PDB-3ps8: Crystal structure of L68V mutant of human cystatin C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ps8

タイトル

Crystal structure of L68V mutant of human cystatin C

要素

Cystatin-C

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / cysteine protease inhibitor / 3D domain swapping / Hereditary Cystatin C Amyloid Angiopathy / Protease inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of collagen catabolic process / negative regulation of elastin catabolic process / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of peptidase activity / peptidase inhibitor activity / negative regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of tissue remodeling / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase inhibitor activity / supramolecular fiber organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Orlikowska, M. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Skowron, P. / Szymanska, A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of L68V mutant of human cystatin C
著者: Orlikowska, M. / Szymanska, A. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Skowron, P. / Jankowska, E.

履歴

登録	2010年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月3日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ps8.cif.gz	56.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ps8.ent.gz	47.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ps8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ps8_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ps8_full_validation.pdf.gz	436.2 KB	表示
XML形式データ	3ps8_validation.xml.gz	7.6 KB	表示
CIF形式データ	3ps8_validation.cif.gz	9.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/3ps8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/3ps8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qrdC 1g96 1r4c 1tij 3gax 3nx0 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1r4c-2 5eb0-d 1r4c-1 1l0s-5 5t69-d 3sva-1 5t2f-1 4y6x-3 3oqz-d 2ldy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Cystatin-C

ヘテロ分子

13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cystatin-C

ヘテロ分子

A: Cystatin-C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.801, 139.801, 139.801
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	211
Space group name H-M	I432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-204- HOH

#1: タンパク質	Cystatin-C / Cystatin-3 / Gamma-trace / Neuroendocrine basic polypeptide / Post-gamma-globulin 分子量: 13351.114 Da / 分子数: 1 / 変異: L68V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CST3 / プラスミド: PHD313 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P01034
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M sodium acetate pH=4.6, 8% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 7932 / Num. obs: 7932 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 42.9 % / R_merge(I) obs: 0.115 / R_sym value: 0.115 / Net I/σ(I): 41.57
反射シェル	解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 41.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.23

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.55→33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 15.921 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25055	356	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18769	-	-	-
obs	0.19069	7087	94.01 %	-
all	-	7932	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.265 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	859	0	25	80	964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	900
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.643	1.953	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.921	5	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.345	23.864	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.956	15	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.817	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	686
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.967	1.5	547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.471	2	879
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	12.744	3	353
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	15.769	4.5	330
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.617 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.43	30	-
R_work	0.245	405	-
obs	-	-	76.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3944	-9.6954	-4.8366	33.4246	3.5258	18.0301	-0.9857	-1.1616	-0.0576	2.2765	0.6186	0.3608	-0.0022	1.4923	0.3671	0.2289	0.1488	-0.0306	0.7393	0.0851	0.1396	86.6852	-5.2224	31.1056
2	43.1899	-15.4321	29.6305	25.1172	4.3882	49.2917	0.4711	-1.9287	-2.9628	1.8288	0.1078	-0.2013	3.3855	-0.5387	-0.5789	0.5336	0.1037	0.0724	0.3546	0.2544	0.4504	81.8861	-15.3875	28.8665
3	7.6345	-4.7349	-4.5896	2.819	3.9151	26.7931	-0.2962	-0.2096	-0.3728	0.0705	-0.0143	-0.0157	0.5526	0.1922	0.3105	0.1355	0.0569	0.0928	0.0845	0.0644	0.1509	80.0893	-13.1461	16.0757
4	2.5247	0.4237	1.9242	4.2182	8.0311	14.9588	-0.2247	-0.2456	-0.2374	0.1457	0.1928	0.005	0.208	0.1992	0.0319	0.1672	0.0176	0.0812	0.0937	0.0911	0.1705	86.4009	-13.9473	12.2409
5	19.4764	-7.9167	6.5135	3.4547	-1.624	5.3809	-0.3084	-0.4672	0.3185	0.0829	0.1699	-0.1504	-0.0788	0.0482	0.1386	0.1063	0.029	0.0055	0.1579	0.06	0.0648	67.1625	2.4048	27.2229
6	9.6098	3.4751	-2.6297	8.4948	-13.0937	19.8134	-0.0248	-0.7049	0.619	0.2703	0.033	0.3097	-0.2002	-0.1164	-0.0082	0.1795	0.1227	-0.029	0.1437	-0.097	0.2212	49.9407	17.0617	9.0394
7	-0.4571	0.0995	7.824	16.0574	-8.6025	8.1252	-0.3453	-0.2275	0.7305	2.6624	0.197	-0.1747	-2.0512	0.4939	0.1483	0.7836	-0.0271	-0.1424	0.505	-0.5697	0.9176	55.931	25.5524	10.5065
8	21.3444	3.2718	9.6895	8.7275	15.2654	36.6559	-0.4082	0.8937	0.4612	-0.8045	-0.2154	1.1378	-1.0505	-2.0078	0.6236	0.224	0.0357	-0.1166	0.3656	0.1616	0.3247	44.1114	18.4418	3.3874
9	9.7381	-2.5926	6.7344	5.8239	-3.4641	10.3461	-0.0945	0.0397	-0.0275	-0.1507	0.0533	0.4569	-0.0842	-0.2366	0.0413	0.0739	0.0527	-0.0104	0.1107	-0.0255	0.0634	55.4549	6.7473	16.2705
10	13.6882	5.9798	-11.3557	82.306	-2.2364	9.8129	0.4008	-1.7054	-0.0401	1.7115	-0.5261	-4.0397	-0.4828	2.3063	0.1253	0.362	0.0401	-0.2951	0.6846	-0.1414	0.4965	72.6646	10.269	29.3744
11	21.1839	5.4609	10.9306	9.4436	4.9727	11.885	-0.4115	0.5957	0.0785	-0.5294	0.2228	0.3159	-0.2802	0.1393	0.1887	0.1558	0.0525	0.0387	0.1298	0.0238	0.0412	58.5615	4.9982	15.1253

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	26 - 35
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	36 - 52
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	53 - 66
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	67 - 73
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	74 - 83
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	84 - 92
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	93 - 103
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	104 - 108
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	109 - 120

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)