PDB-3pna: Crystal Structure of cAMP bound (91-244)RIa Subunit of cAMP-depen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pna

タイトル

Crystal Structure of cAMP bound (91-244)RIa Subunit of cAMP-dependent Protein Kinase

要素

cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit

キーワード

TRANSFERASE / beta-barrel / cAMP-binding / catalytic subunit

機能・相同性

機能・相同性情報

sperm head-tail coupling apparatus / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / PKA activation / nucleotide-activated protein kinase complex / Hedgehog 'off' state / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.503 Å

データ登録者

Kim, C. / Taylor, S.

引用

ジャーナル: Mol Cell Proteomics / 年: 2011
タイトル: Cyclic AMP Analog Blocks Kinase Activation by Stabilizing Inactive Conformation: Conformational Selection Highlights a New Concept in Allosteric Inhibitor Design.
著者: Badireddy, S. / Yunfeng, G. / Ritchie, M. / Akamine, P. / Wu, J. / Kim, C.W. / Taylor, S.S. / Qingsong, L. / Swaminathan, K. / Anand, G.S.

履歴

登録	2010年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3pna.ent.gz	100 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3pna_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pna_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
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関連構造データ

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類似構造データ	6mor-d 2zjd-3 5wrd-1 2zjd-6 1rxe-d 1x2i-d 1bin-2 1ebt-d 3lp3-2 2kwc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (9) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit

B: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit

ヘテロ分子

35.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.8 kDa, 1 ポリマー
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3

A: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit

B: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit

ヘテロ分子

A: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit

B: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
70.9 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.642, 62.642, 158.197
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-278- HOH

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit 分子量: 17339.561 Da / 分子数: 2 断片: N-terminal cAMP binding domain (UNP residues 92-245) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: skeletal muscle / 遺伝子: PRKAR1A / プラスミド: pUC vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00514, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物	ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP 分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₅O₆P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate, 2.0 M ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月24日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→22.3 Å / Num. obs: 56705 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 1.5→1.52 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
AMoRE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6_289)	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.503→22.259 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1822	2772	5.08 %	RANDOM
R_work	0.1568	-	-	-
obs	0.1582	54558	95.73 %	-
all	-	56705	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 67.491 Å² / k_sol: 0.385 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1081 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.1081 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.2163 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.503→22.259 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1986	0	50	417	2453

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2149
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.137	2912
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.303	776
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	330
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	362

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5027-1.5564	0.1805	253	0.173	4814	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5564-1.6187	0.181	267	0.1581	4973	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6187-1.6924	0.1765	245	0.1551	5102	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6924-1.7816	0.1831	271	0.1526	5101	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7816-1.8931	0.1653	281	0.1551	5067	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8931-2.0392	0.1687	266	0.1525	5318	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0392-2.2443	0.1578	317	0.1472	5346	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2443-2.5686	0.1893	265	0.1567	5346	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5686-3.2346	0.2015	313	0.1541	5408	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2346-22.2614	0.1703	294	0.1494	5311	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3874	-0.0381	-0.7377	1.1376	0.6554	1.6113	0.1915	0.5442	0.0516	-0.078	-0.6159	0.1037	0.002	-0.5521	0.2425	0.1313	0.0677	-0.0418	0.2451	0.0017	0.1272	10.1314	-0.6678	19.4913
2	0.7594	0.162	-0.1739	0.6061	-0.2669	0.5423	0.035	-0.1828	0.0409	0.1727	-0.0178	0.108	0.0185	0.2663	-0.0127	0.1546	-0.0213	-0.0192	0.1886	-0.002	0.1083	23.0242	-2.2356	26.9754
3	1.4561	0.1148	-0.2413	0.436	0.4616	1.1512	0.278	-0.2043	0.6387	0.0771	-0.2181	0.054	-0.664	0.0459	-0.0654	0.2766	-0.089	0.0093	0.0987	-0.0164	0.2091	24.4521	10.7396	21.2544
4	1.032	0.3261	-0.4808	0.5192	-0.0405	0.735	-0.0905	0.0023	0.1362	0.1727	0.1287	-0.1791	-0.2275	0.1446	-0.0005	0.2051	-0.01	-0.0067	0.1348	0.0142	0.1524	17.2213	4.1495	20.8099
5	0.5062	0.5426	0.113	1.379	-0.4563	0.5574	-0.0192	-0.0104	-0.1841	-0.0773	0.0082	-0.2925	0.0167	0.0265	0.0259	0.1494	0.0022	0.0275	0.1184	0.0278	0.1789	26.3077	-11.2992	10.391
6	0.8763	-0.8364	-0.0721	1.2958	-0.6147	0.8972	0.1054	0.2731	-0.0603	-0.4103	-0.0691	-0.0923	0.2412	-0.1403	-0.0374	0.1934	-0.0163	-0.0065	0.15	0.0059	0.1198	21.7978	-3.0606	3.2178
7	0.9006	0.3369	-0.5826	2.1647	-0.9296	2.1212	-0.2065	-0.5304	-0.2203	0.4154	0.0342	-0.4211	-0.1157	0.5006	0.176	0.171	-0.022	-0.0448	0.1851	0.055	0.2093	31.5371	-4.6425	16.8371
8	0.6959	-0.3114	0.1586	1.061	0.0801	1.0867	0.2306	0.0324	-0.0055	-0.1544	-0.0134	-0.651	-0.3224	0.1083	-0.1703	0.1998	0.0212	0.1354	0.1576	0.0545	0.3085	36.2695	-4.2127	1.764
9	0.5894	-0.0621	-0.3444	0.6066	-0.0903	0.7902	-0.0463	-0.2455	-0.0133	0.0805	0.0028	-0.3167	-0.1897	-0.1611	-0.0508	0.1095	-0.0311	-0.0311	0.1369	0.027	0.1757	30.7057	-0.1459	12.8738
10	0.5934	0.476	-0.107	1.9687	0.2801	0.7266	0.0115	0.1995	0.1416	-0.4093	-0.0419	-0.2108	-0.3073	0.1082	0.2048	0.1379	0.0041	-0.0126	0.1206	0.0402	0.131	21.4681	6.2017	2.5879
11	0.247	0.2928	-0.255	1.7581	0.3628	0.5721	0.1745	0.1982	0.0563	-0.5447	-0.2603	-0.3644	0.1108	0.0618	0.0666	0.1684	0.0092	0.0481	0.1213	0.0357	0.1579	28.3773	-4.136	2.0682
12	0.9945	-0.4075	0.6827	1.4967	-0.4531	0.5972	-0.2822	-0.2143	0.0051	0.4821	0.1119	-0.1941	-0.1098	-0.0487	0.117	0.1658	0.0028	-0.0341	0.1285	0.0382	0.1388	26.7847	-6.245	16.5762
13	0.5074	-0.1243	0.2658	0.9744	-0.4237	1.2232	-0.1978	-0.0996	0.0089	0.196	0.4133	0.1568	-0.4699	-0.6423	-0.1732	0.2114	0.07	0.001	0.1877	0.0558	0.1244	15.435	6.2418	10.6654
14	0.2082	-0.5099	-0.2956	2.5815	-0.5043	3.2123	-0.7336	-0.2226	0.1176	0.4478	0.0637	-1.5224	-1.4292	0.0345	0.5511	0.557	-0.0887	-0.1761	0.2431	0.0125	0.4099	22.8904	14.0158	9.5642
15	2.376	-0.4616	-2.3387	1.7247	0.8895	3.4552	0.1413	0.2427	-0.0302	-0.3925	-0.1169	-0.2641	-0.3372	-0.1174	-0.0472	0.1892	-0.061	0.0374	0.1621	-0.0071	0.161	17.9979	-10.9809	6.869
16	0.289	0.0081	-0.2896	0.9122	-0.4425	0.9959	0.0022	0.0646	0.0875	0.1671	-0.008	0.0775	-0.2065	-0.3645	0.0411	0.1431	-0.0204	0.0067	0.1802	-0.0116	0.1288	6.9391	-10.6836	21.0129
17	0.3904	-0.3333	-0.7676	0.6865	0.6542	1.593	-0.1519	0.1245	-0.141	0.2181	0.0381	-0.1173	0.66	0.0105	0.0698	0.2226	-0.0526	0.0253	0.1583	-0.0267	0.1296	8.0474	-23.4819	17.5925
18	0.5686	0.0357	-0.3112	1.5038	0.0983	2.6647	0.1644	0.0275	-0.1699	0.2624	-0.3049	-0.3431	0.8209	-0.0544	0.0871	0.2641	0.0161	-0.0294	0.1935	0.0244	0.1973	16.8658	-27.0379	14.0686
19	1.1477	0.2584	-0.1705	0.858	0.2721	0.6911	-0.0398	-0.03	-0.1896	0.1617	-0.0496	-0.0297	0.1843	-0.0969	0.0739	0.1231	-0.0362	-0.0015	0.1142	0.0054	0.1248	17.3765	-17.9906	13.3762
20	0.2988	-0.1051	0.5684	1.0808	-0.7049	1.6587	-0.1633	-0.3114	0.0202	-0.0418	0.0309	0.2465	-0.2251	-0.4165	0.1254	0.1143	0.0051	-0.0099	0.1903	-0.0469	0.1845	-1.6449	-13.0793	6.702
21	1.0285	-0.3848	-0.4341	0.2369	0.1006	0.3632	-0.0776	0.1852	0.1561	-0.1726	-0.0307	0.1176	-0.258	0.0088	0.1258	0.1549	-0.0305	-0.0293	0.2357	-0.0158	0.1703	0.6364	-17.2298	-5.4435
22	0.9018	0.0224	0.8091	0.798	-0.1361	0.8856	0.0602	-0.1008	0.127	0.0036	0.0226	0.1777	-0.0332	-0.335	-0.0482	0.0945	-0.0243	0.0005	0.1832	-0.0055	0.1389	2.4572	-19.86	7.0773
23	1.4569	0.9826	-0.4594	0.9847	-0.5306	0.7425	0.0753	0.1536	-0.0775	-0.1707	0.2024	0.1963	0.0583	-0.2488	-0.141	0.1094	-0.0434	-0.0545	0.2256	-0.0581	0.2281	-6.2122	-27.1501	-2.6356
24	0.5798	0.1102	0.2465	0.4262	0.1981	0.1862	0.0581	-0.2194	-0.0893	0.0977	-0.0649	0.1121	0.0942	-0.1817	0.0067	0.12	-0.0601	0.0002	0.2205	-0.0016	0.1524	2.0111	-24.7825	7.706
25	1.8873	-0.6464	-0.2336	0.7171	0.0403	1.1571	0.0451	0.0896	-0.5205	0.126	0.236	-0.0501	0.4897	0.0478	-0.2494	0.1523	-0.0063	-0.0196	0.1593	-0.0391	0.1705	11.0099	-24.4286	-2.924
26	1.4943	-0.5297	1.0155	1.3384	-0.2719	0.7856	0.0678	0.023	-0.1085	-0.0647	-0.0616	0.1816	-0.0248	-0.2406	0.0229	0.0887	-0.038	-0.015	0.1595	-0.0246	0.1442	0.0058	-21.3076	-0.5921
27	1.6395	0.3909	0.4847	0.9093	0.092	0.1372	-0.0286	0.2578	0.1515	-0.2112	0.067	-0.0804	-0.0625	-0.0401	-0.0026	0.1228	-0.0436	0.0027	0.14	-0.0077	0.1081	11.4431	-17.0253	4.3967
28	1.1637	2.3258	0.474	5.8525	-0.203	2.2077	-0.3196	0.7831	-0.9648	-0.9793	0.2373	-0.7243	0.9446	-0.1655	0.0494	0.1914	-0.0425	0.0687	0.1695	-0.0742	0.1887	20.261	-21.4481	2.735

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 112:117)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 118:130)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 131:142)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 143:152)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 153:163)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 164:173)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 174:179)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 180:192)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 193:199)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 200:206)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 207:216)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 217:224)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 225:233)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 234:240)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 110:118)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 119:125)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 126:134)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 135:141)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 142:151)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 152:159)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 160:169)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 170:179)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 180:192)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 193:199)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 200:204)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 205:220)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 221:229)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 230:234)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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