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- PDB-3pu4: Crystal Structure of a vesicular stomatitis virus nucleocapsid-po... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pu4
タイトルCrystal Structure of a vesicular stomatitis virus nucleocapsid-polyU complex
要素
  • Nucleoprotein
  • RNA (45-MER)
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / RNA / nucleocapsid / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA replication / helical viral capsid / viral transcription / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Rhabdovirus nucleoprotein-like / Nucleoprotein / Rhabdovirus nucleoprotein-like fold / Rhabdovirus nucleocapsid protein like domain / Rhabdovirus nucleocapsid / Rhabdovirus nucleocapsid, N-terminal / Rhabdovirus nucleocapsid, C-terminal / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Rhabdovirus nucleocapsid protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
URANYL (VI) ION / RNA / RNA (> 10) / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Luo, M. / Green, T.J. / Rowse, M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Access to RNA Encapsidated in the Nucleocapsid of Vesicular Stomatitis Virus.
著者: Green, T.J. / Rowse, M. / Tsao, J. / Kang, J. / Ge, P. / Zhou, Z.H. / Luo, M.
履歴
登録2010年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32018年4月11日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_entity_src_syn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
E: Nucleoprotein
R: RNA (45-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,79726
ポリマ－250,3966
非ポリマー5,40120
水00
1
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
E: Nucleoprotein
R: RNA (45-MER)
ヘテロ分子

A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
E: Nucleoprotein
R: RNA (45-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)511,59452
ポリマ－500,79212
非ポリマー10,80140
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area83920 Å2
ΔGint-635 kcal/mol
Surface area173310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.477, 235.065, 75.498
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERPROPROchain A and (resseq 2:357 or resseq 366:422 )AA2 - 3571 - 356
12THRTHRLYSLYSchain A and (resseq 2:357 or resseq 366:422 )AA366 - 422365 - 421
21SERSERPROPROchain B and (resseq 2:357 or resseq 366:422 )BB2 - 3571 - 356
22THRTHRLYSLYSchain B and (resseq 2:357 or resseq 366:422 )BB366 - 422365 - 421
31SERSERPROPROchain C and (resseq 2:357 or resseq 366:422 )CC2 - 3571 - 356
32THRTHRLYSLYSchain C and (resseq 2:357 or resseq 366:422 )CC366 - 422365 - 421
41SERSERPROPROchain D and (resseq 2:357 or resseq 366:422 )DD2 - 3571 - 356
42THRTHRLYSLYSchain D and (resseq 2:357 or resseq 366:422 )DD366 - 422365 - 421
51SERSERPROPROchain E and (resseq 2:357 or resseq 366:422 )EE2 - 3571 - 356
52THRTHRLYSLYSchain E and (resseq 2:357 or resseq 366:422 )EE366 - 422365 - 421

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要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein / NP / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 47332.750 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
遺伝子: N / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03521
#2: RNA鎖 RNA (45-MER)


分子量: 13732.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Midland Reagent Company / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-IUM / URANYL (VI) ION


分子量: 270.028 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2U
非ポリマーの詳細The IUM REPRESENT URNAYL (IV) IONS [UO2]2+ EVEN THOUGH THE OXYGEN ATOMS COULD NOT BE ACCURATELY ...The IUM REPRESENT URNAYL (IV) IONS [UO2]2+ EVEN THOUGH THE OXYGEN ATOMS COULD NOT BE ACCURATELY PLACED DUE TO LOW RESOLUTION OF THE STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 5.5 % PEG 3350, 200 mM sodium chloride, 100mM sodium acetate, pH 4.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: MAR 325 CCD / 日付: 2010年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→35 Å / Num. all: 51903 / Num. obs: 51903 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 77.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.311 / % possible all: 45.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→34.774 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.43 / σ(F): 0.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2883 1834 3.69 %RANDOM
Rwork0.2506 ---
all0.2519 49700 --
obs0.2519 49700 83.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.618 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 272.56 Å2 / Biso mean: 88.2195 Å2 / Biso min: 44.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-29.649 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.4078 Å20 Å2
3----26.2412 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→34.774 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16517 900 20 0 17437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01117883
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39224402
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0922716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052984
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1526706
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3275X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.047
12B3275X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.047
13C3275X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
14D3275X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
15E3275X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.08110.4239620.34461568163036
3.0811-3.17170.4177840.30772217230151
3.1717-3.2740.29591150.28832938305367
3.274-3.39090.31981310.29623444357579
3.3909-3.52650.31421410.27473674381584
3.5265-3.68690.30141470.25543845399287
3.6869-3.8810.27631490.25273956410590
3.881-4.12380.29271550.25144064421992
4.1238-4.44160.27311610.23054250441195
4.4416-4.88750.26761680.22244352452099
4.8875-5.59220.25051710.2184428459999
5.5922-7.0360.27751700.2364490466099
7.036-34.77660.27811800.24124640482098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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