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万見
- PDB-3pn7: Visualizing new hinges and a potential major source of compliance... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pn7
タイトルVisualizing new hinges and a potential major source of compliance in the lever arm of myosin
要素
  • Myosin essential light chain
  • Myosin heavy chain
  • Myosin regulatory light chain
キーワードPROTEIN BINDING / alpha helix / muscle contraction / Calcium binding / Catch Muscle
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoskeletal motor regulator activity / mitotic actomyosin contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring contraction / muscle myosin complex / myosin filament / actomyosin structure organization / locomotion / myosin II complex / microfilament motor activity / myofibril ...cytoskeletal motor regulator activity / mitotic actomyosin contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring contraction / muscle myosin complex / myosin filament / actomyosin structure organization / locomotion / myosin II complex / microfilament motor activity / myofibril / sarcomere organization / myosin heavy chain binding / mitotic cytokinesis / post-embryonic development / muscle contraction / actin filament binding / calcium ion binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin, subunit A / Myosin, subunit A / EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. ...Myosin, subunit A / Myosin, subunit A / EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / IQ motif, EF-hand binding site / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Few Secondary Structures / Irregular / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin essential light chain / Myosin regulatory light chain / Myosin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Placopecten magellanicus (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Brown, J.H. / Senthil-Kumar, V.S. / O'Neall-Hennessey, E. / Reshetnikova, L. / Robinson, H. / Nguyen-McCarty, M. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Visualizing key hinges and a potential major source of compliance in the lever arm of myosin.
著者: Brown, J.H. / Senthil Kumar, V.S. / O'Neall-Hennessey, E. / Reshetnikova, L. / Robinson, H. / Nguyen-McCarty, M. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C.
履歴
登録2010年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin heavy chain
B: Myosin regulatory light chain
C: Myosin essential light chain
D: Myosin heavy chain
E: Myosin regulatory light chain
F: Myosin essential light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,49210
ポリマ－89,3636
非ポリマー1294
水8,827490
1
A: Myosin heavy chain
B: Myosin regulatory light chain
C: Myosin essential light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7465
ポリマ－44,6823
非ポリマー642
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8120 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area19040 Å2
手法PISA
2
D: Myosin heavy chain
E: Myosin regulatory light chain
F: Myosin essential light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7465
ポリマ－44,6823
非ポリマー642
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8020 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area19270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.737, 68.779, 79.305
Angle α, β, γ (deg.)77.41, 85.94, 73.61
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Myosin heavy chain


分子量: 8598.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: muscle / 由来: (天然) Placopecten magellanicus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q26080
#2: タンパク質 Myosin regulatory light chain


分子量: 18402.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Muscle / 由来: (天然) Placopecten magellanicus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q26069
#3: タンパク質 Myosin essential light chain


分子量: 17680.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: muscle / 由来: (天然) Placopecten magellanicus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q26066

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非ポリマー , 3種, 494分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 1.1-1.6 mg/ml protein in 5mM HEPES buffer, 20mM NaCl, 1.5mM MgCl2, 0.5-1mM CaCl2, 0.1mM EGTA, 0.5mM DTT, 2mM NaN3, 0.5 ug/ml leupeptin, 0.7 ug/ml pepstatin-A and 7.5% (w/v) of polyethylene ...詳細: 1.1-1.6 mg/ml protein in 5mM HEPES buffer, 20mM NaCl, 1.5mM MgCl2, 0.5-1mM CaCl2, 0.1mM EGTA, 0.5mM DTT, 2mM NaN3, 0.5 ug/ml leupeptin, 0.7 ug/ml pepstatin-A and 7.5% (w/v) of polyethylene glycol 3350 (PEG 3350) or polyethylene glycol monomethyl ether 2000 (MME PEG 2K). The reservoir solution: 10 mM HEPES, 40mM NaCl, 3 mM MgCl2, 2 mM NaN3 and 15% PEG 3350 or MME, PEG 2K, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月3日
放射モノクロメーター: Sagitally Focussed Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. obs: 46183 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.24→2.33 Å / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 2009_12_14_1757)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WDC

1wdc


解像度: 2.25→48.672 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 25.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2414 1904 4.2 %
Rwork0.1913 --
obs0.1913 45375 95.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.564 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.8352 Å23.44 Å2-1.4863 Å2
2--5.9959 Å2-1.5486 Å2
3----3.1607 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→48.672 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5913 0 4 490 6407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086021
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0998069
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9542312
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079847
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051054
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.30610.32041250.25082751X-RAY DIFFRACTION83
2.3061-2.36850.29741200.22532849X-RAY DIFFRACTION88
2.3685-2.43820.3031300.22252995X-RAY DIFFRACTION91
2.4382-2.51690.30221290.21633050X-RAY DIFFRACTION93
2.5169-2.60680.2931350.21633063X-RAY DIFFRACTION95
2.6068-2.71120.29431360.20633099X-RAY DIFFRACTION95
2.7112-2.83460.26231360.21293157X-RAY DIFFRACTION96
2.8346-2.9840.29491370.22083136X-RAY DIFFRACTION97
2.984-3.17090.28811410.21253189X-RAY DIFFRACTION97
3.1709-3.41570.26261430.20813209X-RAY DIFFRACTION99
3.4157-3.75930.2431420.18213245X-RAY DIFFRACTION100
3.7593-4.3030.19491440.16023254X-RAY DIFFRACTION100
4.303-5.42020.21311420.15463227X-RAY DIFFRACTION100
5.4202-48.68350.18411440.16523247X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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