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- PDB-3pml: crystal structure of a polymerase lambda variant with a dGTP anal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pml
タイトルcrystal structure of a polymerase lambda variant with a dGTP analog opposite a templating T
要素
  • 5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3'
  • 5'-D(*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3'
  • 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'
  • DNA polymerase lambda
キーワードLYASE / TRANSFERASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSFERASE / DNA / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break ...DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain ...Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1GC / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase lambda
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bebenek, K. / Pedersen, L.C. / Kunkel, T.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Replication infidelity via a mismatch with Watson-Crick geometry.
著者: Bebenek, K. / Pedersen, L.C. / Kunkel, T.A.
履歴
登録2010年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
Remark 999Author states that polymerase lambda loop residues from 463 to 471 (SQEENGQQQ) are replaced by residues "KGET"

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase lambda
B: DNA polymerase lambda
C: 5'-D(*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3'
D: 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'
E: 5'-D(*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3'
G: 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,34917
ポリマ－86,1738
非ポリマー1,1779
水3,027168
1
A: DNA polymerase lambda
C: 5'-D(*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3'
D: 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6638
ポリマ－43,0864
非ポリマー5774
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area17930 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase lambda
E: 5'-D(*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3'
G: 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6869
ポリマ－43,0864
非ポリマー6005
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area18440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.038, 191.570, 59.084
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase lambda / Pol Lambda / DNA polymerase beta-2 / Pol beta2 / DNA polymerase kappa


分子量: 36736.039 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 242-575 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: 562 / 遺伝子: POLL / プラスミド: PET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL
参照: UniProt: Q9UGP5, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ

-
DNA鎖 , 3種, 6分子 CEDGFH

#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3'


分子量: 3365.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Templating strand DNA
#3: DNA鎖 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'


分子量: 1191.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Primer strand DNA
#4: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3'


分子量: 1793.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Downstream strand DNA

-
非ポリマー , 4種, 177分子

#5: 化合物 ChemComp-1GC / 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]guanosine


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: .1M NaCl, 0.1M Hepes pH 7.5 and 10%PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月18日
放射モノクロメーター: Double Crystal monochromator Si-220
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 34636 / Num. obs: 34636 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 244249 / Observed criterion σ(I): 244249 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 53.1 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 3424 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.6→25.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 72742.99 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 1611 4.9 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 33162 95.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 20.9968 Å2 / ksol: 0.275127 e/Å3
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→25.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5018 850 69 168 6105
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.482 238 4.8 %
Rwork0.376 4716 -
obs--87.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1all.parprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water.top
X-RAY DIFFRACTION4nucleic_compounds.top
X-RAY DIFFRACTION5ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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