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Yorodumi- PDB-3pib: Crystal structure of red fluorescent protein eqFP578 crystallized... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3pib | ||||||
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Title | Crystal structure of red fluorescent protein eqFP578 crystallized at pH 5.5 | ||||||
Components | eqFP578 fluorescent protein | ||||||
Keywords | FLUORESCENT PROTEIN / Red fluorescent protein / beta-barrel / biomarker / Met-Tyr-Gly chromophore / sea anemone | ||||||
Function / homology | Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / eqFP578 fluorescent protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Entacmaea quadricolor (sea anemone) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.154 Å | ||||||
Authors | Pletnev, S. / Pletneva, N.V. / Pletnev, V.Z. | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2011 Title: Crystallographic study of red fluorescent protein eqFP578 and its far-red variant Katushka reveals opposite pH-induced isomerization of chromophore. Authors: Pletneva, N.V. / Pletnev, V.Z. / Shemiakina, I.I. / Chudakov, D.M. / Artemyev, I. / Wlodawer, A. / Dauter, Z. / Pletnev, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3pib.cif.gz | 554.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3pib.ent.gz | 486.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3pib.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/3pib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/3pib | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26935.617 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Entacmaea quadricolor (sea anemone) / Plasmid: pQE30 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: H3JQU4*PLUS #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 25% w/v PEG 3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.15→50 Å / Num. obs: 314590 / % possible obs: 91.6 % / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 1.056 / Net I/σ(I): 9.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.154→35.915 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.04 / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.34
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.794 Å2 / ksol: 0.417 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 58.79 Å2 / Biso mean: 17.0049 Å2 / Biso min: 5.76 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.154→35.915 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23
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