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万見
- PDB-3pp6: REP1-NXSQ fatty acid transporter Y128F mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pp6
タイトルREP1-NXSQ fatty acid transporter Y128F mutant
要素ReP1-NCXSQ
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / fatty acid transporter / Y128F mutant / Beta-sandwich / Fatty acid
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITOLEIC ACID / Sodium/calcium exchanger regulatory protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Loligo pealei (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Berberian, G. / Bollo, M. / Howard, E. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Ayoub, D. / Sanglier-Cianferani, S. / Van Dorsselaer, A. / DiPolo, R. / Beauge, L. ...Berberian, G. / Bollo, M. / Howard, E. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Ayoub, D. / Sanglier-Cianferani, S. / Van Dorsselaer, A. / DiPolo, R. / Beauge, L. / Petrova, T. / Schulze-Briese, C. / Wang, M. / Podjarny, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structural and functional studies of ReP1-NCXSQ, a protein regulating the squid nerve Na+/Ca2+ exchanger.
著者: Cousido-Siah, A. / Ayoub, D. / Berberian, G. / Bollo, M. / Van Dorsselaer, A. / Debaene, F. / DiPolo, R. / Petrova, T. / Schulze-Briese, C. / Olieric, V. / Esteves, A. / Mitschler, A. / ...著者: Cousido-Siah, A. / Ayoub, D. / Berberian, G. / Bollo, M. / Van Dorsselaer, A. / Debaene, F. / DiPolo, R. / Petrova, T. / Schulze-Briese, C. / Olieric, V. / Esteves, A. / Mitschler, A. / Sanglier-Cianferani, S. / Beauge, L. / Podjarny, A.
履歴
登録2010年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22013年1月23日Group: Database references
改定 1.32018年8月15日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ReP1-NCXSQ
B: ReP1-NCXSQ
C: ReP1-NCXSQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3736
ポリマ－43,6103
非ポリマー7633
水5,242291
1
A: ReP1-NCXSQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7912
ポリマ－14,5371
非ポリマー2541
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ReP1-NCXSQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7912
ポリマ－14,5371
非ポリマー2541
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ReP1-NCXSQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7912
ポリマ－14,5371
非ポリマー2541
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.273, 80.273, 59.351
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 ReP1-NCXSQ


分子量: 14536.597 Da / 分子数: 3 / 変異: Y128F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loligo pealei (無脊椎動物) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: C4N147
#2: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細AUTHOR STATES THAT A TAIL OF PALMITIC ACID IS DISORDERED STARTING FROM ATOM C9 FOR ALL COPIES (A, B AND C).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.41 %
結晶化温度: 277 K / pH: 9.5
詳細: 30% PEG 3000, 0.1M CHES , pH 9.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9196
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月26日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR WITH DUAL CHANNEL CUT CRYSTALS
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9196 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 33356 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 28.85 Å2 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 32.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / Rsym value: 0.375 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YIV

1yiv


解像度: 1.9→34.76 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2663 1688 5.06 %
Rwork0.2083 --
obs0.2107 31990 94.8 %
all-33356 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.29 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2187 Å20 Å2-0 Å2
2--1.2187 Å2-0 Å2
3----2.4374 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3025 0 54 291 3370
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073321
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0994452
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6891303
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004570
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9001-1.9560.30081470.27042659X-RAY DIFFRACTION84
1.956-2.01920.2861390.24362610X-RAY DIFFRACTION91
2.0192-2.09130.29611300.2382588X-RAY DIFFRACTION93
2.0913-2.1750.27711350.22812682X-RAY DIFFRACTION95
2.175-2.2740.28781300.22952652X-RAY DIFFRACTION92
2.274-2.39380.33131480.24582601X-RAY DIFFRACTION94
2.3938-2.54380.33321580.23632609X-RAY DIFFRACTION97
2.5438-2.74010.31941280.22682648X-RAY DIFFRACTION97
2.7401-3.01570.2791600.22712660X-RAY DIFFRACTION98
3.0157-3.45170.28621300.20752648X-RAY DIFFRACTION99
3.4517-4.34720.24571390.18782673X-RAY DIFFRACTION99
4.3472-33.25280.20571440.17462614X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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