PDB-3prd: Structural analysis of protein folding by the Methanococcus janna...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3prd

タイトル

Structural analysis of protein folding by the Methanococcus jannaschii chaperone FKBP26

要素

FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

キーワード

Chaperone / Isomerase / FKBP

機能・相同性

機能・相同性情報

biosynthetic process / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Martinez-Hackert, E. / Hendrickson, W.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural Analysis of Protein Folding by the Long-Chain Archaeal Chaperone FKBP26.
著者: Martinez-Hackert, E. / Hendrickson, W.A.

履歴

登録	2010年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3prd.cif.gz	99.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3prd.ent.gz	80.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3prd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3prd_validation.pdf.gz	421.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3prd_full_validation.pdf.gz	427.1 KB	表示
XML形式データ	3prd_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	3prd_validation.cif.gz	12.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/3prd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/3prd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pr9C 3praC 3prbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fif-d 3prb-d 5k2y-d 1rxv-d 5b6i-d 4j4b-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.950, 137.950, 114.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase / Rotamase / Long-type FKBP 分子量: 25987.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: MJ0825 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58235, peptidylprolyl isomerase

#1: タンパク質

FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase / Rotamase / Long-type FKBP

分子量: 25987.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0825 / プラスミド: pET24 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58235, peptidylprolyl isomerase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 5.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法詳細: 1.5 M (NH4)2SO4, pH 100 mM Tris, pH 8.0, hanging drop, temperature 298K PH範囲: 100 mM Tris, pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A
検出器	検出器: CCD / 日付: 2000年10月1日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 3.3→25 Å / Num. obs: 8151

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.3→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.869 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 85.965 / SU ML: 0.589 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.531
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3279	375	4.6 %	RANDOM
R_work	0.3147	-	-	-
obs	0.3153	8151	95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 170.92 Å² / B_iso mean: 139.453 Å² / B_iso min: 98.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	14.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1751	0	0	0	1751

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.056	2.005	2397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.552	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.76	25.211	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.7	15	353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.782	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.251	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.059	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.363	1.5	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.658	2	1813
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.48	3	702
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.859	4.5	584

LS精密化シェル

解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.401	27	-
R_work	0.441	551	-
all	-	578	-
obs	-	-	93.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5995	-0.8389	0.9086	1.7136	-0.4482	5.587	0.2669	-0.35	-0.8274	0.4155	0.121	0.4587	0.5953	-0.8929	-0.3879	-0.315	-0.1743	0.078	-0.2334	0.0699	-0.0072	36.9902	59.1256	13.6576
2	11.3549	-4.9692	-3.3169	5.0114	4.3337	8.2587	0.6816	-0.3003	0.1438	-0.2421	-0.136	-0.3423	-0.4262	0.3628	-0.5456	-0.6107	-0.0304	-0.0728	0.1205	0.0051	0.1446	45.3179	70.9781	-13.8856
3	10.0233	2.1395	-1.5338	7.8517	0.2312	0.55	-0.1516	-1.028	-0.1401	-0.4764	0.1577	0.3894	0.0475	-0.1747	-0.0061	0.1493	0.1133	-0.0546	-0.2789	0.0459	-0.6712	60.363	65.5787	25.5003

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 85
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	130 - 150
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	86 - 129
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	151 - 223

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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