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- PDB-3pr5: Dpo4 Y12A mutant incorporating ADP opposite template dT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pr5
タイトルDpo4 Y12A mutant incorporating ADP opposite template dT
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
  • DNA polymerase IV
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA polymerase / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kirouac, K.N. / Ling, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural mechanism of ribonucleotide discrimination by a Y-family DNA polymerase.
著者: Kirouac, K.N. / Suo, Z. / Ling, H.
履歴
登録2010年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA polymerase IV
P: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*C)-3')
T: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9756
ポリマ－48,3883
非ポリマー5873
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area19900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.607, 101.993, 52.288
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#1: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV


分子量: 38927.426 Da / 分子数: 1 / 変異: Y12A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: dbh, dpo4, SSO2448 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97W02, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*C)-3')


分子量: 4081.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 5378.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 3種, 80分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% PEG 3350, 0.15M CaAc2, 0.1M Hepes pH 7.0, 2.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月4日
放射モノクロメーター: GRADED MULTILAYER (OSMIC) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 19896 / Num. obs: 19626 / % possible obs: 95.07 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / % possible all: 81.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JX4

1jx4


解像度: 2.4→26.293 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.13 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2647 801 4.08 %
Rwork0.2275 --
obs0.2291 19626 95.07 %
all-19896 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.525 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.8202 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.7478 Å2-0 Å2
3----6.0724 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→26.293 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2737 570 29 77 3413
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3164748
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9941376
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081541
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.55030.34121270.32922964X-RAY DIFFRACTION92
2.5503-2.7470.34181290.29883054X-RAY DIFFRACTION94
2.747-3.0230.31031400.27943130X-RAY DIFFRACTION97
3.023-3.45970.30121390.22373208X-RAY DIFFRACTION98
3.4597-4.35560.25371330.19963271X-RAY DIFFRACTION98
4.3556-26.29460.21881330.20953198X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.79110.10761.63941.555-0.05531.1945-0.0502-0.0492-0.13160.11810.15240.10080.12610.2183-00.40480.09250.01320.45410.01240.3703-17.42595.3735-6.1482
21.5174-0.3046-0.28342.512-0.05961.4527-0.2395-0.33880.03210.18760.21040.4062-0.051-0.0817-00.24770.0491-0.01260.3691-0.04570.3508-35.20319.913-8.5199
30.3670.621-0.23340.197-0.42630.1096-0.0148-0.0096-0.0248-1.1576-0.11540.6074-0.3477-0.6652-00.55450.0333-0.19810.4973-0.06950.4818-37.327327.8098-16.0878
42.2666-0.9189-0.32071.64670.43133.3031-0.0066-0.02370.2323-0.0002-0.1313-0.0590.2720.299600.4650.07370.08720.451-0.00860.3922-7.486416.3002-29.1926
51.005-0.0327-0.40740.02010.61480.32550.14-0.52040.0916-0.1735-0.04970.34270.60580.0032-00.5145-0.0776-0.07610.24620.01110.3809-20.04530.3522-26.2127
60.51791.0814-1.37861.22720.8173-0.0525-0.1195-0.33370.07940.371-0.4329-0.44650.20810.4742-00.50810.0296-0.03640.3170.03340.3316-17.100127.3813-25.0517
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain B and resid 1:91)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 92:222)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 223:239)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 240:341)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain P and resid 1:13)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain T and resid 3:17)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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