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- PDB-3pqu: The crystal structures of porcine pathogen AsH57_TbpB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pqu
タイトルThe crystal structures of porcine pathogen AsH57_TbpB
要素Transferrin binding protein B
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / lipoprotein / transferrin receptor / iron acquisition / vaccine candidate / Beta-barrel / Transferrin Binding / Transferrin / Outermembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell surface
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #240 / Lipocalin - #250 / Transferrin-binding protein B, C-lobe handle domain / TbpB, C-lobe handle domain superfamily / C-lobe handle domain of Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, N-lobe handle / TbpB, N-lobe handle domain superfamily / N-Lobe handle Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, C-lobe/N-lobe beta barrel domain / C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B ...Lipocalin - #240 / Lipocalin - #250 / Transferrin-binding protein B, C-lobe handle domain / TbpB, C-lobe handle domain superfamily / C-lobe handle domain of Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, N-lobe handle / TbpB, N-lobe handle domain superfamily / N-Lobe handle Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, C-lobe/N-lobe beta barrel domain / C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B / Porin - #90 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transferrin-binding protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Actinobacillus suis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Calmettes, C. / Moraes, T.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural Variations within the Transferrin Binding Site on Transferrin-binding Protein B, TbpB.
著者: Calmettes, C. / Yu, R.H. / Silva, L.P. / Curran, D. / Schriemer, D.C. / Schryvers, A.B. / Moraes, T.F.
履歴
登録2010年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transferrin binding protein B
B: Transferrin binding protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,3647
ポリマ－125,9032
非ポリマー4605
水16,033890
1
A: Transferrin binding protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2284
ポリマ－62,9521
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Transferrin binding protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1363
ポリマ－62,9521
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.670, 74.470, 106.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111CHAIN A AND ((RESSEQ 37:67) OR (RESSEQ 71:224) OR (RESSEQ...A0
211CHAIN B AND ((RESSEQ 37:67) OR (RESSEQ 71:224) OR (RESSEQ...B0

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.851745, 0.01208, 0.523817), (0.010727, -0.999927, 0.005618), (0.523847, 0.000834, -0.851812)
ベクター: -7.60348, -27.823601, 27.4865)

-
要素

#1: タンパク質 Transferrin binding protein B / Transferrin-binding protein B


分子量: 62951.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinobacillus suis (バクテリア)
株: H57 / 遺伝子: tbpB / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83UA7
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 890 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 0.4 M lithium sulfate, 17% PEG 3350, 20% glycerol, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 79607 / % possible obs: 63.4 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.235 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
1.82-1.8912120.6241.8
1.89-1.961.310700.7078.80.625
1.96-2.051.631570.81426.10.402
2.05-2.16256770.84346.70.351
2.16-2.292.584670.82269.80.338
2.29-2.473.1105850.85586.80.295
2.47-2.723.8114480.86393.80.24
2.72-3.114.2120120.94498.60.139
3.11-3.924.8122691.5151000.078
3.92-505.1124151.76799.80.054

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 41.52 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.2 Å46.25 Å
Translation2.2 Å46.25 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3HOL

3hol


解像度: 2.1→44.755 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8865 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 3981 5 %
Rwork0.1721 --
obs0.1744 77312 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.138 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 205 Å2 / Biso mean: 50.1521 Å2 / Biso min: 4.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.0597 Å2-0 Å2-0.7428 Å2
2---3.728 Å20 Å2
3----1.3317 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.755 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8468 0 30 890 9388
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07111846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781249
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041568
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3093245
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3502X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
12B3502X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.17510.26563940.21497479787399
2.1751-2.26210.24593930.19447470786399
2.2621-2.36510.24773940.188774957889100
2.3651-2.48980.24323970.179875367933100
2.4898-2.64570.2553960.185875337929100
2.6457-2.850.22193990.1775717970100
2.85-3.13670.21613980.163575657963100
3.1367-3.59050.19474000.162175947994100
3.5905-4.52290.18794010.144276208021100
4.5229-44.76520.19424090.16877638172100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.03740.0071-0.20910.6660.03481.13330.0376-0.0486-0.02640.2181-0.01980.19770.1316-0.17-0.00850.1452-0.04460.01090.11810.02040.134215.4561-16.179553.623
20.84880.15840.08511.43190.06361.2132-0.06080.11050.0596-0.03150.0396-0.0325-0.04330.00560.01840.0292-0.01180.010.02730.00780.011226.1127-10.341841.7594
31.1830.4193-0.39261.8101-0.31781.8312-0.03860.23860.2531-0.0137-0.05250.7-0.0611-0.88130.12620.0113-0.0346-0.06240.6135-0.07260.3483-14.8599-16.484336.349
40.3750.2283-0.65460.3762-0.20481.29060.01060.14360.063-0.23570.05430.0879-0.124-0.1801-0.07530.23170.00920.02250.17290.04530.164633.4074-11.4072-10.1569
50.9347-0.3539-0.11811.59430.08311.3443-0.0934-0.1114-0.10650.10690.1273-0.00070.0608-0.02340.00890.08260.00210.04430.03060.03080.020436.41-17.04265.697
60.25130.0427-0.36651.7626-0.00345.4526-0.09620.1204-0.0403-0.07060.19590.59310.344-2.0761-0.23930.0212-0.0807-0.07230.88970.14430.2671-1.0372-11.3239-10.9509
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 27:97)A27 - 97
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 98:333)A98 - 333
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 334:576)A334 - 576
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 27:97)B27 - 97
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 98:333)B98 - 333
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 334:575)B334 - 575

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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