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- PDB-3pmk: Crystal structure of the Vesicular Stomatitis Virus RNA free nucl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pmk
タイトルCrystal structure of the Vesicular Stomatitis Virus RNA free nucleoprotein/phosphoprotein complex
要素
  • Nucleocapsid protein
  • Phosphoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / virion component / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA-directed RNA polymerase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoprotein, central domain / : / Vesiculovirus phosphoprotein / Phosphoprotein, C-terminal domain, viral / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Nucleoprotein / Rhabdovirus nucleoprotein-like fold / Rhabdovirus nucleocapsid protein like domain / Rhabdovirus nucleocapsid / Rhabdovirus nucleocapsid, N-terminal ...Phosphoprotein, central domain / : / Vesiculovirus phosphoprotein / Phosphoprotein, C-terminal domain, viral / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Nucleoprotein / Rhabdovirus nucleoprotein-like fold / Rhabdovirus nucleocapsid protein like domain / Rhabdovirus nucleocapsid / Rhabdovirus nucleocapsid, N-terminal / Rhabdovirus nucleocapsid, C-terminal / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Rhabdovirus nucleocapsid protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / Phosphoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Recombinant vesicular stomatitis Indiana virus rVSV-G/GFP (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Leyrat, C. / Yabukarski, F. / Tarbouriech, N. / Ruigrok, R.W.H. / Jamin, M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: Structure of the Vesicular Stomatitis Virus N0-P Complex
著者: Leyrat, C. / Yabukarski, F. / Tarbouriech, N. / Ribeiro, E.A. / Jensen, M.R. / Blackledge, M. / Ruigrok, R.W. / Jamin, M.
履歴
登録2010年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleocapsid protein
B: Nucleocapsid protein
C: Nucleocapsid protein
D: Nucleocapsid protein
E: Nucleocapsid protein
N: Phosphoprotein
O: Phosphoprotein
P: Phosphoprotein
Q: Phosphoprotein
R: Phosphoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,48610
ポリマ－267,48610
非ポリマー00
水5,603311
1
A: Nucleocapsid protein
B: Nucleocapsid protein
C: Nucleocapsid protein
D: Nucleocapsid protein
E: Nucleocapsid protein
N: Phosphoprotein
O: Phosphoprotein
P: Phosphoprotein
Q: Phosphoprotein
R: Phosphoprotein

A: Nucleocapsid protein
B: Nucleocapsid protein
C: Nucleocapsid protein
D: Nucleocapsid protein
E: Nucleocapsid protein
N: Phosphoprotein
O: Phosphoprotein
P: Phosphoprotein
Q: Phosphoprotein
R: Phosphoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)534,97220
ポリマ－534,97220
非ポリマー00
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_544x,-y-1,-z-11
Buried area72200 Å2
ΔGint-280 kcal/mol
Surface area175470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.560, 171.970, 239.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質
Nucleocapsid protein / NP / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 45429.488 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 22-422 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Recombinant vesicular stomatitis Indiana virus rVSV-G/GFP (ウイルス)
遺伝子: N, Nucleoprotein / プラスミド: pET-M40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: B7UCZ2
#2: タンパク質
Phosphoprotein


分子量: 8067.667 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 1-60 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Recombinant vesicular stomatitis Indiana virus rVSV-G/GFP (ウイルス)
遺伝子: P, Phosphoprotein / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: B7UCZ3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 4% (w/v) PEG 4000, 0.1M sodium acetate trihydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月13日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.03→59.97 Å / Num. all: 55422 / Num. obs: 54333 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 47.521 Å2 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
3.03-3.2180.7
3.2-3.39182.7
3.39-3.63184.4
3.63-3.92188.2
3.92-4.29192.2
4.29-4.8196.4
4.8-5.54198.4
5.54-6.78199.1
6.78-9.591100
9.59-59.97199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GIC chain E

2gic


解像度: 3.03→59.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.856 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.804 / SU B: 47.3 / SU ML: 0.381 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.521 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27791 2742 5.1 %RANDOM
Rwork0.2439 ---
obs0.24561 51301 89.04 %-
all-55422 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.996 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8 Å20 Å20 Å2
2--0.95 Å20 Å2
3---0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.03→59.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17167 0 0 311 17478
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02217542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8941.96423704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3652157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.61324.074810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.407153069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.92915110
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.22544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02113317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1571.510751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.284217275
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.14936791
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.2694.56429
LS精密化 シェル解像度: 3.034→3.113 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 202 -
Rwork0.302 3303 -
obs--79.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2599-0.17590.33220.4518-0.04220.6627-0.0215-0.02080.0367-0.00530.02160.0470.0461-0.039900.1189-0.01990.02190.1410.01810.082-15.3996-66.1113-167.7795
21.3798-0.4069-0.2880.51440.16180.5593-0.0335-0.0452-0.05180.02180.00520.0766-0.0165-0.07120.02820.1566-0.0143-0.01340.1668-0.00130.1008-15.3137-73.9127-69.4837
31.2941-0.5893-0.39690.57360.17870.6957-0.03020.01790.0131-0.03130.00390.04070.0044-0.04180.02630.1012-0.0334-0.02560.0977-0.01310.0941-15.4907-46.5143-86.3173
41.4132-0.36440.38160.5859-0.0760.8878-0.0153-0.07610.0572-0.01760.02840.08460.0166-0.117-0.01310.1399-0.02110.01940.13850.00960.115-15.3165-41.5716-147.0347
51.4885-0.48630.04750.52530.03910.7871-0.0245-0.0580.0383-0.03560.03240.053-0.0035-0.1425-0.00790.116-0.02370.00640.18150.01830.1154-15.3814-34.0332-115.7518
63.9125-1.7403-1.43912.73080.73964.356-0.0134-0.02660.41990.07470.1667-0.1741-0.1275-0.3327-0.15330.14570.0748-0.09330.15010.03190.169-5.7294-30.7816-114.348
73.7966-2.2654-3.69256.6443-0.25077.34390.2268-0.14190.20860.2249-0.2815-0.37150.02260.26070.05470.1066-0.0257-0.00620.16320.06340.1323-4.505-37.5358-148.6858
89.43613.4048-0.45542.6862-0.47044.4099-0.1173-0.9082-0.308-0.3798-0.25620.08990.0738-0.09850.37350.14970.0811-0.0450.19680.01840.0794-5.439-74.3131-65.533
94.05531.2336-1.11725.3891.0635.0885-0.1969-0.2250.1622-0.10590.07610.06190.09960.74140.12080.07060.0326-0.00390.2910.05670.0458-4.8047-44.2579-84.1737
107.1637-2.3553-3.60444.4861-1.85166.8207-0.30590.19380.13950.09990.0015-0.0130.355-0.34770.30450.1021-0.0662-0.02380.12350.00710.0974-5.3686-63.5731-170.682
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A19 - 422
2X-RAY DIFFRACTION2B19 - 422
3X-RAY DIFFRACTION3C19 - 422
4X-RAY DIFFRACTION4D19 - 422
5X-RAY DIFFRACTION5E19 - 422
6X-RAY DIFFRACTION6N6 - 35
7X-RAY DIFFRACTION7O5 - 33
8X-RAY DIFFRACTION8P6 - 34
9X-RAY DIFFRACTION9Q5 - 34
10X-RAY DIFFRACTION10R6 - 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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