PDB-3psi: Crystal Structure of the Spt6 core domain from Saccharomyces cere...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3psi

タイトル

Crystal Structure of the Spt6 core domain from Saccharomyces cerevisiae, Form Spt6(239-1451)

要素

Transcription elongation factor SPT6

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription Elongation / Nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

carbon catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / transcription antitermination factor activity, DNA binding / regulation of mRNA 3'-end processing / nucleosome organization / poly(A)+ mRNA export from nucleus / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / nucleosome binding / transcription elongation factor complex / transcription antitermination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Close, D. / Hill, C.P. / Johnson, S.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of the S. cerevisiae Spt6 core and C-terminal tandem SH2 domain.
著者: Close, D. / Johnson, S.J. / Sdano, M.A. / McDonald, S.M. / Robinson, H. / Formosa, T. / Hill, C.P.

履歴

登録	2010年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月3日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	3psfC 3psjC 3pskC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcription elongation factor SPT6

142 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.747, 118.747, 214.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Transcription elongation factor SPT6 / Chromatin elongation factor SPT6 分子量: 141719.000 Da / 分子数: 1 / 断片: Core Domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: S288C / 遺伝子: CRE2, G6169, SPT6, SSN20, YGR116W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P23615

#1: タンパク質

Transcription elongation factor SPT6 / Chromatin elongation factor SPT6

分子量: 141719.000 Da / 分子数: 1 / 断片: Core Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: CRE2, G6169, SPT6, SSN20, YGR116W / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P23615

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.05 %
結晶化	温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Na-MES 13% PEG 4000 0.2 M MgCl2 12% Glycerol , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K

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データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月8日

放射

モノクロメーター: Cryogenically cooled double crystal monochrometer with horizontal focusing sagittal bend second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 27025 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 1.599 / Net I/σ(I): 15.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
3.3-3.42	6.6	0.569	2671	1.003	1	99.9
3.42-3.55	6.7	0.408	2672	1.088	1	100
3.55-3.72	6.8	0.268	2672	1.154	1	100
3.72-3.91	6.8	0.176	2652	1.272	1	99.8
3.91-4.16	6.8	0.118	2703	1.44	1	99.9
4.16-4.48	6.8	0.08	2684	1.749	1	99.7
4.48-4.93	6.8	0.065	2699	2.025	1	99.8
4.93-5.64	6.7	0.058	2715	1.98	1	99.6
5.64-7.1	6.8	0.045	2749	1.922	1	99.5
7.1-50	6.7	0.032	2808	2.288	1	96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.3→45.67 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 30.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3084	2836	7.44 %
R_work	0.2654	-	-
obs	0.2687	27003	99.4 %
all	-	29013	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 125.003 Å² / k_sol: 0.354 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 523.2 Å² / B_iso mean: 170.0162 Å² / B_iso min: 15.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.3792 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.3792 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.7584 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→45.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6877	0	0	0	6877

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	7016
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.577	9487
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	1049
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1234
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.188	2651

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.293-3.4106	0.3682	196	0.3297	2427	2623	98
3.4106-3.5471	0.3477	196	0.3161	2477	2673	100
3.5471-3.7085	0.3288	201	0.3061	2484	2685	100
3.7085-3.9039	0.3574	197	0.2827	2456	2653	100
3.9039-4.1484	0.2999	201	0.2722	2495	2696	100
4.1484-4.4684	0.2659	200	0.227	2482	2682	100
4.4684-4.9176	0.2584	199	0.2134	2516	2715	100
4.9176-5.6281	0.2993	204	0.2742	2513	2717	100
5.6281-7.0865	0.3572	203	0.2979	2546	2749	100
7.0865-45.6742	0.3002	213	0.2536	2597	2810	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5497	-1.1348	-0.6937	-0.0529	-0.0088	5.274	-0.3888	0.1813	-0.2032	0.3059	-0.338	0.4492	-0.0397	-0.0262	-0.4542	0.9542	0.2332	-0.1055	0.1918	-0.0176	0.623	-69.1704	32.8188	44.0608
2	0.9735	-1.946	-0.8986	4.3165	-1.1948	5.3163	0.8346	-0.1587	0.3135	-0.695	1.1113	-0.264	0.4533	-1.2419	1.0916	1.2552	0.043	0.2366	0.9226	-0.3295	0.8001	-58.3399	62.4663	59.0512
3	6.6909	4.0511	-5.0096	9.7754	1.9292	6.903	0.4179	1.9041	-0.8025	0.3533	2.5514	2.6518	1.813	-2.6195	1.3794	2.2268	-0.323	-0.0464	0.6028	0.0491	2.4575	-57.9587	82.9418	47.0921
4	1.2854	-1.3601	0.1385	1.5444	0.0764	0.479	0.2435	1.4846	1.1925	0.2505	-0.395	0.5859	0.1837	0.2679	0.0704	3.9015	-1.1546	1.3854	0.4382	-0.7419	6.1532	-42.1452	89.3044	53.6816
5	6.3281	-5.7749	-8.3089	5.2995	7.5977	2.0005	1.3017	-2.7759	1.8222	3.1519	-3.1918	3.444	1.1842	5.2199	0.2135	3.6581	-0.3678	1.6813	1.0586	0.3507	3.8683	-37.1246	82.4055	57.8838
6	4.3569	-4.6265	-2.8941	4.2931	1.1566	5.3707	1.611	-1.3493	0.8101	-0.4875	0.8521	-1.5981	-2.3586	-1.207	0.1918	2.1477	-0.2837	0.3785	0.8041	-0.1973	1.1301	-48.8307	62.1569	42.6642
7	1.9915	0.1602	1.998	2.8713	0.6388	1.9993	2.4326	0.8927	-2.3149	-1.4151	3.0532	0.3351	2.9801	-4.2721	0.5456	1.5838	-0.4337	1.5947	1.4194	0.2685	3.8822	-26.2532	43.9722	27.7532
8	5.1169	-1.3575	-2.0226	0.2194	0.5742	0.7604	-0.1391	-1.2864	2.6376	-0.7065	0.8559	-0.0931	-0.477	-0.4495	0.0143	1.9201	-0.3856	0.3225	1.3735	0.0538	0.8342	-43.0916	44.8833	24.9731
9	1.9911	-5.3096	2.8933	2.0021	-4.9144	2.4095	-3.869	0.3081	-2.7453	-0.5411	1.8429	1.6836	-2.9304	3.1682	0.4298	2.0414	-0.0647	0.7523	1.4203	-0.2619	-0.1637	-35.7551	42.6344	34.7652
10	5.1339	1.0472	2.7535	6.4767	4.2185	3.6408	0.1756	-0.3892	-0.5425	0.76	1.6387	-0.675	0.6627	0.3446	9.107	1.7595	-0.7568	1.4176	1.0278	-0.2099	0.6971	-46.3532	62.6942	33.0551
11	4.0621	3.3419	1.9945	2.7521	2.1702	7.8841	1.4766	0.3529	0.648	1.6227	1.0932	1.4018	-0.1867	-3.036	6.6759	0.0833	-0.2696	2.0243	0.6854	2.0327	0.2686	-54.1894	77.187	38.4331
12	1.9948	2.0114	-1.4534	1.9964	0.9402	0.9293	-0.8665	-2.1973	3.3566	3.1685	0.7522	-5.1281	-3.0608	3.2363	0.4466	3.4514	1.2075	0.3408	2.0762	0.6319	1.1238	-51.168	91.2131	41.1331
13	4.9643	-0.1417	0.8531	0.5504	-0.4593	0.4801	-0.0031	1.2932	-0.8595	-1.2053	-1.8263	0.7499	-0.1359	1.0962	0.0197	4.5655	-0.2327	-1.52	0.4873	1.1801	3.2384	-46.5629	87.6652	46.3924
14	2.0187	-1.2963	-0.5292	6.6027	2.5701	1.1014	0.3247	-0.0313	-0.4548	0.1306	-0.1515	-0.3813	-0.2228	0.6455	0.0008	1.0911	0.3185	-0.0694	0.8093	0.1072	0.6291	-42.4413	11.9507	31.448
15	3.8965	-0.8812	-2.4771	1.3946	-0.1168	0.962	-0.6539	0.3418	-1.1697	0.4087	0.4825	0.3525	0.3224	0.8605	0.118	1.2438	0.3951	0.0895	0.288	0.2673	0.8227	-69.1543	9.8597	44.4213
16	0.2193	0.6573	-1.8844	-1.2511	-0.5738	-2.2076	-0.736	0.1132	0.6207	0.0972	0.3646	-0.1145	0.353	0.6832	-0.2217	1.3477	0.393	0.0466	0.9394	-0.3214	1.1713	-66.8592	15.3126	28.712
17	0.3762	-1.8822	-1.2357	2.0451	3.9965	5.0484	0.9639	0.6188	-0.7985	-2.0666	-0.2396	-1.5548	-0.5778	3.1885	2.4244	1.0336	1.0811	-0.365	1.7452	0.2603	1.4272	-25.0707	18.4794	6.3794
18	1.5877	0.9213	-2.3347	0.153	-1.2054	3.2959	-1.3266	0.3397	-1.4571	0.9193	0.7256	-1.2724	0.9294	-0.5511	-0.0594	1.2613	0.2506	-0.5034	1.3193	0.2319	1.3833	-25.4888	20.1141	3.5191

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 312:429)	A	312 - 429
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 430:530)	A	430 - 530
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 531:543)	A	531 - 543
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 544:547)	A	544 - 547
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 548:572)	A	548 - 572
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 573:608)	A	573 - 608
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 609:613)	A	609 - 613
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 615:644)	A	615 - 644
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 645:653)	A	645 - 653
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 654:667)	A	654 - 667
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 668:676)	A	668 - 676
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 677:681)	A	677 - 681
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 682:686)	A	682 - 686
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 687:901)	A	687 - 901
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 902:1070)	A	902 - 1070
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 1071:1131)	A	1071 - 1131
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 1133:1148)	A	1133 - 1148
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 1149:1210)	A	1149 - 1210

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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