PDB-3pgz: Crystal structure of a single strand binding protein (SSB) from b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pgz

タイトル

Crystal structure of a single strand binding protein (SSB) from bartonella henselae

要素

Single-stranded DNA-binding protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / SSGCID / BARTONELLA HENSELAE / SINGLE-STRAND BINDING PROTEIN / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

single-stranded DNA binding / DNA replication / DNA recombination
類似検索 - 分子機能

生物種

Bartonella henselae (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a single strand binding protein (SSB) from bartonella henselae
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Staker, B.

履歴

登録	2010年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pgz.cif.gz	113.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pgz.ent.gz	88 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pgz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/3pgz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/3pgz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lgjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4y8e-1 6swj-d 1xnh-d 4f3m-1 1t9s-2 1w2c-1 5k71-4 2wp1-d 5yka-d 4rlt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BaheA.01619.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Single-stranded DNA-binding protein

B: Single-stranded DNA-binding protein

43.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.760, 93.760, 63.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Single-stranded DNA-binding protein 分子量: 21624.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア) 株: HOUSTON-1 / 遺伝子: BH10130, ssb4 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6G302, UniProt: A0A0H3LX24*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.99 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 25 % PEG 3350, 200 MM NACL, 100 MM TRIS HCL, PROTEIN AT 4.5 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K, pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 19153 / Num. obs: 18898 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 35.73 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 22.67
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1386 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3lGJ

3lgj

解像度: 2.1→46.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 10.621 / SU ML: 0.124 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	972	5.2 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
all	0.212	18898	-	-
obs	0.212	18828	98.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	-0.07 Å²	0 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1804	0	6	134	1944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1871
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.596	1.942	2531
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.859	3	3149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.164	5	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.649	24.563	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.716	15	357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.153	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2093
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	376
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.838	1.5	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.176	1.5	464
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.639	2	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.578	3	755
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.387	4.5	726
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	61	-
R_work	0.316	1265	-
obs	-	-	95.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0277	0.5248	-0.4235	1.2994	0.0977	0.7544	-0.045	0.0793	-0.1692	-0.1256	0.0558	-0.1509	-0.003	0.0356	-0.0108	0.064	-0.0277	0.0229	0.1098	-0.0224	0.0643	-9.2799	44.5711	12.9969
2	26.406	13.7781	5.6925	10.6479	8.2406	9.2594	-0.2263	0.8256	-0.1643	-0.3992	-0.0569	0.1564	-0.4816	-0.5196	0.2832	0.2645	-0.1179	-0.1519	0.3066	-0.1152	0.3527	-28.2977	30.9548	3.1081
3	2.3149	0.4005	-0.5514	0.7509	-0.4754	1.1501	-0.0434	0.0991	-0.0854	-0.0659	0.0503	-0.0745	0.0144	0.0136	-0.0069	0.065	-0.021	0.0182	0.1078	-0.0388	0.0731	-10.286	44.673	10.3882
4	2.2228	0.6192	-0.8321	1.3594	-0.6492	2.0885	0.0381	0.0277	-0.0217	0.0726	-0.019	-0.1538	-0.1903	0.1344	-0.0192	0.047	-0.0062	-0.0059	0.1038	-0.0257	0.067	-12.6233	47.3807	14.5618
5	2.3755	0.6091	0.4497	0.967	0.5004	1.2228	-0.2241	0.4093	0.2075	-0.1168	0.0859	0.1476	-0.1303	-0.1334	0.1383	0.0584	-0.0509	-0.0323	0.2045	0.0423	0.0871	-33.072	50.5876	4.8916
6	19.9634	6.3866	7.3322	2.6732	2.1724	2.7439	0.0478	-0.1038	0.1286	0.0427	-0.0627	0.1066	-0.0026	-0.0059	0.0149	0.1591	-0.1016	0.017	0.2356	-0.0379	0.0863	-10.1526	63.598	19.0348
7	2.6215	0.3522	-0.3969	1.6824	0.9842	1.5225	-0.1426	0.4485	0.1457	-0.1875	0.0035	0.2243	-0.1206	-0.1051	0.1391	0.0574	-0.0091	-0.0501	0.179	0.0531	0.0674	-30.3952	50.6246	4.1446
8	3.2332	-0.388	-0.7942	1.5979	1.229	2.1997	-0.1029	0.4361	0.0405	-0.1054	-0.0549	0.2526	-0.0245	-0.2505	0.1578	0.0153	-0.018	-0.0314	0.1375	0.0023	0.094	-31.1453	46.6689	7.3503

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 52
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	53 - 96
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	97 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 35
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	36 - 51
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	52 - 96
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	97 - 115

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