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- PDB-3poy: Crystal Structure of the alpha-Neurexin-1 ectodomain, LNS 2-6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3poy
タイトルCrystal Structure of the alpha-Neurexin-1 ectodomain, LNS 2-6
要素Neurexin-1-alpha
キーワードCELL ADHESION / LNS / laminin neurexin sex hormone-binding globulin / EGF / epidermal growth factor / synaptic adhesion protein / neuroligin / NLGN / presynaptic / neurexin / NRXN
機能・相同性
機能・相同性情報


neuroligin family protein binding / cell projection / presynaptic membrane / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Neurexin/syndecan/glycophorin C / : / putative band 4.1 homologues' binding motif / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...Neurexin/syndecan/glycophorin C / : / putative band 4.1 homologues' binding motif / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Laminin / Laminin / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / Epidermal growth factor-like domain. / Jelly Rolls - #200 / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Neurexin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Miller, M.T. / Mileni, M. / Comoletti, D. / Stevens, R.C. / Harel, M. / Taylor, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: The crystal structure of the alpha-neurexin-1 extracellular region reveals a hinge point for mediating synaptic adhesion and function.
著者: Miller, M.T. / Mileni, M. / Comoletti, D. / Stevens, R.C. / Harel, M. / Taylor, P.
履歴
登録2010年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年3月31日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurexin-1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,3593
ポリマ－112,5921
非ポリマー7672
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.740, 61.240, 155.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Neurexin-1-alpha


分子量: 112591.992 Da / 分子数: 1 / 断片: ectodomain (UNP residues 296-1349) / 変異: Q628E,I1128F, del(395-409,1263-1292) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: NRXN1 / プラスミド: pCDNA 3.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q28146
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.97 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9
詳細: 12% PEG20000, 100 mM bicine, 1 mM EDTA, 150 mM NaCl , pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月15日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→38.564 Å / Num. all: 32190 / Num. obs: 31504 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 63.4 Å2 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 3.02→3.13 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3223 / Rsym value: 0.628 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3BOD, 2HOB, 2R16

3bod

2hob

2r16


解像度: 3.02→38.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 42.645 / SU ML: 0.355 / Isotropic thermal model: isotropic + tls (7 groups) / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.427 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26913 1586 5 %RANDOM
Rwork0.21356 ---
obs0.21642 29917 98.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.449 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.09 Å20 Å23.05 Å2
2--1.24 Å20 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.02→38.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7791 0 50 33 7874
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0228009
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.025368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3691.96410853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.2843.00113062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.31651002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.03824.59366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.235151353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8551544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8811.54968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.52065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23528001
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4633041
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6714.52852
LS精密化 シェル解像度: 3.02→3.098 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 107 -
Rwork0.312 2243 -
obs-2243 99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9611-1.18540.31261.37210.68412.29760.0880.06690.1055-0.040.0846-0.02480.04820.0598-0.17260.346-0.0672-0.01780.29790.01410.201785.254527.1343-78.9791
22.7982-1.3425-0.98664.50770.06375.2439-0.07850.2041-0.48340.01650.0790.34670.4725-0.3525-0.00050.2461-0.08140.06670.28530.01270.178468.670825.4983-52.149
34.51272.0301-10.00294.2774-3.84721.89380.54820.13670.26820.1221-0.0998-0.5333-1.2350.0879-0.44840.48630.10080.15030.33820.19230.43461.324747.4434-36.7456
42.96070.5628-1.03412.1654-0.31424.8076-0.07250.1162-0.0467-0.25080.0192-0.15270.04920.09280.05340.05460.01070.03490.01020.00550.087860.497526.9425-21.0676
52.68860.69370.90964.7009-0.10392.55830.0175-0.1148-0.30730.2105-0.0549-0.22810.14520.17850.03730.0562-0.00320.02720.02320.0150.068258.854131.71939.7583
610.57494.21713.31475.84024.54874.87430.4295-0.82250.50540.1704-0.59230.0811-0.4147-1.01890.16280.2260.18690.00130.31960.00520.22422.088921.6427-3.1178
74.7905-1.2920.21644.48860.19634.25730.11650.0983-0.3695-0.298-0.00130.2198-0.025-0.6922-0.11510.0665-0.0108-0.05120.34390.00770.21037.937810.1221-20.3948
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A278 - 460
2X-RAY DIFFRACTION2A473 - 665
3X-RAY DIFFRACTION3A668 - 705
4X-RAY DIFFRACTION4A706 - 895
5X-RAY DIFFRACTION5A896 - 1074
6X-RAY DIFFRACTION6A1075 - 1112
7X-RAY DIFFRACTION7A1115 - 1291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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