135.656-79.2803-80.6318
21.787-1.27830.13230.90310.09550.63910.15160.17220.48590.0842-0.419-0.00410.09580.26150.16940.98980.13660.26441.15590.3621.3391137.3908-76.4332-43.1147
32.06232.0548-1.23471.4854-1.24514.80650.10870.03640.21970.57410.13850.4651-0.59130.122-0.17691.30790.1383-0.09491.03760.13731.3963129.1341-43.9745-32.9189
41.4459-0.17230.72210.88380.21751.6868-0.1082-0.19740.34280.02750.0821-0.5419-0.00680.39320.18981.2078-0.02510.0221.35870.29281.5304123.3546-43.033-67.3736
52.6886-0.73231.39743.263-1.35060.98760.19220.24030.0136-0.37650.06430.11290.24270.5087-0.16781.26250.02060.00731.6850.12581.2412118.7749-62.51-79.9309
60.6091-0.87740.29111.35770.08181.6499-0.1453-0.1178-0.1667-0.2464-0.25150.4001-0.0909-0.1370.18041.2324-0.15160.10891.25910.21571.3559114.5233-75.8239-34.4072
71.91370.5119-0.18620.3585-0.58030.73070.04490.0418-0.12580.7890.11180.0904-0.1104-0.0319-0.12581.62270.09680.07490.91260.02761.3629122.9907-67.2487-7.2003
82.51870.0059-0.09360.00331.27782.9315-0.0256-0.1318-0.66280.00330.00960.09580.49120.12960.01221.39510.3663-0.07640.99730.20671.7313157.549-83.4473-34.0865
93.5248-0.9132-0.15210.1321-0.77432.278-0.52590.0759-0.39961.16890.27760.0142-0.70250.02630.19341.72950.1944-0.120.9428-0.02981.1083130.9006-46.5345-4.2065
104.7425-0.0846-3.07153.4628-0.61512.69860.11410.00550.1310.7371-0.35910.72120.10280.11360.25341.2125-0.1521-0.20640.77140.03071.0052138.2345-82.499717.8336
11-0.1684-0.63460.93340.6889-1.03618.577-0.3031-0.016-0.5163-0.0846-0.0418-0.0656-0.48560.96670.3040.87160.02910.13721.03360.17761.113132.9102-63.2251-66.4342
123.2687-0.79760.53411.0582-0.34990.9939-0.38630.3009-0.3626-0.08430.01990.69380.1355-0.87570.31111.21370.5573-0.11351.9578-0.35851.5015.478349.3129-16.5936
131.657-0.92060.79121.0845-0.07791.9892-0.7765-0.08450.12620.30460.4986-0.48560.0602-0.40360.15291.3370.1828-0.31561.2335-0.25291.356110.637452.4472-53.7716
140.41141.15481.27242.63690.9725.25850.41670.2535-0.1240.1068-0.1814-0.52980.08560.2346-0.14781.36170.1219-0.01741.87660.05491.534343.540444.0554-62.3056
150.34071.1226-0.93571.8428-0.1583.7887-0.09310.16910.1768-0.0841-0.2801-0.72240.12340.26190.23091.08420.1124-0.28871.48-0.09951.405342.299536.9363-28.1062
160.8493-0.14991.27423.4691-0.60241.90070.168-0.2699-0.08330.0234-0.21660.0459-0.28910.0999-0.02091.46930.1478-0.13691.6132-0.08161.248122.027132.198-16.9497
173.1288-0.29110.19781.9665-0.49021.5233-0.2417-0.152-0.177-0.3313-0.478-0.07440.2751-0.05840.35221.368-0.0915-0.22781.1919-0.12571.224411.456329.9266-63.3252
181.6399-1.3394-0.39732.1595-1.18392.85680.10080.3630.3091-0.00920.1283-0.0834-0.04480.1705-0.18991.0829-0.0237-0.04911.27990.00421.36621.79539.2875-89.6092
190.23790.93150.1732.6450.40040.2279-0.158-0.2735-0.5728-0.2822-0.13870.9524-0.3343-0.18440.14731.17060.3403-0.06441.36030.21351.57214.46373.043-62.4163
201.0323-0.61931.77164.1462-1.74182.50690.0761.00090.1054-0.0703-0.6178-0.24730.05151.07030.38811.14560.08310.07811.74150.06431.227142.764246.9636-91.0295
215.00151.37910.28623.52952.78131.5841-0.0010.4166-0.1937-0.5641-0.0461-0.1455-0.5942-0.21020.06191.2972-0.0823-0.04251.20910.15161.08558.297955.6842-114.8843
220.6567-0.5096-0.0951-0.0504-0.00252.13-0.2537-0.14920.428-0.1617-0.5949-0.1081-0.2582-0.19270.36581.49950.2134-0.21631.3188-0.19781.450922.334846.8569-29.8928
230.71580.2546-0.29072.61891.51953.56480.60540.00890.12410.2946-0.4108-0.5678-0.3602-1.0103-0.18941.21680.30570.18021.23540.73561.100986.4285-25.6056-78.5041
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精密化 TLSグループ
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11X-RAY DIFFRACTION8chain B and ( resid 918:969 or resid 1270:1333 )B1270 - 1333
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40X-RAY DIFFRACTION30chain A and ( resid 931:983 or resid 1305:1367 )A931 - 983
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42X-RAY DIFFRACTION31chain A and resid 984:1304A984 - 1304
43X-RAY DIFFRACTION32chain A and resid 1368:1514A1368 - 1514
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45X-RAY DIFFRACTION34chain A and resid 678:759A678 - 759
46X-RAY DIFFRACTION35chain A and resid 607:673A607 - 673
47X-RAY DIFFRACTION36chain C and resid 20:120C20 - 120
48X-RAY DIFFRACTION37chain C and resid 121:224C121 - 224
49X-RAY DIFFRACTION38chain C and resid 225:349C225 - 349
50X-RAY DIFFRACTION39chain C and resid 350:460C350 - 460
51X-RAY DIFFRACTION40chain C and resid 461:566C461 - 566
52X-RAY DIFFRACTION41chain C and ( resid 567:606 or resid 760:821 )C567 - 606
53X-RAY DIFFRACTION41chain C and ( resid 567:606 or resid 760:821 )C760 - 821
54X-RAY DIFFRACTION42chain C and ( resid 822:930 or resid 2003 )C822 - 930
55X-RAY DIFFRACTION42chain C and ( resid 822:930 or resid 2003 )C2003
56X-RAY DIFFRACTION43chain C and ( resid 931:983 or resid 1305:1367 )C931 - 983
57X-RAY DIFFRACTION43chain C and ( resid 931:983 or resid 1305:1367 )C1305 - 1367
58X-RAY DIFFRACTION44chain C and resid 984:1304C984 - 1304
59X-RAY DIFFRACTION45chain C and resid 1368:1514C1368 - 1514
60X-RAY DIFFRACTION46chain C and resid 1525:1676C1525 - 1676
61X-RAY DIFFRACTION47chain C and resid 678:759C678 - 759
62X-RAY DIFFRACTION48chain C and resid 607:673C607 - 673

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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