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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pnx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative sulfurtransferase dsrE (Swol_2425) from Syntrophomonas wolfei str. Goettingen at 1.92 A resolution | ||||||
要素 | Putative sulfurtransferase dsrE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | DsrE2-like family / DsrE/DsrF/DrsH-like family / DsrEFH-like / DsrEFH-like / Hypothetical Protein Ychn; Chain: A, / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Syntrophomonas wolfei (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of a putative sulfurtransferase dsrE (Swol_2425) from Syntrophomonas wolfei str. Goettingen at 1.92 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pnx.cif.gz | 383.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3pnx.ent.gz | 322.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pnx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3pnx_validation.pdf.gz | 498.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3pnx_full_validation.pdf.gz | 518.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3pnx_validation.xml.gz | 38.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3pnx_validation.cif.gz | 51.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/3pnx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/3pnx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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詳細 | ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNEMENT OF A TRIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18700.412 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Syntrophomonas wolfei (バクテリア) 株: Goettingen / 遺伝子: Swol_2425 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q0AU90 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.63 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.67 詳細: 0.80M sodium chloride, 24.00% polyethylene glycol 600, 10.00% Glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.67, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97960,0.97925 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月8日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.92→29.453 Å / Num. obs: 72995 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 37.721 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Net I/σ(I): 15.37 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.92→29.453 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 7.787 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.142 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. SODIUM (NA) AND CHLORIDE (CL) IONS HAVE BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE. 4. ELECTRON DENSITY SUPPORTS THE MODELING OF CYS 120 ON THE SIX SUBUNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT AS CYSTEINESULFONIC ACID (OCS). 5. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY 5. LEU 83 ON THE C AND E SUBUNITS AND ASN 82 ON THE E SUBUNIT ARE IN REGIONS WHERE ELECTRON DENSITIES ARE DISORDERED, AND THESE RESIDUES ARE RAMACHANDRAN OUTLIERS IN MOLPROBITY. 6. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 7. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.23 Å2 / Biso mean: 51.769 Å2 / Biso min: 32.14 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.92→29.453 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1834 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.919→1.969 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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