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- PDB-3pkp: Q83S Variant of S. Enterica RmlA with dATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pkp
タイトルQ83S Variant of S. Enterica RmlA with dATP
要素Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / nucleotidylyltransferase / Directed evolution / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-1-phosphate thymidylyltransferase / glucose-1-phosphate thymidylyltransferase activity / O antigen biosynthetic process / dTDP-rhamnose biosynthetic process / extracellular polysaccharide biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase, short form / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chang, A. / Moretti, R. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Expanding the Nucleotide and Sugar 1-Phosphate Promiscuity of Nucleotidyltransferase RmlA via Directed Evolution.
著者: Moretti, R. / Chang, A. / Peltier-Pain, P. / Bingman, C.A. / Phillips, G.N. / Thorson, J.S.
履歴
登録2010年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
B: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
C: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
D: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
I: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
J: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
K: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
L: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,88032
ポリマ－259,5628
非ポリマー4,31824
水3,063170
1
A: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
B: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
C: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
D: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,94016
ポリマ－129,7814
非ポリマー2,15912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
J: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
K: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
L: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,94016
ポリマ－129,7814
非ポリマー2,15912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
B: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9708
ポリマ－64,8902
非ポリマー1,0806
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area24540 Å2
手法PISA
4
C: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
D: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9708
ポリマ－64,8902
非ポリマー1,0806
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area23480 Å2
手法PISA
5
I: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
J: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9708
ポリマ－64,8902
非ポリマー1,0806
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area24330 Å2
手法PISA
6
K: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
L: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9708
ポリマ－64,8902
非ポリマー1,0806
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area24010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.879, 134.313, 175.829
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51I
61J
71K
81L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 3 - 290 / Label seq-ID: 3 - 290

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain A and (resseq 3:290 )AA
2chain B and (resseq 3:290 )BB
3chain C and (resseq 3:290 )CC
4chain D and (resseq 3:290 )DD
5chain I and (resseq 3:290 )IE
6chain J and (resseq 3:290 )JF
7chain K and (resseq 3:290 )KG
8chain L and (resseq 3:290 )LH

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.998974, 0.032145, -0.031912), (0.028684, -0.096322, -0.994937), (-0.035056, -0.994831, 0.095301)81.144302, -38.210602, -32.1852
2given(-0.65407, -0.566247, -0.501555), (-0.571997, -0.063641, 0.817783), (-0.494987, 0.821775, -0.282266)48.964699, 40.122299, -11.7157
3given(0.643408, 0.532437, 0.550034), (0.532948, -0.827333, 0.177444), (0.549539, 0.178971, -0.816074)34.668301, -29.3097, -75.052002
4given(0.999883, 0.011645, 0.009888), (-0.010083, 0.016741, 0.999809), (0.011477, -0.999792, 0.016857)-27.2609, -32.664101, -34.758301
5given(-0.999691, 0.020727, 0.013721), (0.019012, 0.993172, -0.115097), (-0.016013, -0.114801, -0.993259)108.560997, -1.32881, -2.59388
6given(-0.660074, 0.511877, -0.549804), (-0.570778, -0.817586, -0.075932), (-0.48838, 0.263695, 0.831835)102.307999, 30.5916, -17.3386
7given(0.669232, -0.532799, 0.517932), (0.516568, -0.167439, -0.839715), (0.534121, 0.829512, 0.163171)-20.2384, -20.5341, -66.739403

-
要素

#1: タンパク質
Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase / dTDP-glucose pyrophosphorylase / Ep / dTDP-glucose synthase


分子量: 32445.201 Da / 分子数: 8 / 変異: E83S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: rfbA, rmlA, STM2095 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P26393, glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein Solution (12 mg/ml RmlA Q83S protein, 10mM MOPS pH 7.5, 25mM dATP) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (20% MEPEG5K, 120mM MgCl2, 100mM Tris pH 8.5, 1mM Suramine) ...詳細: Protein Solution (12 mg/ml RmlA Q83S protein, 10mM MOPS pH 7.5, 25mM dATP) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (20% MEPEG5K, 120mM MgCl2, 100mM Tris pH 8.5, 1mM Suramine) Cryoprotected with 20% Ethylene Glycol, 20% MEPEG5K, 120mM MgCl2, 100mM Tris pH 8.5, 1mM Suramine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月9日 / 詳細: mirrors and beryllium lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 77557 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 50.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.6-2.644.90.58831470.91979.5
2.64-2.695.20.61933051.03482.4
2.69-2.745.60.54934060.95485.3
2.74-2.85.90.48734910.97187.9
2.8-2.866.30.46636830.9793.1
2.86-2.936.50.43538510.99297
2.93-36.80.40239950.99799.7
3-3.087.10.31939741.04699.9
3.08-3.177.20.28239901.055100
3.17-3.287.30.21140081.091100
3.28-3.397.40.16340151.083100
3.39-3.537.50.13640151.14100
3.53-3.697.50.10740050.985100
3.69-3.887.50.08140120.943100
3.88-4.137.50.07740411.023100
4.13-4.457.50.06240540.996100
4.45-4.897.50.04640471.015100
4.89-5.67.40.04241101.023100
5.6-7.057.40.03841180.967100
7.05-506.90.02842900.9199.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.89 Å43.39 Å
Translation2.89 Å43.39 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→43.387 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.8 / SU ML: 0.37 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2597 1889 2.59 %
Rwork0.1997 --
obs0.2013 72817 90.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.455 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 235.95 Å2 / Biso mean: 83.0882 Å2 / Biso min: 11.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.7525 Å20 Å2-0 Å2
2--11.4751 Å20 Å2
3----2.1732 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.387 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17918 0 256 170 18344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00918543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.49125148
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1142766
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053206
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4796952
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2250X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.098
12B2250X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.098
13C2208X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.1
14D2217X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.126
15I2250X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.056
16J2250X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.176
17K2214X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.067
18L2217X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.104
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6003-2.67060.39471100.31833917402766
2.6706-2.74920.46451240.28834244436871
2.7492-2.83790.36361230.26864667479078
2.8379-2.93930.33271310.25865105523686
2.9393-3.05690.35711440.27165460560491
3.0569-3.1960.36771480.26215606575494
3.196-3.36450.36931510.24255800595196
3.3645-3.57520.27991540.22565807596197
3.5752-3.85110.25371540.20985886604098
3.8511-4.23830.2411590.16635953611298
4.2383-4.85090.20291610.149760426203100
4.8509-6.10890.21981620.174661246286100
6.1089-43.39260.19131680.16816317648599

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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