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- PDB-3pp4: Epitope characterization and crystal structure of GA101 provide i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pp4
タイトルEpitope characterization and crystal structure of GA101 provide insights into the molecular basis for the type I / type II distinction of anti- CD20 antibodies
要素
  • B-lymphocyte antigen CD20
  • GA101 Fab heavy chain
  • GA101 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody Fab fragment Ig-domain / CD20 / cyclic peptide / antibody antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


store-operated calcium entry / calcium ion import into cytosol / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / epidermal growth factor receptor binding / immunoglobulin binding / B cell activation / humoral immune response / B cell proliferation / plasma membrane raft / B cell differentiation ...store-operated calcium entry / calcium ion import into cytosol / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / epidermal growth factor receptor binding / immunoglobulin binding / B cell activation / humoral immune response / B cell proliferation / plasma membrane raft / B cell differentiation / B cell receptor signaling pathway / protein tetramerization / response to bacterium / MHC class II protein complex binding / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Membrane-spanning 4-domains subfamily A / CD20-like family / CD20-like family / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
B-lymphocyte antigen CD20
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Hopfner, K.-P. / Lammens, A.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2011
タイトル: Epitope characterization and crystal structure of GA101 provide insights into the molecular basis for type I/II distinction of CD20 antibodies.
著者: Niederfellner, G. / Lammens, A. / Mundigl, O. / Georges, G.J. / Schaefer, W. / Schwaiger, M. / Franke, A. / Wiechmann, K. / Jenewein, S. / Slootstra, J.W. / Timmerman, P. / Brannstrom, A. / ...著者: Niederfellner, G. / Lammens, A. / Mundigl, O. / Georges, G.J. / Schaefer, W. / Schwaiger, M. / Franke, A. / Wiechmann, K. / Jenewein, S. / Slootstra, J.W. / Timmerman, P. / Brannstrom, A. / Lindstrom, F. / Mossner, E. / Umana, P. / Hopfner, K.P. / Klein, C.
履歴
登録2010年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: GA101 Fab heavy chain
L: GA101 Fab light chain
P: B-lymphocyte antigen CD20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8224
ポリマ－50,7873
非ポリマー351
水13,673759
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area21090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.050, 85.900, 72.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 GA101 Fab heavy chain


分子量: 23969.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Chinese hamster ovary (CHO)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 GA101 Fab light chain


分子量: 23964.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Chinese hamster ovary (CHO)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド B-lymphocyte antigen CD20 / B-lymphocyte surface antigen B1 / Bp35 / Leukocyte surface antigen Leu-16 / Membrane-spanning 4- ...B-lymphocyte surface antigen B1 / Bp35 / Leukocyte surface antigen Leu-16 / Membrane-spanning 4-domains subfamily A member 1


分子量: 2852.051 Da / 分子数: 1 / Fragment: large extracellular loop (UNP residues 163-187) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CD20 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11836
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 759 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 16% (w/v) PEG4000, 4% (v/v) isopropanol, 0.1 M sodium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月13日
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 61332 / Num. obs: 60342 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EXESデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PP3

3pp3


解像度: 1.6→42.95 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1873 2000 3.31 %RANDOM
Rwork0.1373 ---
obs0.139 60342 98.57 %-
all-61332 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 76.508 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1319 Å20 Å22.5823 Å2
2---0.3777 Å2-0 Å2
3----7.3775 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3532 0 1 759 4292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043878
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9465354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1921457
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06618
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004687
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5994-1.63940.19851380.13544014X-RAY DIFFRACTION95
1.6394-1.68370.20341410.12734129X-RAY DIFFRACTION98
1.6837-1.73320.18641420.11564154X-RAY DIFFRACTION98
1.7332-1.78920.17211420.11124122X-RAY DIFFRACTION98
1.7892-1.85310.1811420.11044168X-RAY DIFFRACTION99
1.8531-1.92730.19871440.11754170X-RAY DIFFRACTION99
1.9273-2.0150.1881420.11974159X-RAY DIFFRACTION99
2.015-2.12130.18141440.12054188X-RAY DIFFRACTION99
2.1213-2.25420.20091440.12424207X-RAY DIFFRACTION99
2.2542-2.42820.19481430.13274163X-RAY DIFFRACTION99
2.4282-2.67250.19031440.13774218X-RAY DIFFRACTION100
2.6725-3.05920.18621450.13974222X-RAY DIFFRACTION100
3.0592-3.85380.16941460.12664249X-RAY DIFFRACTION100
3.8538-42.96550.15851430.14274179X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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