PDB-3psf: Crystal Structure of the Spt6 core domain from Saccharomyces cere...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3psf

タイトル

Crystal Structure of the Spt6 core domain from Saccharomyces cerevisiae, Form Spt6(236-1259)

要素

Transcription elongation factor SPT6

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription Elongation / Nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

carbon catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / transcription antitermination factor activity, DNA binding / regulation of mRNA 3'-end processing / nucleosome organization / poly(A)+ mRNA export from nucleus / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / nucleosome binding / transcription elongation factor complex / transcription antitermination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Close, D. / Hill, C.P.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of the S. cerevisiae Spt6 core and C-terminal tandem SH2 domain.
著者: Close, D. / Johnson, S.J. / Sdano, M.A. / McDonald, S.M. / Robinson, H. / Formosa, T. / Hill, C.P.

履歴

登録	2010年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月3日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3psf.cif.gz	504.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3psf.ent.gz	421.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3psf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3psf_validation.pdf.gz	433 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3psf_full_validation.pdf.gz	447.3 KB	表示
XML形式データ	3psf_validation.xml.gz	29.6 KB	表示
CIF形式データ	3psf_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/3psf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/3psf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3psiC 3psjC 3pskC 3psl C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vda-d 3nmx-d 1gl9-1 5kkl-d 4aq1-2 6ykl-d 1y64-d 5wfc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcription elongation factor SPT6

119 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.052, 116.176, 117.348
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Transcription elongation factor SPT6 / Chromatin elongation factor SPT6 分子量: 119201.672 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 235-1259 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: S288C / 遺伝子: CRE2, G6169, SPT6, SSN20, YGR116W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P23615
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Transcription elongation factor SPT6 / Chromatin elongation factor SPT6

分子量: 119201.672 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 235-1259 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: CRE2, G6169, SPT6, SSN20, YGR116W / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P23615

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.61 %
結晶化	温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 50mM Mg(HCO2)2, 10% Glycerol, 1.0 M NDSB-256 , pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97922 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月8日
放射	モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→32.32 Å / Num. all: 48005 / Num. obs: 48005 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 65.05 Å²

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	32.32 Å
Translation	2.5 Å	32.32 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER	1.3.3	位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.59→32.32 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2651	1918	4 %
R_work	0.2238	-	-
obs	0.2255	48003	96.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 55.591 Å² / k_sol: 0.375 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 346.88 Å² / B_iso mean: 103.5701 Å² / B_iso min: 48.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.0338 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.9606 Å²	-0 Å²
3-	-	-	12.9943 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→32.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6741	0	0	48	6789

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6869
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.895	9278
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1021
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1211
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.022	2618

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5868-2.6792	0.3496	165	0.2873	4020	4185	85
2.6792-2.7864	0.3137	190	0.2739	4320	4510	92
2.7864-2.9131	0.3069	187	0.2469	4479	4666	95
2.9131-3.0666	0.3329	182	0.2595	4545	4727	96
3.0666-3.2586	0.3118	188	0.2565	4675	4863	98
3.2586-3.5099	0.2888	200	0.2371	4705	4905	99
3.5099-3.8626	0.2865	209	0.2205	4759	4968	100
3.8626-4.4203	0.2221	190	0.1859	4792	4982	100
4.4203-5.5645	0.2263	192	0.201	4844	5036	100
5.5645-32.3229	0.2585	215	0.2322	4946	5161	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6068	-0.347	-0.5038	1.1919	0.1318	2.9414	-0.1015	-0.0924	-0.1381	-0.1269	-0.3278	-0.196	-0.0379	0.3309	0.4445	0.3194	-0.0385	-0.0034	0.5931	0.3211	0.9057	-12.2356	25.456	-13.9305
2	2.5156	0.6883	0.0016	0.6336	0.8778	2.7253	-0.2117	0.2835	-1.7346	-0.124	0.2214	-0.5142	0.7817	0.0556	0.1319	0.8647	-0.1585	0.2864	0.5026	0.1055	1.184	10.5732	26.7328	-36.8391
3	2.359	0.9938	-0.9761	0.3584	-0.5469	2.2046	-0.7656	-0.1204	-0.7384	-0.4598	0.1234	-0.7338	1.0923	0.0518	0.6654	0.9421	-0.1087	0.3202	0.6457	0.1202	0.7923	23.6456	42.5512	-48.8711
4	0.2592	-0.8304	0.336	4.0329	-0.164	0.7974	-0.0974	-0.0372	-0.4654	-0.3737	0.2472	1.0465	0.0974	-0.3467	-0.1907	0.6245	-0.1149	0.0897	0.8102	0.2572	0.917	-2.7519	52.3191	-32.5409
5	0.9657	-1.6419	0.2613	3.1342	-0.8777	0.4478	-0.2979	-0.4332	-0.3852	-0.2926	0.9324	1.3997	0.306	-0.6775	-0.5359	0.7178	-0.1827	-0.0404	0.6442	0.4648	1.4024	-10.6406	54.7841	-27.9774
6	1.0805	-0.8432	-0.9298	0.3596	0.4264	1.1426	-0.2938	-0.0735	-0.0341	-0.2303	0.1261	-0.0927	0.2106	0.0258	0.0787	0.4919	-0.0722	-0.0628	0.3983	0.2221	0.6749	2.147	47.9255	-30.031
7	1.5336	0.6504	0.2337	0.746	0.8404	0.9091	0.0539	-0.2257	0.4107	-0.1307	-0.16	0.0101	-0.1324	-0.0736	0.0219	0.5252	0.1165	0.1497	0.7141	0.2274	1.0503	-56.4545	47.6201	-8.1494
8	2.612	-1.7542	0.0966	1.1587	-0.1833	1.5895	0.5904	0.6698	0.3388	-0.1552	-0.0512	-0.4316	-0.062	-0.4136	-0.3564	0.4705	0.0431	0.0941	0.7856	0.256	0.6443	-47.7975	40.4525	-14.7106
9	3.4432	-0.2532	0.2794	2.3742	-0.9005	1.2668	0.1512	-0.0958	-0.2961	-0.1618	-0.1933	0.1102	0.1198	-0.2803	-0.0037	0.3577	-0.0264	-0.0021	0.5495	0.1134	0.6988	-31.6546	22.6481	-11.727
10	0.3229	-0.5987	-0.046	1.9448	0.6502	2.9806	-0.3573	-0.5316	-0.8308	-0.0845	-0.0379	0.9608	0.1228	-1.0388	0.1191	0.4651	-0.1086	-0.0888	1.0811	0.4896	1.0332	-27.8075	14.7006	17.56
11	3.7061	-2.5026	1.4659	1.9734	-2.3601	0.6813	-0.0317	-0.7648	0.1861	0.2959	0.1314	-0.1629	-0.3512	-0.2773	-0.1403	0.5498	-0.0243	-0.0436	0.586	0.1068	0.7617	-27.1379	34.4431	1.6803
12	2.6121	0.9165	-0.4749	2.2995	-0.624	0.5499	-0.7182	-0.8743	0.0655	0.3285	0.475	0.2405	-0.0264	-0.0928	0.2315	0.7825	0.1552	0.1594	0.6252	0.1217	0.7259	-14.5638	72.8986	-37.1048

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 298:429)	A	298 - 429
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 430:505)	A	430 - 505
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 506:578)	A	506 - 578
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 579:622)	A	579 - 622
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 623:657)	A	623 - 657
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 658:740)	A	658 - 740
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 741:837)	A	741 - 837
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 838:885)	A	838 - 885
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 886:1026)	A	886 - 1026
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 1027:1076)	A	1027 - 1076
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 1077:1128)	A	1077 - 1128
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 1219:1248)	A	1219 - 1248

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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