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万見
- PDB-3piu: High-resolution structure of native Malus domestica ACC synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3piu
タイトルHigh-resolution structure of native Malus domestica ACC synthase
要素1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase
キーワードLYASE / FRUIT RIPENING / ETHYLENE BIOSYNTHESIS / Pyridoxal 5'-phosphate binding
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-NH2に対し酸化酵素として働く / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase activity / fruit ripening / ethylene biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...: / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PLR / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Malus domestica (リンゴ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Scharer, M.A. / Grutter, M.G. / Capitani, G.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for reduced activity of 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase affected by a mutation linked to andromonoecy.
著者: Scharer, M.A. / Eliot, A.C. / Grutter, M.G. / Capitani, G.
履歴
登録2010年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
Remark 999Residue 273 occurs as two different types: a partially occupied LLP and a partially occupied LYS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5532
ポリマ－49,3201
非ポリマー2331
水5,350297
1
A: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子

A: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,1064
ポリマ－98,6402
非ポリマー4662
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area4980 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area30850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.710, 61.140, 76.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-540-

HOH

21A-577-

HOH

31A-724-

HOH

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要素

#1: タンパク質 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase / ACC synthase / S-adenosyl-L-methionine methylthioadenosine-lyase


分子量: 49319.914 Da / 分子数: 1 / 断片: MdACS-1, UNP residues 1-435 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Malus domestica (リンゴ) / 遺伝子: ACS-1 / プラスミド: Pet19BV435StopACS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS
参照: UniProt: P37821, 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PLR / (5-HYDROXY-4,6-DIMETHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / 4'-DEOXYPYRIDOXINE PHOSPHATE / 5-(ホスホノオキシメチル)-2,4-ジメチル-3-ピリジノ-ル


分子量: 233.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12NO5P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.53 %
結晶化温度: 293 K
詳細: 27% MPD (v/v) and 50 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
PH範囲: NA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.899
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月19日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→29.3 Å / Num. obs: 87561 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 23.47 Å2 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 16.95
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.75 / % possible all: 99.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.33 Å
Translation2.5 Å29.33 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M7Y

1m7y


解像度: 1.35→29.3 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.171 875 1 %
Rwork0.149 --
obs0.149 87532 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.05 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1109 Å20 Å25.3564 Å2
2---2.3517 Å20 Å2
3---4.4626 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→29.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3267 0 15 297 3579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053547
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0174841
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7391347
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004619
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.43460.27051460.229814464X-RAY DIFFRACTION100
1.4346-1.54530.19021460.168614473X-RAY DIFFRACTION100
1.5453-1.70080.17091470.12814479X-RAY DIFFRACTION100
1.7008-1.94690.15471460.111114518X-RAY DIFFRACTION100
1.9469-2.45270.14111470.10914504X-RAY DIFFRACTION100
2.4527-29.33490.16751430.157914219X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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